- 基于多模态大模型的不完整多组学数据特征选择策略
m0_65156252
人工智能
基于多模态大模型的不完整多组学数据特征选择策略是当前生物信息学和精准医学领域的一个前沿问题。在多组学数据中,通常包括不同层次的生物信息(如基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等),这些数据通常存在缺失、噪声或不一致的情况。因此,如何有效地在这些不完整的数据中进行特征选择,是实现精确疾病预测和个性化治疗的关键。结合多模态大模型(如自监督学习、图神经网络、Transformer等)可以有效解决这一问题。以
- 代码随想录|学习工具分享
EvLast
数据结构与算法学习
工具分享画图https://excalidraw.com/大家平时刷题可以用这个网站画草稿图帮助理解!如果看题解很蒙或者思路不清晰的时候,跟着程序处理流程画一个图,90%的情况下都可以解决问题!数据结构可视化https://www.cs.usfca.edu/~galles/visualization/Algorithms.html数据结构和算法可视化可以看这个网站,还可以互动添加元素等,非常直观让
- 用共线性分析的方法进行古基因组重构(前置知识与准备)
ALPH_
古基因组重构重构wgdi生物信息基因组r语言-4.2.1r语言数据分析
一、什么是全基因组加倍事件许多生物目前是多倍体,或者具有多倍体祖先并且现在具有次生的“二倍体化”基因组。这一发现令人惊讶,因为保留整个基因组重复(WGD)非常罕见,这表明多倍体往往是进化的死胡同。我们认为,古代基因组倍增可能只在非常特定的条件下能够存活,但是,无论何时建立,它们可能对物种多样化产生显著影响,并导致生物复杂性增加和进化新奇性的起源。全基因组复制(WGD)或多倍体,随后伴随基因丢失和二
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stereohomology
学习学习pythonMayaVi
http://www.sam.math.ethz.ch/~raoulb/teaching/PythonTutorial/tips_mayavi2.htmlMayavi2Mayavi2seekstoprovideeasyandinteractivevisualizationof3-Ddata.Itoffers:An(optional)richuserinterfacewithdialogstoint
- Python库 - Mayavi
司南锤
PYTHON库python开发语言
Mayavi是一个用于科学数据可视化的Python库,特别适用于三维数据的可视化。基于VTK(VisualizationToolkit)库,提供了简单易用的接口来创建复杂的三维图形。Mayavi可以用于绘制各种类型的三维图形,如点云、曲面、体积数据等,并且支持交互式操作。文章目录安装Mayavi基本概念基本用法1.创建一个简单的三维图形2.绘制点云3.绘制等值面4.交互式操作高级用法1.使用模块和
- 专栏问答:公共数据库发表能发表国际学术期刊吗?能够成为本硕博的毕业论文主要研究吗?以NHANES数据库为例
DAT|R科学与人工智能
用R探索医药数据科学数据库机器学习r语言r-4.2.1人工智能
随着大数据和人工智能的迅猛发展,公共数据库在医药研究中的应用日益广泛。无论是基因组学、流行病学,还是药物研发,公共数据库都提供了海量的数据资源,为研究人员节省了大量的时间和成本。然而,许多医药类专业的学生和研究者仍然对公共数据库的学术价值存在疑问:利用公共数据库的数据进行研究,是否可以发表在国际学术期刊上?能否作为本科、硕士或博士毕业论文的主要研究内容?本文将围绕这些问题展开讨论,并结合实际案例分
- 生物信息学工作流(Bioinformatics Workflow):概念、历史、现状与展望?
