周三充实的一天

小白生信入门第四天

即将进入大学考试周的生信小白也不能落下今天的作业（虽然现在已经周四了。。。）

干货学习笔记--conda入门

！敲黑板：记住conda 就是linux的标配软件管家就行了~

1、如何下载conda

image.png

#首先下载安装包
bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ ls
biosoft  projiect  src  tmp
bio04@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft/
bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anacon                                                                                        da/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#然后就安装啦
bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#安装的过程中，根据提示回车或者yes就行了~
#安装完成后，一定要激活一下！！！，下述代码回车就行了
bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
#就完成了，别急还要配置下镜像源（别问我那是啥。。），回车就行了。
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirro                                                                                        
rs.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirro                                                                                       
rs.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirro                                                                                
rs.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes

2、如何用conda（软件管家）下载软件

#查看当前的所有软件
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda list
#搜索相关软件（fastqc为例）
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda search fastqc
#下载（不加版本号默认最新版； -y 表自动安装
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda install fastqc -y
#卸载
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc -y

3、conda的环境是什么？

什么是环境变量？类似Linux系统是一个大庭院，我们专门为做一件事情（需要一系列软件）而设置的一个房间，这样就会使这个大庭院干净利落很多，不会很乱。做一件事，到相应的房间去使用软件就行。

#新建名为rna-seq，python=3（一定要有，暂时可以不用太深究）的环境（房间），顺便在里面下载两个软件
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc t                                                                                        rimmomatic -y
#进入环境
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
#退出环境
(base) bio04@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda deactivate

以上就是这节课学到的东西了，看看时间，睡觉睡觉。。