- python做生物信息学分析_Python从零开始第五章生物信息学①提取差异基因
吴敬欣
python做生物信息学分析
目前来说,做生物信息学的人越来越多,但是我觉得目前而言做生信的主要有三类人:老本行是做实验的,做生信可能是为了辅助研究或者是为了发paper(有非常多的临床生选择趟生信这波水)主要是做生信的,主要涵盖高通量测序数据分析,组学数据分析等等,专门从事生物学数据分析的这群人,其大部分也是本科生物狗作为强大的生力军,以调包写R,python为主。那么这群人就要熟悉看各种包的tutorial以及如何进行常规
- 用Python实现生信分析——功能预测详解
写代码的M教授
生信分析python开发语言
功能预测是生物信息学中的一项重要任务,通过分析基因或蛋白质序列的特征,推测它们的生物学功能。功能预测通常涉及多种方法,包括序列比对、基序识别、机器学习模型等。这些方法可以帮助科学家推断未知基因的功能,从而加速生物学研究的进展。1.功能预测的主要方法(1)同源性比对:通过将未知基因或蛋白质序列与数据库中的已知序列进行比对,识别出同源序列,并推测它们的功能。常用工具包括BLAST、HMMER等。(2)
- 用Python实现生信分析——序列搜索和比对工具详解
写代码的M教授
生信分析python
1.什么是序列搜索和比对工具?序列搜索和比对工具在生物信息学中用于在大型序列数据库中搜索与查询序列相似的序列,并进行比对分析。这些工具可以帮助研究人员识别与目标序列相关的已知序列,从而推测其功能、结构和进化关系。常见的序列搜索和比对工具包括:BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool):最常用的序列搜索工具,能够快速找到与查询序列相似的序列。FASTA:另一个常用的序列
- 如何“调优”我们自身的人体系统?
SugarPPig
笔记养生
文章主题本文主要围绕如何通过科学方法优化人体系统,提升健康、学习和工作效率,延缓衰老等展开,内容涉及睡眠、饮食、心态、学习、大脑健康和长寿等多个方面,基于斯坦福神经科学教授AndrewHuberman等人的研究成果和实践经验分享。核心内容一、睡眠原理生物钟控制:生物钟影响体内化学物质变化和体温变化,进而影响内在状态和外在行为。皮质醇和肾上腺素让人早上醒来,同时设定松果体释放褪黑素的倒计时,让人在十
- ARM嵌入式核心板赋能体外诊断POCT、超声、AED设备解决方案
学海无涯_come on
医疗器械单片机ARM开发arm开发
一、ARM嵌入式核心板赋能体外诊断POCT设备解决方案近年,POCT(即时检验)作为IVD(体外诊断)的细分领域,市场规模持续增加。POCT(point-of-caretesting)即时检验,指在病人旁边进行的临床检测及床边检测(bedsidetesting),是利用便携式分析仪器以及配套试剂快速得到检测结果的一种检测方式。常见的POCT设备有生化分析仪、免疫分析仪、PCR仪等,采用干化学、免疫
- 用 PyTorch 构建液态神经网络(LNN):下一代动态深度学习模型
点我头像干啥
AI深度学习pytorch神经网络
引言在深度学习领域,研究人员不断探索更接近生物神经系统工作方式的模型。液态神经网络(LiquidNeuralNetworks,LNN)正是这样一种受生物神经元动态特性启发的创新架构。本文将带你了解LNN的核心概念,并展示如何使用PyTorch实现这种前沿模型。一、什么是液态神经网络?液态神经网络是由MIT研究人员提出的一种新型神经网络架构,它模仿了生物神经系统的几个关键特性:动态连接:神经元之间的
- 智能手机是人类的寄生物
CIb0la
方法论学习程序人生智能手机
有个有趣的观点,智能手机是人类的寄生物。在人类的演化过程中,寄生虫如头虱、跳蚤和绦虫一直伴随左右。但现代最强大的寄生物并非是吸血的无脊椎动物,而是智能手机。智能手机寄生于我们的时间、注意力和个人信息,为科技公司及其广告商谋利。从演化和寄生的角度看,智能手机对社会构成了独一无二的风险。寄生虫的生存依赖于宿主,离开宿主会很快死亡,以头虱为例,它给人类带来的代价主要是痒。智能手机改变了我们的生活,以至于
