补充[ZHUHAI_Biotrainee] 第一周_课堂总结内容：https://www.jianshu.com/p/bbe94addb8ba
一、R及RStudio介绍
1、R的数据类型：
A、以下三类：
数值型
字符型
逻辑型
B、判断数据类型：
class()
is.numeric/is.character/is.logical
2、数据结构
一维：向量
二维：矩阵、数据框、list；与一维相同，都必须含有一个数据类型；
3、List
总览概况：
列表
↓
元素
↓
向量、矩阵、数据框、list
索引也是这样层层递进的关系
二、脚本1：script1_vector_creat
1、rep()函数，区分其中的参数，each、times
Eg1:times
> ve2<-1:3
> ve2
[1] 1 2 3
> ve4<-rep(x =ve2,times=3)####常用的创建向量的函数3 rep
> ve4
[1] 1 2 3 1 2 3 1 2 3
对ve4中的所有元素按照逻辑循环三次
Eg2:each
> a <- c(1,2,3)
> a
[1] 1 2 3
> rep(a,c(3,4,5))
[1] 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 3
依次对a中的单个元素进行单独设置循环数
2、区分paste()以及paste0()
paste：默认的分割符（空格）
paste0：默认无分隔符
Egpaste:
> a<-c('I')
> b<-c('like')
> f<-c('I','You','She','He')
> tmp<-c('Chandeler','Ross','Rachel','Monica','Joey','Pheebe')
> paste(a,b,tmp)
[1] "I like Chandeler" "I like Ross" "I like Rachel" "I like Monica" "I like Joey"
[6] "I like Pheebe"
paste有分隔符，如果有分隔符，可以添加sep = ''
> paste(a,b,tmp,sep = '')
[1] "IlikeChandeler" "IlikeRoss" "IlikeRachel" "IlikeMonica" "IlikeJoey" "IlikePheebe"
Egpaste0：
> paste0(a,b,tmp)
[1] "IlikeChandeler" "IlikeRoss" "IlikeRachel" "IlikeMonica" "IlikeJoey" "IlikePheebe"
与上一个例子> paste(a,b,tmp,sep = '')
3、length()查看元素个数
三、脚本3：script3_vector_math
1、运算法则
%%：取余数 （注意：%%取余数用的时候较多）
%/%:取整数
!= 判断是否不完全相等，因为有！
== ①判断是否完全相等；②返回的结果为逻辑值
与或非
实战%%题目如下：
a<-seq(1,10,1)；找出a中的奇数(练习使用操作符)
> a<-seq(1,10,1)
> a
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
> a%%2
[1] 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0
> a[a%%2==1]
[1] 1 3 5 7 9
四、脚本4：script4_matrix
1、取出奇偶行、利用逻辑值(T、F)/(1、0)
实战题目：
1.获取e的奇数行内容
2.获取e的偶数行内容
> e<-LETTERS[1:24]
> e
[1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" "P" "Q" "R" "S" "T" "U" "V" "W" "X"
> dim(e)<-c(6,4)
> e
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] "A" "G" "M" "S"
[2,] "B" "H" "N" "T"
[3,] "C" "I" "O" "U"
[4,] "D" "J" "P" "V"
[5,] "E" "K" "Q" "W"
[6,] "F" "L" "R" "X"
> e_t<-1:nrow(e)
> e[e_t%%2==1,]
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] "A" "G" "M" "S"
[2,] "C" "I" "O" "U"
[3,] "E" "K" "Q" "W"
> a[a%%2==1]
[1] 1 3 5 7 9
> e[e_t%%2==0,]
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] "B" "H" "N" "T"
[2,] "D" "J" "P" "V"
[3,] "F" "L" "R" "X
思路：
①明确e是矩阵，dim()
②对1：nrow()中才可以选择奇数偶数行
③a%%2的结果为1，0 根据1，0而选择奇数偶数行
2、head(),tail()函数
可以对其中的参数n进行设置；head()取首；tail()取尾
五、脚本5：script5_dataframe
1、对数据框的索引用[]（位置、名字、逻辑值），另外还可以用$（matrix，向量不可以用）
> date<-c(21,22,23,35,52)
> plan<-c('mon','tue','wed','thur','fri')
> color<-c('green','red','white','black','purple')
> April<-data.frame(date,plan,color)
> April
date plan color
1 21 mon green
2 22 tue red
3 23 wed white
4 35 thur black
5 52 fri purple
> April$date[2]
[1] 22
实战：索引出April数据框的第2到4行第3列的元素（两种方法）
> April[2:4,3]
[1] "red" "white" "black"
> April[2:4,"color"]
[1] "red" "white" "black"
> April[c(F,T,T,T,T,F),"color"]
[1] "red" "white" "black" "purple"
> April[c(F,T,T,T,T),"color"]
[1] "red" "white" "black" "purple"
六、脚本6：script6_list
1、str()函数，查看数据结构
Eg:
> str(r_list)
List of 4
$ flag: chr "Hello world"
$ yes : int [1:5] 1 2 3 4 5