lisw05
生物信息学生物信息学工作流
李升伟整理1.引言生物信息学工作流是指通过一系列计算步骤和工具,对生物学数据进行处理、分析和解释的系统化流程。随着高通量测序技术的普及和生物数据的爆炸式增长,生物信息学工作流在基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域中扮演着至关重要的角色。它不仅提高了数据分析的效率,还为生命科学研究提供了新的视角和方法。2.生物信息学工作流的概念生物信息学工作流的核心是将复杂的生物学数据分析任务分解为多个可管理的步骤
- 多线程-CompletableFuture
侧耳倾听111
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简介CompletableFuture:异步任务编排工具。java8中引入的一个类,位于juc包下,是Future的增强版。它可以让用户更好地构建和组合异步任务,避免回调地狱。在CompletableFuture中,如果用户没有指定执行异步任务时的线程池,默认使用ForkJoinPool中的公共线程池。使用案例简单使用几个入门案例,学习如何使用CompletableFuture提交异步任务并行接收
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探秘BirdWatch:实时推文可视化利器BirdWatchTweetstreamanalysisandvisualizationwithreal-timeupdates.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BirdWatchBirdWatch是一款基于Web的响应式应用,专为实时展示和分析推文流而设计。它最初是一个实验平台,用于探索解决同一问题的不同方法
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多元分析回归matlab线性代数数学建模算法
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沉迷单车的追风少年
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项目场景:基于深度学习的三维点云可视化问题描述:Traceback(mostrecentcalllast):File".\draw_npy.py",line25,ino3d.visualization.draw_geometries([pcd.points])TypeError:draw_geometries():incompatiblefunctionarguments.Thefollowing
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begei
面试学习路线阿里巴巴golang开发语言后端
文章目录前言一、GO和KEGG1.**GO富集分析:**2.KEGG富集分析:二、使用步骤1.数据处理2.GO分析3.KEGG富集总结前言GO(GeneOntology,基因本体)富集和KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,京都基因与基因组百科全书)富集分析能够从不同角度揭示基因的功能和生物学意义一、GO和KEGG1.GO富集分析:说明基因在分子功能(Mo
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邪恶的凹凸曼
笔记算法
MicrobeCensus:快速估计宏基因组数据中的平均基因组大小在微生物组学研究中,了解微生物群落的平均基因组大小(AGS)对于揭示群落结构和功能至关重要。今天,我将为大家介绍一个非常实用的工具——MicrobeCensus。它能够从宏基因组数据中快速估计微生物群落的平均基因组大小,帮助我们更好地理解微生物群落的组成和功能。接下来,我将详细分享如何安装和使用这个强大的工具。一、为什么选择Micr
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探序基因肿瘤研究院整理安装bwa:github地址:https://github.com/lh3/bwa或者Burrows-WheelerAligner下载页面:https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/作者通过下载的方式,下载了bwa-0.7.17make发现报错:/usr/bin/ld:./libbwa.a(rope.o):/home/del
- QT Data Visualization模块(一)
淼淼763
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1、.pro文件添加模块:QT+=datavisualization2、包含头文件:#include3、Q3DBars、Q3DScatter、Q3DSurface继承QWindow类。QAbstract3DGraph是Qt框架中用于实现三维图形的抽象基类,QAbstract3DGraph提供了一组通用的方法和属性。4、每一种三维图形类对应一种三维序列(在图像处理和计算机图形学中,"图形序列"是指一