- 肿瘤靶向治疗中NCCN指南与临床试验入组标准的自动匹配系统(匹配精度98.7%)
百态老人
人工智能
一、核心概念解析NCCN指南的权威性与结构定位:NCCN指南是全球肿瘤诊疗的“金标准”,覆盖97%的美国癌症患者管理决策,基于证据等级(1/2A/2B/3类)和专家共识制定,每年至少更新一次。核心内容:按癌种分类(如非小细胞肺癌、乳腺癌)的靶向治疗路径,明确生物标志物检测要求(如EGFR、ALK突变)。治疗推荐分级:Category1(高级别证据)和2A(专家共识)推荐纳入NCCN纲要,直接影响医
- 工业基材失效的分子级应对逻辑:键合增强与智能适配
工业基材失效的分子级应对逻辑:键合增强与智能适配一、失效根源:环境-基材-涂层的动态博弈'1.孔隙暴露的连锁反应新基材(瓷砖、金属、混凝土)在加工后表面微孔直径达0.1-5μm,形成腐蚀介质渗透通道。若未及时封闭:-键合率不足:防护层与基材结合力<60%,水汽反向渗透导致3-6个月脱落;-环境侵蚀加剧:酸雨(H⁺渗透)、微生物代谢酸加速键合点断裂,引发泛白、黑斑。2.传统防护的局限性-有机涂层:易
- [机缘参悟-234]:人感知到的世界是真实的吗?现实世界会不会是虚拟的?
文火冰糖的硅基工坊
随缘参悟感悟架构模式
前言:数字世界(I-C-T)-物质世界虚拟世界(I-C-T)-虚拟世界信息技术(I-C-T)-物理、化学、生物互联网-通信网-终端-物质云(I)-网(C)-端(T)-物云(中枢神经)-网(周围神经)-端(感官)-物质世界由计算机软硬件构建的看似纷繁复杂、看似五彩斑斓、看似真实的、数字化、智能化的虚拟世界,其底层本质就是二进制的电平序列,掉电后,啥都没有,啥都不是。这与佛家对精神世界的理解是一致的,
- **脉冲神经网络:探索发散创新的潜力**一、引言随着人工智能技术的飞速发展,神经网络已成为解决复杂问题的强大工具。其中,脉冲神经网络(Spiking Neural Network,SNN)作为一种模拟
weixin_43880734
人工智能神经网络深度学习python
脉冲神经网络:探索发散创新的潜力一、引言随着人工智能技术的飞速发展,神经网络已成为解决复杂问题的强大工具。其中,脉冲神经网络(SpikingNeuralNetwork,SNN)作为一种模拟生物神经网络的工作机制,因其高效、节能的特性而受到广泛关注。本文将深入探讨脉冲神经网络的基本原理、创新应用以及发展前景。二、脉冲神经网络概述脉冲神经网络是一种模拟生物神经网络中神经元之间通信方式的网络。与传统的人
- 人工神经网络:架构原理与技术解析
weixin_47233946
架构
##引言在深度学习和人工智能领域,人工神经网络(ArtificialNeuralNetwork,ANN)作为模拟人脑认知机制的核心技术,已在图像识别、自然语言处理和强化学习等领域实现了革命性突破。从AlphaGo击败人类顶尖棋手到ChatGPT的对话生成能力,ANN的进化持续推动技术边界的扩展。本文将深入剖析人工神经网络的核心原理、技术实现与发展趋势。##一、基础概念与数学模型###1.1生物启发
- “组学”的数据结构与概念
不秃的卤蛋
组学多组学人工智能深度学习
1.组学数据:生命系统的分子层面快照定义:组学数据是指利用高通量实验技术,对生物样本(细胞、组织、个体等)在特定状态下,某一类生物分子全集进行系统性、大规模定量测量所产生的数据集。核心特征:全局性(Global):目标是对该分子层面尽可能完整的覆盖(如全基因组、全转录组、全蛋白质组),而非单个分子。高通量(High-throughput):依赖先进平台(如二代/三代测序、高分辨率质谱、芯片技术),
- harmony-utils之SM3,SM3工具类
