自学生信Python(第一天)|计算ATP水解的吉布斯自由能

自学生信Python(第一天)|计算ATP水解的吉布斯自由能

本人是一枚生物学的学生,由于对生物信息学特别感兴趣,于是想自学生物信息学(新手莫怪)。了解到生物信息学要有编程基础,尤其是要会一门编程语言,例如:R语言、Python、Perl等,还要熟悉Linux系统,作为生信小白,听说Python挺简单的,于是就自学了Python,花了两天时间了解了Python的基础语法后,今天想做个练习题试试手(实践是检验真理的唯一标准),下面是练习题:(试题来源:《PYTHON生物信息学数据管理》)

参考书中答案,自己编写的答案代码(基本就是增加注释,能读懂代码含义我感觉就是进步):

#1.2 案例:计算 ATP 水解的ô'G
#见NOTE笔记-Python 生物信息学数据管理-笔记
#导入math模块
import math
#定义常量
R = 0.00831
T = 298
deltaG0 = -30.5
ATP = 3.5
ADP = 1.8
Pi = 5.0
#定义计算公式
deltaG = deltaG0 + R*T*math.log(ADP*Pi/ATP)
print(deltaG)

考虑到题中给出了三个部位的三个不同的ATP、ADP、Pi,不能每次计算都要改ATP、ADP、Pi的值,于是我就在原始代码中添加了用户输入,实现用户自己手动输入组织部位,自动计算。附上自己编写的答案代码:

# -*- coding: UTF-8 -*-
#导入math模块
import math
#定义常量
R = 0.00831
T = 298
deltaG0 = -30.5
ATP = {'肝':3.5,'肌肉':8.0,'脑':2.6}
ADP = {'肝':1.8,'肌肉':0.9,'脑':0.7}
Pi = {'肝':5.0,'肌肉':8.0,'脑':2.7}

A = input("请输入组织部位:")
D = {"肝", "肌肉", "脑"}
if A in D :
    print(A)
#定义计算公式
    deltaG = deltaG0 + R*T*math.log(ADP[A]*Pi[A]/ATP[A])
    print(deltaG)
else:
    print("请输入正确的组织!")

附上微信二维码,欢迎生物信息学Python爱好者交流学习!

天明豆豆

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