通过tximport将Salmon结果传递给DESeq2最直白过程

1.更改目录setwd() 

2.安装R包BiocManager::install()

3.加载R包

library(DESeq2)

library("tximport")

library("readr")

4.读取转录本与基因关系文件，trans2gene.csv第一列为转录本，第二列为基因，需要加表头：

tx2gene <- read_csv("trans2gene.csv")

5.设置sample矩阵，run为样本名称，condition 为分组名称

samples <- data.frame(run = c('T121', 'T122', 'T123', 'T161', 'T162', 'T163'), condition = c("T12","T12","T12","T16","T16","T16"))

samples

    run condition

1 T01        T0

2 T02        T0

3 T03        T0

4 T81        T8

5 T82        T8

6 T83        T8

6. 读取salmon结果文件，结果文件为01.sf、02.sf、03.sf、81.sf、82.sf、83.sf，substring(samples$run, 2,4)为提取samples矩阵run那一列，每个字符串截取第2到第4个字符，paste(substring(samples$run, 2,4),".sf", sep = "")为把截取的字符加上文件扩展名：

files <- file.path('.', paste(substring(samples$run, 2,4),".sf", sep = ""))

7.给每个文件加上文件名，文件名从samples矩阵run那一列提取

names(files) <- samples$run

files

T01        T02       T03       T81       T82        T83

"./01.sf" "./02.sf" "./03.sf" "./81.sf" "./82.sf" "./83.sf"

8.tximport导入结果

txi <- tximport(files, type="salmon", tx2gene=tx2gene)

head(txi$counts) # 查看矩阵

9.tximport导入的结果传递给DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromTximport(txi, colData=samples, design= ~ condition)

10.计算并输出

dds <- DESeq(dds)

res <- results(dds)

write.table(res,"result.csv", sep = ",", row.names = TRUE)