DAY3-谢小发（在linux环境下进行软件安装）

下载安装使用框架

Linux环境下的软件安装

linux软件下载工具

• Conda：可以理解为一个工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理。是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
• Anaconda：Anaconda包含了conda、Python在内的超过180个科学包及其依赖项。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理，并且已经包含了python和相关配套工具。
• Miniconda：只含有最基本的内容--python,conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。

• Pip：是一个现代的，通用的 python 包管理工具。提供了对 Python 包的查找、下载、安装、卸载的功能。

  
  
  软件下载工具间的关系--生信星球

miniconda下载

1. 使用miniconda进行下载和安装，在浏览器搜索“miniconda 清华”，点击进入miniconda的链接
   镜像网站相当于主网站的副本，conda在国外，而我们在国内下载时速度会慢，从镜像网站下载，会加快下载速度

   
   
2. 输入命令uname -a查看远程服务器是多少位的
   
   
   由服务器显示，为64-bit（×86_64），可在该链接里找到相应版本的安装包，寻找其中的最新版本（latest）

3. 复制链接

   
   
4. 进入服务器，新建biosoft目录
5. 使用命令wget将链接复制进去
   
   
   注意：在windows在putty中的复制方式为单击右键，左键为复制；sh是脚本，文件后缀（程序，后台代码），意为如若安装失败，无需重新下载，仍可用。

miniconda安装

1. 执行命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh进行安装，在命令执行过程中，敲入Enter进行版权信息跳过
   

2. 后面输入Enter后，如遇yes|no选项，输入yes

   
   
   
   

3. 安装成功

   
   
4. 行使命令source ~/.bashrc激活conda，输入conda检查是否成功
   
5. 添加镜像，将代码复制到命令行

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

conda使用

1. 使用命令conda list查看所有软件列表
   
2. 使用命令conda search pip，可有信息显示
   
3. 使用命令conda install pip -y，-y参数是进行自动安装；
   一般默认为安装最新版本，如果要下载特定版本添加特定版本号，命令为conda install pip=9.0.1-
   
   
   使用命令conda install fastqc -y，在镜像中下载fastqc
   
4. 使用命令conda remove pip -y卸载软件
   

其他问题

• 使用命令conda info --envs查看当前conda的环境；所标出的部分显示，目前只有一个conda环境
  
• 处理转录组数据前，先新建一个conda环境，命名为rnaseq；指定版本为python3，同时安装fastqc、trimmomatic.使用命令conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y
  
• 仍用命令conda info --envs查看conda环境
  
• 使用conda activate rnaseq激活新的conda环境,*会转移到rnaseq前面
  如若下载fastqc，输入命令fastqc会显示帮助信息，说明成功安装并可使用
  
  
  P.S.
  /home/bio07/tmp
  .................../biosoft/miniconda3
  .................../miniconda3/envs/rnaseq