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浩瀚之水_csdn
三维图像vtk
vtkLight是VTK(TheVisualizationToolkit)中用于代表现实场景中灯光的一个类。在三维渲染场景中,灯光是必备的要素之一,它为场景提供照明,使得渲染出来的图像更加逼真和立体。以下是对vtkLight的详细介绍:一、灯光类型vtkLight可以分为两种类型:位置灯光(PositionalLight,也叫聚光灯)和方向灯光(DirectionLight)。位置灯光:光源位置在
- 可可泛基因组-文献精读112
让学习成为一种生活方式
生物信息学泛基因组基因组泛基因组
GenomicstructuralvariantsconstrainandfacilitateadaptationinnaturalpopulationsofTheobromacacao,thechocolatetree基因组结构变异在可可树(Theobromacacao)自然种群中的适应性限制与促进作用意义基因组结构变异(SVs)是适应和物种形成的重要因素,但我们对其整体适应性后果的理解仍然有限
- 基因组之全局互作热图可视化
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引言PlotHiC是一个专为Hi-C数据可视化分析而设计的Python包。Hi-C技术是一种能够检测染色体三维结构的实验方法,它能揭示DNA在细胞核内的三维组织结构。为了更好地展示和解释这些复杂的数据,PlotHiC可以帮助用户方便地绘制Hi-C数据的热图。优势仅使用.hic文件,无需merged_nodups.txt,仅5秒即可出图可自定义染色体名称无需assembly文件更新如果有新的需求或者
- 基于Python的人工智能驱动基因组变异算法:设计与应用(下)
Allen_LVyingbo
python医疗高效编程研发python人工智能算法健康医疗系统架构
3.3.2数据清洗与预处理在基因组变异分析中,原始数据往往包含各种噪声和不完整信息,数据清洗与预处理是确保分析结果准确性和可靠性的关键步骤。通过Python的相关库和工具,可以有效地去除噪声、填补缺失值、标准化数据等,为后续的分析提供高质量的数据基础。在基因组数据中,噪声数据可能来源于测序误差、实验操作不当等因素,这些噪声会干扰分析结果的准确性。使用Python的相关库和工具可以对数据进行过滤,去
- 基于Python的人工智能驱动基因组变异算法:设计与应用(上)
Allen_LVyingbo
python医疗高效编程研发python人工智能算法健康医疗
一、引言1.1研究目标与内容本研究旨在设计并应用基于Python的人工智能驱动的基因组变异算法,以应对基因组学研究中日益增长的数据挑战,提高对基因组变异的理解和应用能力。主要研究内容包括:数据预处理:利用Python的Biopython、pandas等库,对来自公共数据库(如dbSNP、ClinVar、1000GenomesProject)的基因组数据(VCF、BAM、FASTA等格式)进行清洗、
- SPSS多元回归得到的VIF值要怎么看每个变量都有一个VIF值怎么判断多重共线性
xiamu_CDA
python
SPSS多元回归中的VIF值解读与多重共线性的判断当你在使用SPSS进行多元线性回归分析时,面对复杂的统计结果,可能会遇到一个问题:如何通过查看每一个解释变量的方差膨胀因子(VarianceInflationFactor,VIF)来判断是否存在多重共线性?这不仅是理论上的探讨,更是实际数据处理过程中不可或缺的一环。今天,我们就一起来揭开VIF值背后的秘密。什么是VIF值?方差膨胀因子(VIF)是用
- 调控元件,顺式作用元件和反式作用因子
梦云澜
基因调控网络推断人工智能深度学习论文阅读
调控元件(RegulatoryElements,REs)定义:调控元件是基因组中能够调控基因表达的DNA序列。它们通过与转录因子和其他调控蛋白相互作用,影响基因的转录活性。特点:位置:调控元件可以位于基因的上游(如启动子)、下游或内部。功能:调控元件通过与转录因子结合,调控基因的转录起始或转录效率。常见类型:启动子(Promoters):位于基因转录起始点上游,是RNA聚合酶结合的位点。增强子(E
- 第十五节《OpenCascade集成VTK》
《雨声》
OpenCasCade入门学习算法c++交互
将OpenCascade集成到VTK(VisualizationToolkit)中,可以充分利用两者的强大功能:OpenCascade强大的几何建模能力和VTK强大的可视化能力。通过这种集成,用户可以在VTK环境中显示OpenCascade的几何模型,并进行交互和可视化。1.集成OpenCascade和VTK的基本步骤OpenCascade和VTK都是非常强大的工具,但它们有不同的内部数据结构。O
- AI 赋能医疗:重塑医疗保健的未来
HelloZheQ
人工智能
人工智能(AI)正在迅速改变各行各业,而医疗保健领域尤为突出。AI技术的进步为医疗保健带来了前所未有的机遇,有望提高诊断准确性、加速药物研发、改善患者护理,并最终重塑医疗保健的未来。1.精准诊断与个性化治疗AI算法可以通过分析大量的医学影像(如X光片、CT扫描和MRI)来辅助医生进行疾病诊断,尤其是在早期阶段。AI还可以分析患者的基因组数据、病史和生活方式,从而制定个性化的治疗方案。案例:AI算法
