生信学习笔记：用conda安装bwa、samtools和tophat2以及问题解决
用conda安装bwa、samtools和tophat2
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bwa
$ conda install bwa -
samtools
$ conda install samtools -
tophat2
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安装
wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz -
解压
tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz -
加入环境变量path
export PATH=/home/ZQK/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/:$PATH -
测试
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这里发现会报错，是因为当前解释器的环境不是python2，那么如何解决这个问题呢，因为我自己用的是Ubuntu 20.04版本，内置是的python3，所以这里我选择用conda（我这里用的是miniconda3）配置一个python2的环境来安装tophat2
解决tophat2安装出现报错问题的步骤：
- 首先cd到目录下启动conda
cd miniconda3/bin . ./activate - 我本身默认的conda环境是python2，这里创建一个python2（以python2.7为例）的环境变量
conda create --name python27 python=2.7 -y - 查看当前环境
conda info -e
这里就列出了除本来我默认的python3环境（base）之外，刚刚添加上的python2环境（python27），复制记下python2环境的路径便于等下操作，且此时我依然还是在python3环境中
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切换到创建的python2环境，使用命令：
source activate python27回车可以看见已经由原本的python3环境转到了刚刚创建的python2环境，前面的标识也由（base）变成了刚刚的环境命名（python27）
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在此时python2的环境下，到tophat2安装目录下
cd tophat-2.1.0.Linux_x86_64
查看目录下文件
找到tophat文件，并使用
vi tophat命令进入编辑器，按i进入编辑模式，使用键盘上下左右键定位到第一行，将第一行的#!/usr/bin/env python替换成刚刚创建的python2环境的路径，比如我的是/home/twocanis/miniconda3/envs/python27，按Esc后:wq保存退出 -
此时运行tophat2
成功~
另外一些小问题：
如果按照上述装完在最后一步出现
可以先配置完环境后再在python2环境中重装tophat2就行，如果直接在python2环境中装就不会遇到报错，直接成功运行。
如果想在conda中切换回python3环境
activate base(原本python3的环境变量名)
参考资料：
安装tophat2时遇到的问题
tophat2安装和问题解决
用 Anaconda 完美解决 Python2 和 python3 共存问题