寻找ceRNA机制 构建关系网络

寻找ceRNA机制  构建关系网络

    ceRNA机制是lnc/circRNA研究中最常见的机制之一，研究思路比较清晰，找到重要的lncRNA，软件预测结合的miRNA，而后预测miRNA结合的靶基因。通过高通量测序或者芯片我们可以找到几百上千个差异表达的lnc/circRNA、mRNA、miRNA。每个分子都可能通过该机制发挥作用。构建所有重要分子的ceRNA网络有助于发现重要分子，网络中连接越多的分子，功能越重要。

    或者，也可以先借助公共数据，筛选出差异表达的miRNA，mRNA，lncRNA，而后在其中寻找重要的lncRNA或者miRNA设计课题，进行研究，将更有针对性。

1. 寻找miRNA与mRNA的靶向关系

首先预测miRNA与mRNA的关系，miRNA对mRNA的调控机制，研究的很多，目前有很多网站直接预测好两者的关系。比如Targetscan中 人、小鼠两者关系的预测，不仅考虑miRNA与mRNA 3'UTR序列结合，同时考虑miRNA的物种保守性，结合位点的物种保守性等。相比于其他预测，该网站预测结果具有开放性（未经实验证实），有继续挖掘的潜力。

我们可以得到如下结果：

(1)MiRBase ID：miRNA编号；(2)Gene ID：靶基因编号；(3)Gene Symbol：靶基因名字；(4)Transcript ID：转录本ensemble数据库id；(5) Species ID：物种，9606代表人；(6)UTR start：UTR比对位点起始位置；(7)UTR end：UTR比对位点终止位置；(8)MSA start：MSA比对位点起始位置；(9)MSA end：MSA比对位点终止位置；(10)Seed match：结合区域；(11)PCT：PCT得分；(12)status：Conserved代表保守的miRNA，Conserved_sites代表保守miRNA的保守位点

2. 寻找miRNA与lncRNA的结合关系

 然后，我们预测miRNA与lncRNA的结合关系，两者通常基于序列互补结合，以及结合的自由能。lncRNA序列较长，可能与miRNA有多个结合位点，可以选取结合位点较多的关系对，进行验证。

(1)MicroRNA：与lncRNA有结合关系的miRNA；(2)lncRNA：lncRNA；(3)Tot Score：总得分；(4)Tot Energy：总能量；(5)Max Score：最大得分；(6)Max Energy：最大能量；(7)Strand：分析序列编号，无意义；(8)Len1：miRNA长度；(9)Len2：lncRNA长度；(10)Positions：结合位置

3. 构建关系网络

    我们将miRNA-mRNA, miRNA-lncRNA关系对取交集，绘制网络图，可以清晰的看出他们的调控关系，同时了解哪些mRNA， miRNA, lncRNA是核心分子，以便挑选验证。

    绿色的菱形为miRNA，红色的三角形为lncRNA，蓝色的圆形为与miRNA有结合关系的基因。