- BWA、Bowtie2、TopHat 和 HISAT2 这四款常用的序列比对软件
请你喝好果汁641
生信BSRlinuxlinux
1.BWA(Burrows-WheelerAligner)BWA是一种常用的基因组比对工具,特别适合将低差异的短序列(如Illumina读取序列)比对到大型参考基因组上。BWA包含三种主要算法:BWA-backtrack:适用于短读序列(如100bp左右)。BWA-SW:支持较长的读序列,通常在70bp到1Mbp之间。BWA-MEM:是目前推荐的算法,适用于高质量的长读序列。它比BWA-backt
- R语言:将R语言中的Seurat数据对象转换为Python能处理的h5ad格式
S.GJ
r语言python开发语言
背景在基因组学数据分析场景下,有些数据被保存为了R语言中的Seurat对象格式,我们的需求是将Seurat对象格式的数据转换为Python能处理的h5ad格式。R处理代码###1.准备工作#1.1readr包安装install.packages("readr")#1.2Seurat包安装#略#1.3SeuratDisk包安装remotes::install_github("mojaveazure/
- 面向对象面向过程
3213213333332132
java
面向对象:把要完成的一件事,通过对象间的协作实现。
面向过程:把要完成的一件事,通过循序依次调用各个模块实现。
我把大象装进冰箱这件事为例,用面向对象和面向过程实现,都是用java代码完成。
1、面向对象
package bigDemo.ObjectOriented;
/**
* 大象类
*
* @Description
* @author FuJian
- Java Hotspot: Remove the Permanent Generation
bookjovi
HotSpot
openjdk上关于hotspot将移除永久带的描述非常详细,http://openjdk.java.net/jeps/122
JEP 122: Remove the Permanent Generation
Author Jon Masamitsu
Organization Oracle
Created 2010/8/15
Updated 2011/
- 正则表达式向前查找向后查找,环绕或零宽断言
dcj3sjt126com
正则表达式
向前查找和向后查找
1. 向前查找:根据要匹配的字符序列后面存在一个特定的字符序列(肯定式向前查找)或不存在一个特定的序列(否定式向前查找)来决定是否匹配。.NET将向前查找称之为零宽度向前查找断言。
对于向前查找,出现在指定项之后的字符序列不会被正则表达式引擎返回。
2. 向后查找:一个要匹配的字符序列前面有或者没有指定的
- BaseDao
171815164
seda
import java.sql.Connection;
import java.sql.DriverManager;
import java.sql.SQLException;
import java.sql.PreparedStatement;
import java.sql.ResultSet;
public class BaseDao {
public Conn
- Ant标签详解--Java命令
g21121
Java命令
这一篇主要介绍与java相关标签的使用 终于开始重头戏了,Java部分是我们关注的重点也是项目中用处最多的部分。
1
- [简单]代码片段_电梯数字排列
53873039oycg
代码
今天看电梯数字排列是9 18 26这样呈倒N排列的,写了个类似的打印例子,如下:
import java.util.Arrays;
public class 电梯数字排列_S3_Test {
public static void main(S
- Hessian原理
云端月影
hessian原理
Hessian 原理分析
一. 远程通讯协议的基本原理
网络通信需要做的就是将流从一台计算机传输到另外一台计算机,基于传输协议和网络 IO 来实现,其中传输协议比较出名的有 http 、 tcp 、 udp 等等, http 、 tcp 、 udp 都是在基于 Socket 概念上为某类应用场景而扩展出的传输协
- 区分Activity的四种加载模式----以及Intent的setFlags
aijuans
android
在多Activity开发中,有可能是自己应用之间的Activity跳转,或者夹带其他应用的可复用Activity。可能会希望跳转到原来某个Activity实例,而不是产生大量重复的Activity。
这需要为Activity配置特定的加载模式,而不是使用默认的加载模式。 加载模式分类及在哪里配置
Activity有四种加载模式:
standard
singleTop
- hibernate几个核心API及其查询分析
antonyup_2006
html.netHibernatexml配置管理
(一) org.hibernate.cfg.Configuration类
读取配置文件并创建唯一的SessionFactory对象.(一般,程序初始化hibernate时创建.)