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harmony-utils之SM3,SM3工具类harmony-utils简介与说明harmony-utils一款功能丰富且极易上手的HarmonyOS工具库,借助众多实用工具类,致力于助力开发者迅速构建鸿蒙应用。其封装的工具涵盖了APP、设备、屏幕、授权、通知、线程间通信、弹框、吐司、生物认证、用户首选项、拍照、相册、扫码、文件、日志,异常捕获、字符、字符串、数字、集合、日期、随机、base64
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harmony-utils之Base64Util,Base64工具类harmony-utils简介与说明harmony-utils一款功能丰富且极易上手的HarmonyOS工具库,借助众多实用工具类,致力于助力开发者迅速构建鸿蒙应用。其封装的工具涵盖了APP、设备、屏幕、授权、通知、线程间通信、弹框、吐司、生物认证、用户首选项、拍照、相册、扫码、文件、日志,异常捕获、字符、字符串、数字、集合、日期
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- 马化腾重回中国首富宝座 张一鸣、钟睒睒分列第二、第三
财经三剑客
百度
根据彭博亿万富翁指数的最新数据,腾讯创始人马化腾的个人财富达到了439亿美元,这一数字让他超越了农夫山泉和万泰生物的董事长钟睒睒,成为了中国首富。钟睒睒的财富有所下降,跌至第三位。而字节跳动有限公司的创始人张一鸣,其公司旗下拥有广受欢迎的短视频平台TikTok,他的财富排名第二。尽管马化腾的财富有所增加,但与2021年1月的峰值相比,他的净资产仍然下降了大约40%。自7月以来,马化腾已经是第三位获
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- 中国高新科技杂志中国高新科技杂志社中国高新科技编辑部2024年第10期目录
科研达人互联网领域资深工程师陈晔技术引领创新赋能以IT技术推动行业转型升级宋丽君;5-6中国科学院过程工程研究所副研究员武春晓助跑科研“马拉松”共圆创新中国梦周玮;杨烁;7-8中国科学院大学资源与环境学院副教授蔡晓琳生物治理重金属土壤焕发新生机朱琳;杨烁;9-10创新中国《中国高新科技》投稿:
[email protected]苏州拓瑞特新材料有限公司总经理廖仕杰从科研专家到行业领袖探索科研创新与产
- 博弈论概述
C7211BA
博弈论
博弈论(GameTheory)是研究理性决策者在策略互动中如何行动和决策的数学理论。它广泛应用于经济学、政治学、生物学、计算机科学等领域。以下是博弈论的主要思想和核心概念:1.核心思想博弈论的核心是分析多个参与者(玩家)在相互依赖的情境中如何做出最优决策,即每个人的收益不仅取决于自己的选择,还取决于他人的选择。主要特点包括:策略互动:玩家的决策相互影响。理性假设:玩家追求自身利益最大化(理性人假设
- 数字媒体专业核心课程体系以“艺术创意+数字科技+产业应用”三维融合
速易达网络
数字媒体专业课程媒体科技
数字媒体专业核心课程体系以“艺术创意+数字科技+产业应用”三维融合为核心,培养兼具技术实践与艺术创新能力的复合型人才。课程设计紧跟行业趋势,结合2025年最新高校培养方案,系统梳理如下:一、艺术与技术基础模块艺术基础课程造型与色彩:素描、速写、色彩理论、构成艺术,培养空间结构与视觉表达力。动态设计:运动规律、角色动作表达(生物力学原理),掌握动画底层逻辑。设计理论:设计美学、艺术设计概论,提升审美
- 书其实只有三类
西蜀石兰
类
一个人一辈子其实只读三种书,知识类、技能类、修心类。
知识类的书可以让我们活得更明白。类似十万个为什么这种书籍,我一直不太乐意去读,因为单纯的知识是没法做事的,就像知道地球转速是多少一样(我肯定不知道),这种所谓的知识,除非用到,普通人掌握了完全是一种负担,维基百科能找到的东西,为什么去记忆?
