Linux软件安装 conda

基础

conda简介

conda安装

miniconda下载官方镜像&国内镜像

下载：通常服务器在国内的选择清华或者北外，如果服务器在国外选择官网

浏览器搜索：ctrl+F

wget
    -c, --continue resume getting a partially-downloaded file

##国内镜像地址：
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
恢复获取部分下载的文件（断点续传）

##官网地址：
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda安装 安装七步走

1. 运行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 查看软件license

3. 同意license

4. 选择安装位置

5. 同意conda初始化

6. 重新加载~/.bashrc文件或者重新开shell窗口

7. 设置是否要默认启动base环境（可选）

conda基本使用

配置conda频道

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes

##删除defaults和https中的s，避免大部分以后安装的问题 
vim ~/.condarc
 移到default行
dd
:wq

现在提供anaconda镜像的国内大学镜像站点

• 清华大学：anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror

• 北京外国语大学：anaconda | 镜像站使用帮助 | 北京外国语大学开源软件镜像站 | BFSU Open Source Mirror

• 南京大学：NJU Mirror

• 上海交通大学：https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/

• 北京交通大学：Index of /anaconda/

若前面的镜像站点使用时出现问题，可以替换成此页的其他镜像站点搜教程时可能会出现“中科大conda镜像”但中科大镜像现已重定向至北外镜像

方法1

扩展阅读: 一个因为频道顺序引起的报错conda安装bowtie2的报错:undefined symbol - 简书

方法2

直接编辑~/.condarc文件

查看已添加的频道

conda config --get channels

conda config --show channels

删除已经添加的频道

vim ~./condarc

移动光标 dd

删除单个字母（如https中的s）：在命令模式下按x

创建独立环境

[y]在中括号里，此时可以不回答y，系统默认

##仅在创建环境时使用
conda create -n rna   ##创建名为rna的conda小环境
                      ## -n： 指定环境名称

##日常使用
conda activate rna  ##启动rna这个conda小环境

conda deactivate  ##退出rna这个conda小环境

conda env list 或  conda info --env   ##列出已存在的小环境

##创建环境的时候可以直接安装软件
conda create -n rna fastqc fastp 
##创建环境时也可以预先指定环境的依赖版本
conda create -n py2 python=2.7

###删除与重命名小环境
##删除已创建的小环境及安装的包
conda remove -n rna --all  

##如何重命名一个小环境呢？
先克隆一个新的，再删除掉旧的
conda create -n Python2 
conda create -n py2 --clone Python2  ##把Python2重命名为py2
conda remove -n Python2 --all

*表示目前所在的环境

安装常用软件

我要用哪些软件呢？

1. 看你们实验室的祖传经验

2. 看文章里用什么 （看文献里）

哪些软件可以用conda安装呢？

方法1： 网站查询

Search :: Anaconda.org （第一推荐）

News — Bioconda documentation

方法2：conda search xxx

方法3： 关键词搜索

-c：channel的缩写

安装软件

##启动环境
conda activate rna
##安装软件
conda install 
conda install fastqc

如何判断安装完成

如何指定安装的版本

1. 先看看有哪些可以安装的版本
conda search fastqc
2. 安装指定版本的软件
conda install fastqc=0.11.7
添加-y参数跳过确认步骤
conda install -y fastqc=0.11.7

多个软件可以一起安装

安装时找不到这个包怎么办？

1. 确认conda是否能安装你所需要的软件

2. 确认名字是否打错

3. 确认你要的包在conda中的名称

我安装了这个软件包但是调用不了是怎么回事？

因为安装的软件包的名称和实际调用的程序不一定是同名的！

###查看conda环境中已安装的软件
基本用法：
conda list ##查看当前环境所安装的软件
扩展用法：
1.查看符合正则表达式的软件  conda list fast*
2.查看指定的环境的软件  conda list -n rna

###删除软件
conda remove fastqc
想要删除特定环境下的特定软件，如何指定？
conda remove -n rna fastqc   不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作
                             同样， -y能够跳过确认执行的步骤

###升级软件
conda update fastqc 

如何升级conda本身

conda的常用命令总结

##环境管理
conda env list
conda create -n rna
conda activate rna
conda deactivate
conda uninstall -n yyy --all #删除某一环境，首先要确保不在要删除的环境中，yyy为要删除的环境名

##软件管理
conda search fastqc
conda install fastqc
conda remove fastqc
conda update fastqc
conda list

更多命令请参见钉钉群里的“conda-cheatsheet.pdf”文件

mamba的使用

安装mamba

应用

###搜索软件
mamba search fastqc
mamba repoquery search fastqc 这个更快
mamba repoquery Query repositories using mamba.

###安装软件
mamba install fastqc
mamba可以多线程地安装软件

conda安装报错

网络问题

一直在Solving environment？

s：seciurity

未下载完全

不要用奇奇怪怪的软件

作业

conda安装软件的终极作业
启动环境
conda activate rna
安装转录组分析需要的软件
conda install -y python=3.7.0 sra-tools=2.10.7 fastqc trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon=1.4.0 fastp
安装aspera软件
conda install -y -c hcc aspera-cli

环境变量 用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量

常见环境变量：

• $HOME：当前用户的主目录

• $PATH：shell查找命令的目录列表由，冒号（:）分隔

• $SHELL：bash shell的全路径名

• $LOGNAME：当前用户的登录名

• $PS1：shell命令行界面的主提示符

其他安装方式

• 二进制 binary 文件安装

1. 下载

2. 解压

3. 添加到PATH

相当于windows上的“绿色软件” 即开即用，开袋即食

• 源代码安装 source code

1. 下载

2. 解压

3. 编译三部曲

• configure：检查系统，构建makefile

• make：编译

• make install：安装

4. 添加到PATH

• java编译的软件

进阶

conda的进阶技巧

conda报错大赏

fastq安装报错解决参考 fastp 安装问题及解决方法 - 简书

彩蛋

#软件安装
wget -c https://github.com/clindet/bget/releases/download/v0.3.2/bget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gz

#解压
mkdir bget
mv bget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gz bget
tar -zxvf bget_0.3.2_Linux_64-bit.tar.gz

#添加到path
echo 'export PATH="~/bget/:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

#判断安装成功
bget --help

################使用
#回家目录创建存放文献的文件夹papers
cd
mkdir papers
ls

#在papers文件夹中使用bget下载文献 （只能下载OA文献， open access）
cd ./papers/
bget doi 10.1038/s41467-017-00050-4 --suppl