Configuration co
- PL/SQL的流程控制
百合不是茶
oraclePL/SQL编程循环控制
PL/SQL也是一门高级语言,所以流程控制是必须要有的,oracle数据库的pl/sql比sqlserver数据库要难,很多pl/sql中有的sqlserver里面没有
流程控制;
分支语句 if 条件 then 结果 else 结果 end if ;
条件语句 case when 条件 then 结果;
循环语句 loop
- 强大的Mockito测试框架
bijian1013
mockito单元测试
一.自动生成Mock类 在需要Mock的属性上标记@Mock注解,然后@RunWith中配置Mockito的TestRunner或者在setUp()方法中显示调用MockitoAnnotations.initMocks(this);生成Mock类即可。二.自动注入Mock类到被测试类 &nbs
- 精通Oracle10编程SQL(11)开发子程序
bijian1013
oracle数据库plsql
/*
*开发子程序
*/
--子程序目是指被命名的PL/SQL块,这种块可以带有参数,可以在不同应用程序中多次调用
--PL/SQL有两种类型的子程序:过程和函数
--开发过程
--建立过程:不带任何参数
CREATE OR REPLACE PROCEDURE out_time
IS
BEGIN
DBMS_OUTPUT.put_line(systimestamp);
E
- 【EhCache一】EhCache版Hello World
bit1129
Hello world
本篇是EhCache系列的第一篇,总体介绍使用EhCache缓存进行CRUD的API的基本使用,更细节的内容包括EhCache源代码和设计、实现原理在接下来的文章中进行介绍
环境准备
1.新建Maven项目
2.添加EhCache的Maven依赖
<dependency>
<groupId>ne
- 学习EJB3基础知识笔记
白糖_
beanHibernatejbosswebserviceejb
最近项目进入系统测试阶段,全赖袁大虾领导有力,保持一周零bug记录,这也让自己腾出不少时间补充知识。花了两天时间把“传智播客EJB3.0”看完了,EJB基本的知识也有些了解,在这记录下EJB的部分知识,以供自己以后复习使用。
EJB是sun的服务器端组件模型,最大的用处是部署分布式应用程序。EJB (Enterprise JavaBean)是J2EE的一部分,定义了一个用于开发基
- angular.bootstrap
boyitech
AngularJSAngularJS APIangular中文api
angular.bootstrap
描述:
手动初始化angular。
这个函数会自动检测创建的module有没有被加载多次,如果有则会在浏览器的控制台打出警告日志,并且不会再次加载。这样可以避免在程序运行过程中许多奇怪的问题发生。
使用方法: angular .
- java-谷歌面试题-给定一个固定长度的数组,将递增整数序列写入这个数组。当写到数组尾部时,返回数组开始重新写,并覆盖先前写过的数
bylijinnan
java
public class SearchInShiftedArray {
/**
* 题目:给定一个固定长度的数组,将递增整数序列写入这个数组。当写到数组尾部时,返回数组开始重新写,并覆盖先前写过的数。
* 请在这个特殊数组中找出给定的整数。
* 解答:
* 其实就是“旋转数组”。旋转数组的最小元素见http://bylijinnan.iteye.com/bl
- 天使还是魔鬼?都是我们制造
ducklsl
生活教育情感
----------------------------剧透请原谅,有兴趣的朋友可以自己看看电影,互相讨论哦!!!
从厦门回来的动车上,无意中瞟到了书中推荐的几部关于儿童的电影。当然,这几部电影可能会另大家失望,并不是类似小鬼当家的电影,而是关于“坏小孩”的电影!
自己挑了两部先看了看,但是发现看完之后,心里久久不能平
- [机器智能与生物]研究生物智能的问题
comsci
生物
我想,人的神经网络和苍蝇的神经网络,并没有本质的区别...就是大规模拓扑系统和中小规模拓扑分析的区别....