知识类的书,每个方面都涉及些,让自己显得不那么没文化,仅此而已。社会认为的学识渊博,肯定不是站在
- 《TCP/IP 详解,卷1:协议》学习笔记、吐槽及其他
bylijinnan
tcp
《TCP/IP 详解,卷1:协议》是经典,但不适合初学者。它更像是一本字典,适合学过网络的人温习和查阅一些记不清的概念。
这本书,我看的版本是机械工业出版社、范建华等译的。这本书在我看来,翻译得一般,甚至有明显的错误。如果英文熟练,看原版更好:
http://pcvr.nl/tcpip/
下面是我的一些笔记,包括我看书时有疑问的地方,也有对该书的吐槽,有不对的地方请指正:
1.
- Linux—— 静态IP跟动态IP设置
eksliang
linuxIP
一.在终端输入
vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0
静态ip模板如下:
DEVICE="eth0" #网卡名称
BOOTPROTO="static" #静态IP(必须)
HWADDR="00:0C:29:B5:65:CA" #网卡mac地址
IPV6INIT=&q
- Informatica update strategy transformation
18289753290
更新策略组件: 标记你的数据进入target里面做什么操作,一般会和lookup配合使用,有时候用0,1,1代表 forward rejected rows被选中,rejected row是输出在错误文件里,不想看到reject输出,将错误输出到文件,因为有时候数据库原因导致某些column不能update,reject就会output到错误文件里面供查看,在workflow的
- 使用Scrapy时出现虽然队列里有很多Request但是却不下载,造成假死状态
酷的飞上天空
request
现象就是:
程序运行一段时间,可能是几十分钟或者几个小时,然后后台日志里面就不出现下载页面的信息,一直显示上一分钟抓取了0个网页的信息。
刚开始已经猜到是某些下载线程没有正常执行回调方法引起程序一直以为线程还未下载完成,但是水平有限研究源码未果。
经过不停的google终于发现一个有价值的信息,是给twisted提出的一个bugfix
连接地址如下http://twistedmatrix.
- 利用预测分析技术来进行辅助医疗
蓝儿唯美
医疗
2014年,克利夫兰诊所(Cleveland Clinic)想要更有效地控制其手术中心做膝关节置换手术的费用。整个系统每年大约进行2600例此类手术,所以,即使降低很少一部分成本,都可以为诊 所和病人节约大量的资金。为了找到适合的解决方案,供应商将视野投向了预测分析技术和工具,但其分析团队还必须花时间向医生解释基于数据的治疗方案意味着 什么。
克利夫兰诊所负责企业信息管理和分析的医疗
- java 线程(一):基础篇
DavidIsOK
java多线程线程
&nbs
- Tomcat服务器框架之Servlet开发分析
aijuans
servlet
最近使用Tomcat做web服务器,使用Servlet技术做开发时,对Tomcat的框架的简易分析:
疑问: 为什么我们在继承HttpServlet类之后,覆盖doGet(HttpServletRequest req, HttpServetResponse rep)方法后,该方法会自动被Tomcat服务器调用,doGet方法的参数有谁传递过来?怎样传递?
