东风008
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RepeatModeler2.0＋RepeatMasker

！！!
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使用RepeatModeler2.0＋RepeatMasker 的时候，严格按照命令跑程序，出现结果不如我意
代码：

BuildDatabase -name papilio_machaon GCF_001298355.1_Pap_ma_1.0_genomic.fna
nohup RepeatModeler -pa 4 -database papilio_machaon -LTRStruct >& run.out &
/home/yt/biotools/repeat/RepeatMasker_4.07/RepeatMasker -pa 2 -gff -lib papilio_machaon-families.fa -dir repeat1 repeat.fa

出现的结果：


图１

我想要的结果


图２

原因：repeatmasker的版本太低，换成高一点的版本即可解决，例如4.1.1的版本

BuildDatabase -name papilio_machaon GCF_001298355.1_Pap_ma_1.0_genomic.fna
nohup RepeatModeler -pa 4 -database papilio_machaon -LTRStruct >& run.out &
/home/yt/biotools/RepeatMasker-4.1.1/RepeatMasker/RepeatMasker -pa 2 -gff -lib papilio_machaon-families.fa -dir repeat1 repeat.fa

祝大家科研顺利！！！

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