在Ubuntu系统下安装配置SeaDas与问题解决方法总结

目录

1.前言
2.Python环境及Java环境配置
3.SeaDAS的安装
4.OCSSW的安装

建了一个QQ群，大家可以在里边聊聊水色遥感数据下载和数据处理方面的事情：1087024529
不想自己在Ubuntu里安装SeaDAS，那就加群吧！！

1.前言

最近在学习水色遥感数据处理软件SeaDAS的使用，而SeaDAS中的OCSSW工具（包含大气校正等模块）目前只能运行在Linux或者MacOS系统下。因此我选择了在Ubuntu系统下安装和配置SeaDAS以及OCSSW。在按照官方文档安装的过程中，遇见了很多坑，所以在此总结。希望各位小伙伴在安装的时候可以避开我遇见的问题。

我采用的方法是在VirtualBox中的Ubuntu 18.04系统下安装SeaDAS。大家可以在网上找相应的博客，如何在VirtualBoX中安装Ubuntu。这里默认Ubuntu刚安装完成。

SeaDAS的安装包下载地址：
https://seadas.gsfc.nasa.gov/downloads/
SeaDAS的官方安装文档如下：
https://seadas.gsfc.nasa.gov/tutorials/installation_tutorial/
不用再被别人骗积分了！

首先说明我的配置：

VirtualBoX:6.1.12
Ubuntu:18.04
SeaDAS:seadas_7.5.3_linux64_installer.sh

2.Python环境及Java环境配置

SeaDAS和OCSSW的安装和使用是需要Python和Java环境的，所以在安装好Ubuntu后，我首先进行了Python和Java的环境配置。

2.1.Python环境配置

Ubuntu安装完成后，系统内自带Python环境。但在终端中输入Python时，可能会提示没有Python。因此这需要进行配置，使得系统能够识别Python命令。
注：刚安装好的Ubuntu系统，能够识别Python3命令，但是在安装OCSSW的时候，它只调用Python命令，不进行配置将会出错。

在终端中输入：

sudo apt install python
sudo apt install python-pip

这时安装的是python2.7，在终端中输入Python命令，会显示python2的版本。python2的支持已经结束，因此这里使用3.x的Python，将Python命令指向Python3。

sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 2

这时，在终端中输入python，将会显示是3.6版本。

之后安装pip3。

sudo apt install python3-pip

在安装OCSSW工具时，可能需要requests库，这里一并进行安装：

pip install requests

这里的配置可能比较啰嗦，主要的目的是让系统能够识别Python命令(不能是Python3)。大家如果有简单的方法也可以使用。

2.2.Java环境的配置

关于Java环境的配置，这是问题比较大的一步。以下说明我遇到的问题及解决方案。

步骤a-b是遇到的一些问题，想看成功的配置方法请直接忽略a-b步骤：

a.SeaDAS官方给出了Java的安装步骤：

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java8-installer

当执行到这里时，系统会报出错误：

没有可用的软件包 oracle-java8-installer，但是它被其它的软件包引用了。
这可能意味着这个缺失的软件包可能已被废弃，
或者只能在其他发布源中找到

b.Oracle JDK安装失败，想起可以安装OpenJDK:

sudo apt-get install openjdk-8-jdk

但安装了OpenJDK，当安装SeaDAS后，打开SeaDAS的时候，会显示很多警告：

并且SeaDAS界面加载不完全：

界面加载不完全的问题，我在Windows下安装SeaDAS的时候也有出现，当时是因为没有安装JDK-1.8，而是安装了更高的JDK版本。因此这里想到了SeaDAS可能和OpenJDK不兼容。因此只能手动安装并配置Java环境了。

c.因此只能手动安装Oracle JDK。首先需要下载Oracle JDK的安装包。
首先下载地址(选择Linux下的安装包)：
https://www.oracle.com/cn/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html
d. 接下来在终端中输入以下命令：

sudo mkdir /java   #新建一个文件夹，用于JDK的安装目录
sudo cp jdk-8u261-linux-x64.tar.gz /java  #将下载好的JDK包拷贝至新建的JDK安装目录
sudo tar -zxvf jdk-8u261-linux-x64.tar.gz  #解压JDK安装目录里的文件

e.配置环境变量。在 /etc/profile 文件里加入jdk的路径：

sudo gedit /etc/profile
export JAVA_HOME=/java/jdk1.8.0_261
export JRE_HOME=$JAVA_HOME/jre
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JRE_HOME/lib:$CLASSPATH
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin:$PATH

打开终端窗口使环境变量立即生效，在终端中输入：

source /etc/profile 

注意：文件路径需要根据实际情况修改。有时需要开机重启后系统才能正常识别java。
在终端输入

java -version

打印如下结果，表示安装成功

3.SeaDAS的安装

首先安装Ubuntu的包：

sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install git
sudo apt-get install curl
sudo apt-get install wget

将下载好的SeaDAS安装包进行安装。在SeaDAS安装包的文件夹中打开终端，输入：

bash seadas_7.5.3_linux64_installer.sh

按照引导即可完成安装。安装后的界面：

即安装成功。SeaDAS安装成功后，不会创建桌面快捷程序。之后的每次打开SeaDAS在终端输入：

bash [SeaDAS_install_dir]/bin/seadas
#[SeaDAS_install_dir]为seadas的安装路径，下同

其实可以自己添加桌面快捷程序。添加的指导文档如下：
https://oceancolor.gsfc.nasa.gov/forum/oceancolor/topic_show.pl?tid=6544
但是我目前还没有弄成功！

4.OCSSW的安装

在SeaDAS的菜单栏中，点击OCSSW->Install Data Processors。安装需要的插件：

选择需要使用的插件或文件后，点击RUN。等待完成安装。
为了能在命令行中调用OCSSW中的工具，需要进行简单的配置。

sudo gedit /home/username/.bashrc  #打开.bashrc文件

在/.bashrc中最后加入：

export OCSSWROOT=[SeaDAS_install_dir]/ocssw
source $OCSSWROOT/OCSSW_bash.env

可以在终端中测试：