【软件安装】---宏基因组分析软件qiime2的安装及使用

前言：QIIME 2是一款强大的、可扩展的、分散的微生物组分分析包，其重点是数据和分析透明度。QIIME 2能帮助研究人员分析原始测序数据，并得到出版物质量的数据和统计结果。

最新版本Qiime2

官方网址：https://docs.qiime2.org/2020.2/about/
安装qiime2
由于qiime2的配置文件需要使用conda安装很多依赖工具，所以首先需要下载qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml：
使用wget下载：

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

或者手动下载：

https://raw.githubusercontent.com/qiime2/environment-files/master/2020.2/release/qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

使用conda安装qiime2：

#修改国内源
sed -i "s/conda-forge/https:\/\/mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn\/anaconda\/cloud\/conda-forge/" qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
sed -i "s/bioconda/https:\/\/mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn\/anaconda\/cloud\/bioconda/" qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
sed -i "/^- q2/d" qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml
sed -i "/^- qiime2/d" qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

#安装qiime2
conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

激活qiime2虚拟环境：

source activate qiime2-2020.2

安装过程中如果有报错，如：

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url 
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url 
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url 
Elapsed: -

An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

这时，需要把已安装的配置软件先删除，再重新安装一次，跟网络稳定性有关：

conda clean -y --all
conda env create -n qiime2-2020.2 --file qiime2-2020.2-py36-linux-conda.yml

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做了这么久生信，我也该出山了，如果有生信分析需求或者想交流生信学习经验的小伙伴，可在私信联系我噢~~

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