目前NCBI中的SRA上传流程有精简与优化，可以不需要单独申请BioSample与BioProject。因为SRA提交步骤中就包含了创建BioProject和BioSample，可以直接一步到位。
1、开始创建SRA
登录NCBI主上传界面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/submit/，选择SRA数据库。
或者到SRA 的网页https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub，点击“Create new Submission”。
最后都进入到SAR数据上传主界面，点击创建。
可能进来之后的界面是这样的，没有看到创建按钮：
后来发现，首次使用的用户需要注册邮箱的邮件确认之后，才能开始上传。
2、填写submitter信息
如果是初次递交数据，根据要求填写下面信息，填写提交人的个人信息和单位信息：需要将*必填项需准确且完整地填写。
注：email选项中，两个邮箱中需要留一个该项目负责人的常用邮箱，因为后续如果想要修改数据信息或者释放时间，都需要该邮箱发送邮件至NCBI才会受理。如果已经是SRA老用户，确认默认信息，做些更改即可。
3、GENERAL INFO（关键步骤）
如果此次上传的样品已经申请过BioProject和BioSample，则选择“Yes”并添加相应的BioProject 编号（如PRJNA#）；如果未申请过，则选择“NO”,此次SRA上传向导就会在后续步骤中让您填写相关信息，由系统自动创建并分配编号。此处千万不要随便选择，否则后续步骤会报错。
4、PROJECT INFO（填写project信息）
只需填写 2 个信息，Project title 和 Public description，点击“？”会出现提示，按照提示参考例子填写即可。（带有*号的为必填，其它可以不填写）
5、BIOSAMPLE TYPE（样本类型选择）
按照样本的物种或者来源，选择一个类型。
6、填写Biosample信息
有两种方式，一种是在线表格填写（样品数据较少建议使用此种方法，如只有一个样品）；另外一种是需要我们下载excel表格填写，表格中绿色的为必填，蓝色浅蓝色的需要至少填一个，其他可以填写'not collected', 'not applicable' or 'missing'，黄色内容可以选填或者不填写，如果是生物学重复需要添加一列replicate，按照“replicate = biological replicate 1”格式进行填写，如下图所示（这个很重要，否则后续会报错）。填写完成后需要将Excel另存为文本文件（制表符分隔），然后点击“选择文件”上传；
Organism：需要使用拉丁名称进行填写，不能填写成英文名称，如果填写拉丁名称还报错，此处也可以填写样品名称；
Isolate：有时提交表格报错，是因为不同的样品在这个地方填写了相同的信息，因此需要修改成不同的信息，可以填写该样品是怎么处理的；
collection_date，样本搜集日期，格式必须是 XX-月份简写-年份四位，设置单元格为文本后填写；
Geo loc name，样本搜集地点，国家：城市 省份，如：China:Beijing；
Sample_type，样本类型。如：Microbe\Model organism or animal sample\Human sample\Pathogen；
这步容易出错，请耐心填写，注意在输入法英文状态下填写。上传前，多检查，报错后 SRA
系统会给出理由以及推荐的修改方式。
7、SRA METADATA（上传Metadata表格）
上一步表格上传完成后，接着上传Metadata表格，填写规则请查看Excel表格中的Sheet3中的library and Platform Terms信息（或者参考以下内容）。填写完成后另存为txt文本文件（制表分隔符），然后点击“选择文件”进行上传；
8、填写Biosample信息
sheet3是关于文库和测序平台的一些介绍。只用填写 sheet2，如图，鼠标放在表头红色的三角符号上会有提示。
第一列(A 列)，bioproject_accession，如果之前没申请 bioproject 则不用填写；
第二列(B 列)，与之前的 sample name（2.5 样本信息表填写）要一致；
第三列(C 列)，library_ID，可以自己编写一个，或者可以直接填写样品名称，各不一样；
第四列(D 列)，简单描述项目背景；
第 EFGHIJ，下拉框进行选择即可，在 sheet3 里面有具体的介绍，以下列出来常见的项目类型，以供参考。
第L列是填写上传的文件类型，普通转录组一般上传fq，则第Q列不需要填写（或者也可以上传比对结果bam文件，此时Q列需要提供比对基因组信息）。如果上传全转录组的测序结果文件可参考以下填写内容，由于pacbio的下机原始数据为bam格式，而bam格式NCBI系统则认为是比对结果文件，此时可以填写“unaligned”。（以下NCBI staff给我们支招）
For unaligned bam files please enter ‘unaligned’ in the ‘assembly’ column.
