生信学习笔记：用conda安装bwa、samtools和tophat2以及问题解决

用conda安装bwa、samtools和tophat2

• bwa
  $ conda install bwa

• samtools
  $ conda install samtools

• tophat2

  • 安装
    wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz

  • 解压
    tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz

  • 加入环境变量path
    export PATH=/home/ZQK/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH

  • 测试

这里发现会报错，是因为当前解释器的环境不是python2，那么如何解决这个问题呢，因为我自己用的是Ubuntu 20.04版本，内置是的python3，所以这里我选择用conda（我这里用的是miniconda3）配置一个python2的环境来安装tophat2

解决tophat2安装出现报错问题的步骤：

• 首先cd到目录下启动conda
  cd miniconda3/bin . ./activate
• 我本身默认的conda环境是python2，这里创建一个python2（以python2.7为例）的环境变量
  conda create --name python27 python=2.7 -y
• 查看当前环境
  conda info -e
  

这里就列出了除本来我默认的python3环境（base）之外，刚刚添加上的python2环境（python27），复制记下python2环境的路径便于等下操作，且此时我依然还是在python3环境中

• 切换到创建的python2环境，使用命令：

  source activate python27

  回车可以看见已经由原本的python3环境转到了刚刚创建的python2环境，前面的标识也由（base）变成了刚刚的环境命名（python27）
  

• 在此时python2的环境下，到tophat2安装目录下
  cd tophat-2.1.0.Linux_x86_64
  查看目录下文件
  

  找到tophat文件，并使用vi tophat命令进入编辑器，按i进入编辑模式，使用键盘上下左右键定位到第一行，将第一行的#!/usr/bin/env python替换成刚刚创建的python2环境的路径，比如我的是/home/twocanis/miniconda3/envs/python27，按Esc后:wq保存退出

• 此时运行tophat2
  
  成功~

另外一些小问题：

如果按照上述装完在最后一步出现

可以先配置完环境后再在python2环境中重装tophat2就行，如果直接在python2环境中装就不会遇到报错，直接成功运行。

如果想在conda中切换回python3环境
activate base(原本python3的环境变量名)

参考资料：
安装tophat2时遇到的问题

tophat2安装和问题解决

用 Anaconda 完美解决 Python2 和 python3 共存问题