宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结

2022年的最后一周，为大家分享一下最近分析meta-transcriptome数据的一些心得吧。首先需要说明一点，我做的是菌株层面 (Strain Level) 的数据分析，
Strain level 是Species level的下一层级的分类；

而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容，主要包括三块：

• SNP Calling, 就是找SNP的意思啦，找出菌株的变异位点，除了SNP，有些软件还能做CNV呢
• Deconvolution of different strains in samples，解析出样品里面的菌株组成，这个其实挺考验软件的能力的（因为，大多数软件是利用已有数据库的代表性菌株的序列/marker gene来做组成鉴定，很少能有软件预测新的菌株组成）
• Relative abundance，这个就是指-对不同类型的菌株在样品中的相对丰度进行定量啦

常见的菌株分析软件

菌株分析软件倒是蛮多的，但是各有各的特点。Frontiers 的一篇综述 ，列了好多款软件出来，当然我并没有所有的软件都去看，我主要看了几款经典的软件：

下面就一个一个的来说说这些软件吧！
未完待续。。。