Hic-pro 的安装

目前处理Hi-c数据的工具主要是Hic-pro和juicer。juicer相对来说更好用一些，因为更加流程化一些。(具体使用方法见《HIC数据介绍及相关分析》）但鉴于Hic-pro依然有很多人在使用，所以我就来介绍下它的安装。

1.HiC-Pro的安装

1.1.打开linux系统

1.2.首先安装canda命令（如果有的话，可以跳过此步,但是建议重新安装）

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

source ~/.bashrc

conda config--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

conda config--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

conda config--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda

conda config--setshow_channel_urlsyes

因为HiC-Pro只支持python2,自带的miniconda3是用python3编辑的，防止后面出现错误，建议安装miniconda2。（这个是之前写的，你也可以使用conda创建python2的虚拟环境）

1.3 依赖软件的安装

conda install -y samtools bowtie2 R

conda install -y pysam bx-python numpy scipy

1.4 下载HiC-Pro软件并安装

从github下载最新版本的HIC-Pro.加载到环境中。

tar -zxvf HiC-Pro-2.11.4.tar.gz//解压

cd HiC-Pro-2.11.4//进入目录

这时需要修改目录下的config-install.txt。修改命令（vi)的使用方法自行百度。

vi config-install.txt

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## Paths and Settings  - Start editing here !

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PREFIX= Hic-pro文件安装位置(可随意指定，建议新建文件夹)

BOWTIE2_PATH= bowtie2安装目录

SAMTOOLS_PATH= samtools安装目录

R_PATH= R的安装目录

PYTHON_PATH= python安装目录

CLUSTER_SYS= 用于集群提交的调度器,必须为TORQUE,SGE,SLURM,LSF四个中的一种

找不到的文件目录可以用which进行查找。如下

which R

~/miniconda2/bin/R

1.5 安装HiC-Pro

修改完成后,运行下面命令，完成安装。

make configure

make install