但是,如果去研究活体人类的神经网络和脑系统,可能会受到一些法律和道德方面的限制,而且研究结果也不一定可靠,那么希望从事生物神经网络研究的朋友,不如把
- 获取Android Device的信息
dai_lm
android
String phoneInfo = "PRODUCT: " + android.os.Build.PRODUCT;
phoneInfo += ", CPU_ABI: " + android.os.Build.CPU_ABI;
phoneInfo += ", TAGS: " + android.os.Build.TAGS;
ph
- 最佳字符串匹配算法(Damerau-Levenshtein距离算法)的Java实现
datamachine
java算法字符串匹配
原文:http://www.javacodegeeks.com/2013/11/java-implementation-of-optimal-string-alignment.html------------------------------------------------------------------------------------------------------------
- 小学5年级英语单词背诵第一课
dcj3sjt126com
englishword
long 长的
show 给...看,出示
mouth 口,嘴
write 写
use 用,使用
take 拿,带来
hand 手
clever 聪明的
often 经常
wash 洗
slow 慢的
house 房子
water 水
clean 清洁的
supper 晚餐
out 在外
face 脸,
- macvim的使用实战
dcj3sjt126com
macvim
macvim用的是mac里面的vim, 只不过是一个GUI的APP, 相当于一个壳
1. 下载macvim
https://code.google.com/p/macvim/
2. 了解macvim
:h vim的使用帮助信息
:h macvim
- java二分法查找
蕃薯耀
java二分法查找二分法java二分法
java二分法查找
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
蕃薯耀 2015年6月23日 11:40:03 星期二
http:/
- Spring Cache注解+Memcached
hanqunfeng
springmemcached
Spring3.1 Cache注解
依赖jar包:
<!-- simple-spring-memcached -->
<dependency>
<groupId>com.google.code.simple-spring-memcached</groupId>
<artifactId>simple-s
- apache commons io包快速入门
jackyrong
apache commons
原文参考
http://www.javacodegeeks.com/2014/10/apache-commons-io-tutorial.html
Apache Commons IO 包绝对是好东西,地址在http://commons.apache.org/proper/commons-io/,下面用例子分别介绍:
1) 工具类
2
- 如何学习编程
lampcy
java编程C++c
首先,我想说一下学习思想.学编程其实跟网络游戏有着类似的效果.开始的时候,你会对那些代码,函数等产生很大的兴趣,尤其是刚接触编程的人,刚学习第一种语言的人.可是,当你一步步深入的时候,你会发现你没有了以前那种斗志.就好象你在玩韩国泡菜网游似的,玩到一定程度,每天就是练级练级,完全是一个想冲到高级别的意志力在支持着你.而学编程就更难了,学了两个月后,总是觉得你好象全都学会了,却又什么都做不了,又没有
- 架构师之spring-----spring3.0新特性的bean加载控制@DependsOn和@Lazy
nannan408
Spring3
1.前言。
如题。
2.描述。
@DependsOn用于强制初始化其他Bean。可以修饰Bean类或方法,使用该Annotation时可以指定一个字符串数组作为参数,每个数组元素对应于一个强制初始化的Bean。
@DependsOn({"steelAxe","abc"})
@Comp
- Spring4+quartz2的配置和代码方式调度
Everyday都不同
代码配置spring4quartz2.x定时任务
前言:这些天简直被quartz虐哭。。因为quartz 2.x版本相比quartz1.x版本的API改动太多,所以,只好自己去查阅底层API……
quartz定时任务必须搞清楚几个概念:
JobDetail——处理类
Trigger——触发器,指定触发时间,必须要有JobDetail属性,即触发对象
Scheduler——调度器,组织处理类和触发器,配置方式一般只需指定触发
- Hibernate入门
tntxia
Hibernate
前言
使用面向对象的语言和关系型的数据库,开发起来很繁琐,费时。由于现在流行的数据库都不面向对象。Hibernate 是一个Java的ORM(Object/Relational Mapping)解决方案。
Hibernte不仅关心把Java对象对应到数据库的表中,而且提供了请求和检索的方法。简化了手工进行JDBC操作的流程。
如
- Math类
xiaoxing598
Math
一、Java中的数字(Math)类是final类,不可继承。
1、常数 PI:double圆周率 E:double自然对数
2、截取(注意方法的返回类型) double ceil(double d) 返回不小于d的最小整数 double floor(double d) 返回不大于d的整最大数 int round(float f) 返回四舍五入后的整数 long round