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samtools mpileup结果为空

使用varscan2检测肿瘤样本的变异之前，需要先生成pileup文件。根据varsan官网指导，运行命令如下：

samtools mpileup -f [reference sequence] [BAM file] >myData.pileup

此步骤运行多次无结果
google之后，必须加上

-A, --count-orphans     do not discard anomalous read pairs

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