解螺旋《KEGG信号通路数据库使用教程》学习笔记

KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 京都基因与基因组百科全书

特点：

1. 综合数据库，建立了跨物种联系。
2. 基于可计算的形式捕捉和实验证据，形成生物系统的计算机模拟。
3. 信号通路和分子间关系可视化。

用途：

1. 16个子数据库，最常用Pathway（下图）

2. 与其他数据库链接如ENSEMBL等。

   
   
   KEGG Databases.jpg

初探示例：

1. Disease数据库检索glioma。信息检索的精髓是关键词搜索和蓝色超链接。
2. 检索基因pten，需输入物种标识符，检索框中输入hsa:pten

KEGG Pathway

1. map：原始手工图
2. ko：链接至带有ko编号的基因
3. ec：链接至酶
4. rn：链接至反应

5. org：物种特异通路图，没有填充绿色的框说明该物种中无此基因。

   
   
   图片.png

KEGG Mapper

如果需要查看多个基因共同参与的信号通路，就要应用KEGG Mapper。例如通过芯片、测序、IP-质谱等获得了参与调控的一组分子，希望分析它们参与的信号通路网络。

步骤：

KEGG首页，Analysis tools - KEGG Mapper --> Search & Color Pathway --> 填写参数

更多精彩详见PDF《KEGG信号通路数据库使用》