分析之我见: doGet方法的
- 揭秘玖富的粉丝营销之谜 与小米粉丝社区类似
aoyouzi
揭秘玖富的粉丝营销之谜
玖富旗下悟空理财凭借着一个微信公众号上线当天成交量即破百万,第七天成交量单日破了1000万;第23天时,累计成交量超1个亿……至今成立不到10个月,粉丝已经超过500万,月交易额突破10亿,而玖富平台目前的总用户数也已经超过了1800万,位居P2P平台第一位。很多互联网金融创业者慕名前来学习效仿,但是却鲜有成功者,玖富的粉丝营销对外至今仍然是个谜。
近日,一直坚持微信粉丝营销
- Java web的会话跟踪技术
百合不是茶
url会话Cookie会话Seession会话Java Web隐藏域会话
会话跟踪主要是用在用户页面点击不同的页面时,需要用到的技术点
会话:多次请求与响应的过程
1,url地址传递参数,实现页面跟踪技术
格式:传一个参数的
url?名=值
传两个参数的
url?名=值 &名=值
关键代码
- web.xml之Servlet配置
bijian1013
javaweb.xmlServlet配置
定义:
<servlet>
<servlet-name>myservlet</servlet-name>
<servlet-class>com.myapp.controller.MyFirstServlet</servlet-class>
<init-param>
<param-name>
- 利用svnsync实现SVN同步备份
sunjing
SVN同步E000022svnsync镜像
1. 在备份SVN服务器上建立版本库
svnadmin create test
2. 创建pre-revprop-change文件
cd test/hooks/
cp pre-revprop-change.tmpl pre-revprop-change
3. 修改pre-revprop-
- 【分布式数据一致性三】MongoDB读写一致性
bit1129
mongodb
本系列文章结合MongoDB,探讨分布式数据库的数据一致性,这个系列文章包括:
数据一致性概述与CAP
最终一致性(Eventually Consistency)
网络分裂(Network Partition)问题
多数据中心(Multi Data Center)
多个写者(Multi Writer)最终一致性
一致性图表(Consistency Chart)
数据
- Anychart图表组件-Flash图转IMG普通图的方法
白糖_
Flash
问题背景:项目使用的是Anychart图表组件,渲染出来的图是Flash的,往往一个页面有时候会有多个flash图,而需求是让我们做一个打印预览和打印功能,让多个Flash图在一个页面上打印出来。
那么我们打印预览的思路是获取页面的body元素,然后在打印预览界面通过$("body").append(html)的形式显示预览效果,结果让人大跌眼镜:Flash是
- Window 80端口被占用 WHY?
bozch
端口占用window
平时在启动一些可能使用80端口软件的时候,会提示80端口已经被其他软件占用,那一般又会有那些软件占用这些端口呢?
下面坐下总结:
1、web服务器是最经常见的占用80端口的,例如:tomcat , apache , IIS , Php等等;
2
- 编程之美-数组的最大值和最小值-分治法(两种形式)
bylijinnan
编程之美
import java.util.Arrays;
public class MinMaxInArray {
/**
* 编程之美 数组的最大值和最小值 分治法
* 两种形式
*/
public static void main(String[] args) {
int[] t={11,23,34,4,6,7,8,1,2,23};
int[]
- Perl正则表达式
chenbowen00
正则表达式perl
首先我们应该知道 Perl 程序中,正则表达式有三种存在形式,他们分别是:
匹配:m/<regexp>;/ (还可以简写为 /<regexp>;/ ,略去 m)
替换:s/<pattern>;/<replacement>;/
转化:tr/<pattern>;/<replacemnt>;
- [宇宙与天文]行星议会是否具有本行星大气层以外的权力呢?
comsci
举个例子: 地球,地球上由200多个国家选举出一个代表地球联合体的议会,那么现在地球联合体遇到一个问题,地球这颗星球上面的矿产资源快要采掘完了....那么地球议会全体投票,一致通过一项带有法律性质的议案,既批准地球上的国家用各种技术手段在地球以外开采矿产资源和其它资源........
&
- Oracle Profile 使用详解
daizj
oracleprofile资源限制
Oracle Profile 使用详解 转
一、目的:
Oracle系统中的profile可以用来对用户所能使用的数据库资源进行限制,使用Create Profile命令创建一个Profile,用它来实现对数据库资源的限制使用,如果把该profile分配给用户,则该用户所能使用的数据库资源都在该profile的限制之内。
二、条件:
创建profile必须要有CREATE PROFIL
- How HipChat Stores And Indexes Billions Of Messages Using ElasticSearch & Redis
dengkane
elasticsearchLucene
This article is from an interview with Zuhaib Siddique, a production engineer at HipChat, makers of group chat and IM for teams.
