第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径,能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息,绘制全基因组甲基化组。
Matthew J. Blow等人通过对200多种不同的细菌和其他原核生物,例如古细菌等研究发现,超过90%的原核生物中都存在DNA甲基化,并且有600多个甲基转移酶,表明存在大量的甲基化修饰多样性。
研究还观察到了许多其他的DNA甲基化模式(甚至包含没有限制性内切系统)。这表明DNA甲基化系统在原核生物中参与基因组调控,并在原核生物的生理生化中有着至关重要的作用,如调节毒力、抗生素耐药性,及适应氧化、缺氧、营养匮乏、酸性 pH 等环境。
原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析,获得对生物性状影响较大的通路信息;通过预测基因的反义转录本,丰富基因组注释内容;研究sRNA对mRNA的相互作用,从分子调控角度解释生物性状之间的差异。
转录技术在原核生物转录组研究上的突破,已经显示出其在揭示原核生物生命过程的分子机制上独特的优势。对原核生物的转录组研究开始于致病菌,但不止步于致病菌。近年来,原核转录组已成为一种普遍的研究方法,而通过转录组学分析环境胁迫、抗菌药物、生防细菌处理下的原核生物更早已成为研究热点。
易基因专利技术:针对检测原核菌个性化设计rRNA去除探针,利用高通量技术对原核细胞所产生的所有mRNA和sRNA(非编码RNA)进行测序。系统全面解析特定细胞所产生的mRNA和sRNA对生物性状的影响。
易基因原核转录组“rRNA捕获探针及其应用“方法获发明专利授权
原核甲基化+转录组联合分析可同时实现从“因”和“果”两个层面研究生物学问题,串联证据,并对其相关性进行验证,从不同的角度合力探索和解释生物学问题。
判断组学之间是否可以进行关联:是否有关联的生物学理论基础?
如:
• 启动子区甲基化会抑制基因的表达;
• 基因主体甲基化与基因表达正相关等。
因果关系的论证一般需要严密的分子实验。
研究案例
文章期刊:PLoS Pathog 202203
影响因子:IF 6.7
技术平台:原核甲基化测序分析
实验样本:痤疮表皮杆菌(C. acnes)
研究背景:
痤疮杆菌(C.acnes)是一种革兰氏阳性细菌,是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体,但某些成员与常见的炎症性疾病(如痤疮)有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定的甲基转移酶,其中一些可能属于保护入侵DNA宿主的限制性修饰(R-M)系统。然而,关于这些系统是否在不同的C.acnes菌株中起作用,目前知之甚少。
研究结果:
在菌株KPA171202中确定的DNA共有序列上检测到6mA修饰,且该R-M系统的重组表达证实了其甲基化活性,而R-M敲除突变体验证了该菌株甲基化特性的缺失。此外还研究了C. acnes噬菌体(PAD20)杀死各种C. acnes菌株的潜力,并将其特异性的增加与甲基化敏感株获得的噬菌体DNA甲基化联系起来。研究证明R-M缺失菌株中繁殖的噬菌体选择性地杀死R-M缺失痤疮敏感分支,而益生菌保持对噬菌体感染的抗性。
图1:C.acnes KPA171202(SLST H2)具有在AGCAGY序列甲基化motif的功能性R-M系统。
图2:C.acnes KPA171202的R-M系统IIIB影响PAD20噬菌体感染性状并保护细菌免受裂解。
项目文章|原核转录组测序分析揭示微藻对镉胁迫的短期和长期响应分子机制
文章期刊:CHEMOSPHERE 202205
影响因子:IF 8.8
技术平台:原核转录组测序分析、WGCNA分析
实验样本:微藻
研究背景:
由于镉(Cd)的生物蓄积性和生物不可降解性,即使在低浓度下,镉也会对生态系统构成严重威胁。微藻是一种很有前途的重金属去除剂和有效的工业污水净化剂。然而,关于镉胁迫下微藻的短期和长期响应分子机制的详细报道很少。本研究对微藻在EC50值(concentration for 50% of maximal effect,EC50)下的吸附行为(生长曲线、Cd去除率、SEM、FTIR和胞外多糖(EPS)动态变化)、细胞毒性(光合色素、MDA、GSH、H2O2、O2-)和胁迫响应机制进行探讨。
研究结果:
本研究通过原核生物的转录组RNA-seq在对照和15 min、48 h、72 h和96 h处理组中检测到1413个差异表达基因(DEGs)。这些基因被证明是镉敏感DEGs,且与核糖体、氮代谢、硫转运蛋白和光合作用相关。WGCNA(加权基因共表达网络分析)揭示了两种主要的基因表达模式:短期响应(381个基因)和长期响应(364个基因)。DEGs富集分析表明,参与氮(N)代谢、硫转运蛋白和氨酰-tRNA生物合成的基因表达显著上调,为初期合成金属螯合蛋白、抗性金属蛋白和转运蛋白(ABC转运蛋白)的重要组分(半胱氨酸)提供了原料,是一种短期响应机制。前15分钟的Cd吸附主要依赖于膜转运蛋白和预先蓄积的EPS。同时,上调的谷胱甘肽S-转移酶(GSTs)家族蛋白在外源性镉的初始抗性中发挥作用。受损的光合系统在后期得到修复,糖酵解和糖异生表达上调,满足生理代谢活动的能量和物质。本研究首次提供了微藻响应镉胁迫的短期和长期分子机制。同时,本研究中鉴定的关键基因可以作为藻类基因工程的潜在靶点。
参考文献:
Knödlseder N, et al. Engineering selectivity of Cutibacterium acnes phages by epigenetic imprinting. PLoS Pathog. 2022 Mar;18(3):e1010420.
Tian Q, et al. Longitudinal physiological and transcriptomic analyses reveal the short term and long term response of Synechocystis sp. PCC6803 to cadmium stress. Chemosphere. 2022 Sep;303(Pt 1):134727.
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