知道了Apktool 的基本用法Apktool 使用教程 - ，以及Apktool的全部参数配置Apktool 参数详解 - 之后，对于Apktool的用法，可以说已经基本搞定，不过源码的阅读也是比不可少的，懂得源码，能改会改，才是解决棘手问题的根本能力。
注意：本文使用的源码为github上拉取的最新代码，2.4.2版本，目前暂未发布。 -- 2020年3月18日
1、查看apktool.jar的入口类
通过查看jar包的Manifest.MF文件，看到入口类为brut.apktool.Main
2、使用Android studio打开apktool的源码
3、找到入口类 brut.apktool.Main
main函数主要做了以下事情，很简单，此处不详述。
（1）设置系统属性 System.setProperty("java.awt.headless", "true");
这里的system，系统指的是 JRE (runtime)system，不是指 OS。
（2）new一个命令行解析器，后续进行命令行参数的解析
（3）初始化配置类，包括各种配置，日志输出等级，是否处理资源文件等等
分所属分别存储在 normalOptions;DecodeOptions;BuildOptions;等变量中
（4）设置日志级别，初始化Logger，设置是否打印步骤日志
（5）解析到底是反编译、重新打包还是安装framework等参数
4、反编译资源
private static void cmdDecode(CommandLine cli)
（1）创建核心类ApkDecoder，其构造方法中，new了一个Androlib类
（2）解析反编译相关的配置，都设置到decoder中备用
（3）创建输出目录
（4）调用反编译核心方法
（5）decod方法
将--keep-broken-res配置值，存入AndrolibResources类中
检查输出目录，输入文件是否OK，不OK抛出异常
OK则创建输出目录
输出我们最常见到的一句log
之后就开始主要的反编译逻辑了。
（6）处理资源
（7）具体的解析流程，网上各位大神分析的很到位。这里推荐一个，部分注释也是参考了这位的帖子内容！
ApkTool项目解析resources.arsc详解 - 掘金
5、反编译源码
（1）反编译最基础的classes.dex文件
（2）输出log，开始反编译dex
进入 SmaliDecoder 的 decode 方法。
最终执行Baksmali库的方法进行反编译
具体解析过程，后续我准备再写一篇关于 Baksmali 文章吧。
解析 dex 可以参考：Android逆向笔记 —— DEX 文件格式解析 - 掘金
（3）处理多个dex，和解析一个dex一个道理，不再重复
6、处理assets和libs
7、处理未知文件
未知文件指非apk固定文件的内容：
"classes.dex", "AndroidManifest.xml", "resources.arsc", "res", "r", "R", "lib", "libs", "assets", "META-INF", "kotlin"
将未知文件拷贝到 unknown 目录，并且记录下这些文件。
记录不压缩的文件，读取文件压缩等级，当文件压缩等级为不压缩或者文件符合下列类型时，不进行压缩。
处理原始文件，如果你配置了 -c, --copy-original ，则会将 AndroidManifest.xml 和 META-INF 拷贝到 original 目录下。如下图：
8、生成 apktool.yml 文件
apktool.yml 内容示例如下：
（1）putUsesFramework(meta); 记录使用的framework ---- usesFramework配置项
（2）putSdkInfo(meta); 记录sdkversion信息。 ---- sdkInfo配置项
（3）putPackageInfo(meta);记录packageInfo。 ---- packageInfo配置项
（4）putVersionInfo(meta); 记录包体versioncode，versionname ---- versionInfo配置项
（5）putSharedLibraryInfo(meta);记录是否是一个库。 ---- sharedLibrary配置项
（6）putSparseResourcesInfo(meta); 这个暂时没去了解。---- sparseResources配置项
不过看注释，是与aapt2有关的东西，aapt1忽略这个。估计是aapt1和aapt2之间的处理差异，记录下来，方便重新打包时进行不同的处理。
（7）putUnknownInfo(meta); 记录未知文件。 ---- unknownFiles配置项
（8）putFileCompressionInfo(meta);记录文件压缩信息。 ---- doNotCompress配置项
8、小结
粗浅的写了一些流程上的东西，目前只是总结了反编译过程。具体的一些细节，比如 resources.arsc 的解析过程，我也是参考网上大佬的帖子来进行一步步解析的，所以没有自己再去重复写，自己也肯定没有大佬们写的好。另外dex的反编译因为apktool也是直接使用的baksmali库来进行的，后续自己阅读的时候再另起帖子说说。
下面一篇就还是写写重新打包就算完成任务啦。
附上apktool和baksmali的github地址
GitHub - iBotPeaches/Apktool: A tool for reverse engineering Android apk files
GitHub - JesusFreke/smali: smali/baksmali