HipChat started in an unusual space, one you might not
- 循环小示例,菲波拉契序列,循环解一元二次方程以及switch示例程序
dcj3sjt126com
c算法
# include <stdio.h>
int main(void)
{
int n;
int i;
int f1, f2, f3;
f1 = 1;
f2 = 1;
printf("请输入您需要求的想的序列:");
scanf("%d", &n);
for (i=3; i<n; i
- macbook的lamp环境
dcj3sjt126com
lamp
sudo vim /etc/apache2/httpd.conf
/Library/WebServer/Documents
是默认的网站根目录
重启Mac上的Apache服务
这个命令很早以前就查过了,但是每次使用的时候还是要在网上查:
停止服务:sudo /usr/sbin/apachectl stop
开启服务:s
- java ArrayList源码 下
shuizhaosi888
ArrayList源码
版本 jdk-7u71-windows-x64
JavaSE7 ArrayList源码上:http://flyouwith.iteye.com/blog/2166890
/**
* 从这个列表中移除所有c中包含元素
*/
public boolean removeAll(Collection<?> c) {
- Spring Security(08)——intercept-url配置
234390216
Spring Securityintercept-url访问权限访问协议请求方法
intercept-url配置
目录
1.1 指定拦截的url
1.2 指定访问权限
1.3 指定访问协议
1.4 指定请求方法
1.1 &n
- Linux环境下的oracle安装
jayung
oracle
linux系统下的oracle安装
本文档是Linux(redhat6.x、centos6.x、redhat7.x) 64位操作系统安装Oracle 11g(Oracle Database 11g Enterprise Edition Release 11.2.0.4.0 - 64bit Production),本文基于各种网络资料精心整理而成,共享给有需要的朋友。如有问题可联系:QQ:52-7
- hotspot虚拟机
leichenlei
javaHotSpotjvm虚拟机文档
JVM参数
http://docs.oracle.com/javase/6/docs/technotes/guides/vm/index.html
JVM工具
http://docs.oracle.com/javase/6/docs/technotes/tools/index.html
JVM垃圾回收
http://www.oracle.com
- 读《Node.js项目实践:构建可扩展的Web应用》 ——引编程慢慢变成系统化的“砌砖活”
noaighost
Webnode.js
读《Node.js项目实践:构建可扩展的Web应用》
——引编程慢慢变成系统化的“砌砖活”
眼里的Node.JS
初初接触node是一年前的事,那时候年少不更事。还在纠结什么语言可以编写出牛逼的程序,想必每个码农都会经历这个月经性的问题:微信用什么语言写的?facebook为什么推荐系统这么智能,用什么语言写的?dota2的外挂这么牛逼,用什么语言写的?……用什么语言写这句话,困扰人也是阻碍
- 快速开发Android应用
rensanning
android
Android应用开发过程中,经常会遇到很多常见的类似问题,解决这些问题需要花时间,其实很多问题已经有了成熟的解决方案,比如很多第三方的开源lib,参考
Android Libraries 和
Android UI/UX Libraries。
编码越少,Bug越少,效率自然会高。
但可能由于 根本没听说过、听说过但没用过、特殊原因不能用、自己已经有了解决方案等等原因,这些成熟的解决
- 理解Java中的弱引用
tomcat_oracle
java工作面试
不久之前,我
面试了一些求职Java高级开发工程师的应聘者。我常常会面试他们说,“你能给我介绍一些Java中得弱引用吗?”,如果面试者这样说,“嗯,是不是垃圾回收有关的?”,我就会基本满意了,我并不期待回答是一篇诘究本末的论文描述。 然而事与愿违,我很吃惊的发现,在将近20多个有着平均5年开发经验和高学历背景的应聘者中,居然只有两个人知道弱引用的存在,但是在这两个人之中只有一个人真正了
- 标签输出html标签" target="_blank">关于标签输出html标签
xshdch
jsp
http://back-888888.iteye.com/blog/1181202
关于<c:out value=""/>标签的使用,其中有一个属性是escapeXml默认是true(将html标签当做转移字符,直接显示不在浏览器上面进行解析),当设置escapeXml属性值为false的时候就是不过滤xml,这样就能在浏览器上解析html标签,
&nb