conda 使用记录

最近换了一台新机器，要装软件，第一次尝试使用conda安装。（全程在root权限下安装的！）
第一步安装conda，在这里安装的是miniconda3

安装conda

conda官网：[https://conda.io/miniconda.html](https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fconda.io%2Fminiconda.html) 可以选择下载的安装包
#首先是下载安装包
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#然后是安装
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

在安装的过程中，会让选择安装的位置！（此处没有截图）自定义就好！
加了一些从网上找到的镜像

#首先是官网的
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

#其次是清华镜像的(这个好像是生信媛找到的，反正膜拜各种大神)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
#还加了一个
conda config --add channels genomedk

以上这些镜像在我安软件的过程中是够用了

#查看安装了哪些镜像
conda config --get channels

安装软件

我没有把软件安装在默认的环境下，而是自己建立了一个环境

conda create --prefix=/thinker/storage/world/software/rna python=2  #创建名为rna的软件安装环境(不知道python2是不是最恰当的)
conda info --envs   #查看当前conda环境
source activate /thinker/storage/world/software/rna  #激活conda的rna环境
#然后就可以安装软件了，所有的软件会安装在 /thinker/storage/world/software/rna/bin下
conda install -y multiqc  #有-y是默认一切都是yes，没有这个选项的话，安装过程中可能会让选择yes or no。
# 退出安装的环境
source deactivate

参考各位大神

https://www.jianshu.com/p/ad4357486aee
https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247487136&idx=1&sn=f6f1378406fd35afda4ae31d94cc34e3&chksm=9b484e1bac3fc70d27b48627d870e14150c749c0e106c40f92bf786d285bab70fb6a9e98ebeb&mpshare=1&scene=24&srcid=0808z9HAQXzoeCib1SUir9Cd#rd
https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d