2022年的最后一周,为大家分享一下最近分析meta-transcriptome数据的一些心得吧。首先需要说明一点,我做的是菌株层面 (Strain Level) 的数据分析,
Strain level 是Species level的下一层级的分类;
而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容,主要包括三块:
菌株分析软件倒是蛮多的,但是各有各的特点。Frontiers 的一篇综述 ,列了好多款软件出来,当然我并没有所有的软件都去看,我主要看了几款经典的软件:
下面就一个一个的来说说这些软件吧!
未完待续。。。