此外，我们Pacbio测序平台的数据也可以直接上传CCS后的fq或fa文件（一致性序列）。
第 K 列是实验设计的描述，如果Library_Strategy\Library_Source两个地方其中选择了“OTHER”选项，则需要填写建库过程。
第 M 列是上传文件的名字（一般PE双端测序每个样品有两个文件、SE单端测序每个样品一个文件）。txt 文件（制表符分隔）上传后，然后点击“Continue”。
后续可以继续选择网页上传，该方法操作简便，且可以选择多个文件同时上传。单个文件大于2G时需要安装Aspera软件，下载地址：https://downloads.asperasoft.com/connect2//
Filezilla客户端上传
该方法支持断点续传，且不需要敲入任何代码，只需要进行简单的拖拽操作就可以轻松完成数据上传SRA。
1、安装Filezilla
首先需要安装Filezilla（https://filezilla-project.org/download.php?show_all=1 ），一般我们使用较多的是windows操作系统，选择与自己匹配的版本（如果不确定自己的windows是32位还是64位，建议下载win32这个版本）进行安装。除此之外，该网站还有Mac、Linux版本，如下图所示。
默认安装目录或者自定义安装路径都可以。如果老师不愿意安装Filezilla，这里推荐一个免安装的绿化版本Filezilla软件免费分享给您。已经上传至网盘：https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/VvI7Fn （鼠标左键单击跳转进入网盘后进行下载）
2、使用 Filezilla 连接 NCBI
在上传向导提交页面中进行到 Files这一步骤时需要选择：FTP or Aspera Command Line file preload，如下图所示：
而后点击下面的FTP upload instructions，主要获取红色框里面的信息，这部分为SRA提供的账号密码信息（如下图所示），以便后续Filezilla连接。
使用上述提供的账号密码链接服务器（主机输入上述对应的Address：ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov），状态提示栏会报 550/:permission denied 错误，此时不必惊讶，这是正常情况。
接着，只需要在软件的远程站点框中输入指定的个人目录 upload/xxxxx（注：在上传的网页界面中FTP upload instructions信息里面查找，每个账号的路径都是不一样的，我的路径为：uploads/[email protected]_*******），然后键盘上敲击 Enter 即可进入个人目录。
进入个人目录后需要新建一个文件夹，来进行上传数据。如果不创建文件夹而直接将数据上传到个人目录下面，系统将不能自动提取上传的数据。因此，在远程站点区域选中路径，然后鼠标右击，创建new_folder目录：
此时就可以在本地站点中找到clean data文件夹中的fq文件，直接拖拽到刚在远程站点中创建的new_folder文件夹中，完成拖拽就开始进行上传了，如下图所示：
当Filezilla在服务器/本地文件列队文件区域都为空白时，表示完成文件传输。成功的传输界面也表示上述拖拽的8个文件都已经完成上传，如下图所示。
2、回到上传网页操作
当Filezilla上传完数据后，还需要在网页上操作最后几步。回到SRA上传向导网页中，点击Select preload folder按钮后弹出界面，如下图所示：
再点击Refresh folders：
文件数据与之前上传的是一致的，点击Use select folder回到网页，发现Select preload folder按钮后面显示已经选中new_folder文件夹，然后点击continue进行到下一步。
Overview这一步就是检查之前上传的信息是否有误，如果非常确定准确无误的话，就可以直接点击Submit进行提交了。
完成数据上传后，5个工作日内会收到NCBI发送的一封邮件，里面包含SRA accession ID(一般以SR开头)，文章中可以作为引用。
如果没有收到邮件，可以登录NCBI账号进入SRA上传界面，点击Manage Data查看Bioproject accession，该ID也可在文章中作为引用。（每个样品的accession也是可以的）
最后，如果还是想让NCBI提供上述邮件中对应的SRA accession，可以发邮件至[email protected] 注意邮件中需要提供SRA submission SUB*****（每次上传数据系统都会生成一个提交号码）。
文章来源：https://mp.weixin.qq.com/s/eiaTqJ4kJxmDJfHZe_N66w