生信学习笔记：用gmap将dna的片段mapping到基因组上

gmap是一款可以用于将DNA片段mapping到基因组上的软件，相对于bowie和bwa有其优点，同学们可以比较下。

1. 下载gmap：

http://research-pub.gene.com/gmap/

从上面的下载地址中下载最新版，如果要下载比较旧的版本，可以选择“Previously released versions”，本人选择的是gmap-gsnap-2019-06-10.tar.gz，系统是centos7。

# 下载
$ wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2019-06-10.tar.gz
# 解压
$ tar xvf gmap-gsnap-2019-06-10.tar.gz

2. 安装gmap

centos的软件安装都大同小异。这里需要注意的是gmap是可以提前设置一些参数的（序列索引的位置和软件的主要工具安装的位置），有两种方法设置：

方法一：

直接编辑解压后文件夹中的config.site，在这个文件中找到下面两个参数，并在后面修改之或添加之，如果没有找到，确定是否下载完整：

– prefix: binaries will install into prefix/bin 软件的主要工具安装的位置
– with_gmapdb: location of genome directory 参考序列索引的位置

方法二：

直接在安装步骤第一步configure进行如下操作

./configure --prefix=/your