$ : int [1:5, 1:2] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
$ : chr [1:3] "mon" "tue" "wed"
七、脚本7：script7_read_a_file
1、读入文件：read.csv/table
①读进来存储数据格式的都是data.frame;
②reead.csv默认分隔符为逗号，read.table默认分隔符为一个或者多个空格、制表符、换行符、回车
③row.names = 1 将第一列作为行名
存成文件：'0418.txt'中后缀是告诉用什么文件打开；
④comment.char = '!' 去掉！部分 注释符号
常见：
d<-read.csv('GSE17215_series_matrix.txt.gz',
comment.char = '!',sep='\t',row.names = 1)
f<-read.table('GSE17215_series_matrix.txt.gz',
comment.char = '!',
header=T,
row.names = 1)
2、输出文件：write.table/write.csv
编码文件：write.table/write.csv用什么编码格式编码文件，从而对应不同的保存格式，csv代表用对csv编码文件，table代表txt编码文件
存成文件：'0418.txt'中后缀是告诉用什么文件打开，若‘0908.csv’代表用csv格式打开:
Eg:
write.table(x = f,file = '0418.txt')
save(f,file = '17215.Rdata')
save对应Rdata等形式的保存文件；table对应txt；csv对应csv；
八、packages
1、思路：
代码+说明文档+数据集
删除包：remove.packages()
2、若一次性安装多个R包，可使用如下代码：
#library("monocle")
BiocManager::install("slingshot")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos
options()$BioC_mirror
shanshan <- c("scatterplot3d",
"made4",
"pheatmap",
"matrixStats",
"statmod",
"FactoMineR",
"jackstraw",
"ReactomePA",
"org.Mm.eg.db",
"clusterProfiler",
"GOSemSim",
"arulesViz",
"ggpubr")
packages=(shanshan
)
ipak <- function(pkg){
new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
if (length(new.pkg))
BiocManager::install(new.pkg, dependencies = TRUE)
sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
}
ipak(packages)
library("taRifx")
library("matrixStats")
library("ggplot2")
library("Rtsne")
修改包名，注意检查R包是否安装成功。
九、脚本9：script9_for_apply_function
1、for()函数
①for函数的格式：for(循环数){},其中x代表了for循环数数，{}是要执行的操作
例：for(i in 1:nrow(test)){test_r[i,1]<-mean(c(test[i,1],test[i,3]))test_r[i,2]<-paste0(test[i,2],test[i,4]) }
②使用for函数时，要对for的输出结果有了解
实战：
实现每行的第1个和第3个元素取均值，第2个和第4个元素无缝连接在一起
> test<-data.frame(a=seq(1,10,2),
+ b=seq(2,11,2),
+ c=seq(11,20,2),
+ d=c('mon','tues','wednes','thurs','fri'))
> test
a b c d
1 1 2 11 mon
2 3 4 13 tues
3 5 6 15 wednes
4 7 8 17 thurs
5 9 10 19 fri
> test_r<-data.frame()
> for(i in 1:nrow(test)){
+ test_r[i,1]<-mean(c(test[i,1],test[i,3]))
+ test_r[i,2]<-paste0(test[i,2],test[i,4])
+ }
> test_r
V1 V2
1 6 2mon
2 8 4tues
3 10 6wednes
4 12 8thurs
5 14 10fri
思路：
①根据题目要求，首先明确输出的结果为data.frame
②设置空载容器，用来装输出结果，所以设置空向量test_r<-data.frame()
②for函数的()里：是对每一行的元素进行操作，所以设置参数i，并且为i:nrow(test)，对每一行循环操作
③for函数的{}里：根据题意，取出元素并输入相应函数mean(),paste0()
2、funcation()函数以及apply()函数
往往apply()函数不能单独使用，需要结合funcation()函数
funcation()函数：
①funcation()函数的格式为funcation(x){}，x为设置的参数，{}里面是对参数执行的相应代码
实战：
用function和apply求出test里每行1、2、3个元素的标准差和平均值，并第4个元素后添加'day';
> test<-data.frame(a=seq(1,10,2),
+ b=seq(2,11,2),
+ c=seq(11,20,2),
+ d=c('mon','tues','wednes','thurs','fri'))
> tes
>y<-function(x){
mean_row<-mean(as.numeric(c(x[1],x[2],x[3])))
sd_row <- sd(as.numeric(c(x[1],x[2],x[3])))
str_paste<-paste0(x[4],"day")
result<-c(mean_row,str_paste,str_paste)
return(result)
}
>test1<-apply(test,1,y)
test1
注意：
①funcation中x为参数，是定义该函数的一个参数。而对每一行进行操作，是在apply中的1表现出来的；
②在定义funcation的参数时，我们要斟酌好x代表的含义，根据题目要求，是对每一行进行操作操作，这里x代表每行；所以在funcation{}里对参数执行代码时，应该表示出每一行的第几个元素。