论文是
De novo assembly, annotation, and comparative analysis of 26 diverse maize genomes
image.png
部分数据代码是公开的 下载链接https://zenodo.org/record/4781590#.YSB40Hzivic
论文本地pdf 玉米Science.pdf
附件本地pdf abg5289_Hufford_SM.pdf
今天的推文我们来重复一下论文附件中的Figure S2c
image.png
论文中提供的代码用到的作图数据没有找到，推文中用论文中提供的数据 numeric_pan_matrix.csv试试
首先是读取数据并查看数据维度
df<-read.csv("numeric_pan_matrix.csv",
row.names = 1)
dim(df)
宽格式转换为长格式数据
library(dplyr)
df %>%
mutate(x=1:nrow(.)) %>%
select(2:27,x) %>%
reshape2::melt(,id.vars="x") %>%
mutate(pav=case_when(
value == 0 ~ "Absence",
TRUE ~ "Presence"
)) -> dfa
dfa %>% count(pav)
作图
pdf(file = "pavheatmap.pdf",
width = 10,
height = 6,
family = "serif")
ggplot(data=dfa,aes(x=x,y=variable))+
geom_tile(aes(fill=pav))+
scale_fill_manual(name="Pan-Genes (n=103033) Presence or Absence",
values=c("#316879","#ff9a8d")) +
theme_classic() +
theme(axis.title.x=element_blank(),
axis.text.x=element_blank(),
axis.ticks.x=element_blank()) +
theme(axis.title.y=element_blank(),
axis.text.y=element_text(angle = 0,
hjust = 1,
colour = color_fill),
axis.ticks.y=element_blank()) +
theme(legend.position="bottom") +
theme(text = element_text(size = 12))
dev.off()
最终结果
这个图和论文中的还是有些差别的，原因是x轴的基因顺序没有按照论文中的图排序（这里我不知道他是如何排序的）
这里的新学到的一个知识点是可以给坐标轴的文本添加颜色，虽然会遇到警告信息
image.png
这个警告可以暂时忽略
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（本篇推文写于2021年10月6号返校途中，北京开往南京的火车上，D711,第一次坐D开头的卧铺车，环境装饰相较于k或者T更显干净整洁,空间大小相当，每个床铺上多了一个收纳物品的空间。
从本科开始的T56的硬座，依次体验了T,K的硬卧，D字头硬座和二等卧，G字头的二等座，不知道啥时候可以做到乘坐商务座而不用担心价格的阶段 哈哈哈，那个时候还会焦虑吗？）