四、pytorch模型定义——pytorch学习

前面的知识回顾:

  • Module 类是 torch.nn 模块里提供的一个模型构造类 (nn.Module),是所有神经⽹网络模块的基类,我们可以继承它来定义我们想要的模型
  • PyTorch模型定义应包括两个主要部分:各个部分的初始化(init);数据流向定义(forward)

基于nn.Module,我们可以通过Sequential,ModuleList和ModuleDict三种方式定义PyTorch模型。

1. 模型定义的方式

1.1 nn.Sequential()

如果模型的定义为简单的串联各个层的计算时,通过Sequential 类可以实现更加简单的方式定义模型。Sequential类可以实现的功能如下,模型的前向计算就是将这些实例按添加的顺序逐⼀计算。

  1. 接收一系列子模块作为参数来逐一添加 Module 的实例
  2. 接收一个子模块的有序字典(OrderedDict)添加 Module 的实例

Sequential类的优缺点如下

  • 优点:简单易读,同时使用Sequential定义的模型不需要再写forward,因为顺序已经定义好了。具体可以查看nn.Sequential中的定义方法
  • 缺点:使用Sequential也会使得模型定义丧失灵活性,比如需要在模型中间加入一个外部输入时就不适合用Sequential的方式实现。
# 如下为根据nn.Sequential模块中的方法提取而来的,主要帮助我们理解这个模块是怎样执行的
# 具体就是将传入的Module一个个按顺序添加起来
class MySequential(nn.Module):
    from collections import OrderedDict
    def __init__(self, *args):
        super(MySequential, self).__init__()
        if len(args) == 1 and isinstance(args[0], OrderedDict): # 如果传入的是一个OrderedDict
            for key, module in args[0].items():
                self.add_module(key, module)  
                # add_module方法会将module添加进self._modules(一个OrderedDict)
        else:  # 传入的是一些Module
            for idx, module in enumerate(args):
                self.add_module(str(idx), module)
    def forward(self, input):
        # self._modules返回一个 OrderedDict,保证会按照成员添加时的顺序遍历成
        for module in self._modules.values():
            input = module(input)
        return input

使用方法如下:

  • 直接排列
  • 使用OrderedDict
# 直接排列 
import torch.nn as nn
net = nn.Sequential(
        nn.Linear(784, 256),
        nn.ReLU(),
        nn.Linear(256, 10), 
        )
print(net)

# 使用OrderedDict
import collections
net2 = nn.Sequential(collections.OrderedDict([
        ('fc1', nn.Linear(784, 256)),
        ('relu1', nn.ReLU()),
        ('fc2', nn.Linear(256, 10))
]))
print(net2)

# 输出
Sequential(
  (0): Linear(in_features=784, out_features=256, bias=True)
  (1): ReLU()
  (2): Linear(in_features=256, out_features=10, bias=True)
)
Sequential(
  (fc1): Linear(in_features=784, out_features=256, bias=True)
  (relu1): ReLU()
  (fc2): Linear(in_features=256, out_features=10, bias=True)
)

1.2 nn.ModuleList()

ModuleList主要作用是 接收一个子模块(或层,需属于nn.Module类)的列表作为输入,然后也可以类似List那样进行append和extend操作。同时,子模块或层的权重也会自动添加到网络中来。

要特别注意的是,和nn.Squential提供了按顺序组合模块并提供前向计算不同的是,nn.ModuleList 并没有定义一个网络,它只是将不同的模块储存在一起。ModuleList中元素的先后顺序并不代表其在网络中的真实位置顺序,需要经过forward函数指定各个层的先后顺序后才算完成了模型的定义。具体实现时用for循环即可完成。

# 使用举例,简单的将模块组合起来
from turtle import forward


net3 = nn.ModuleList([nn.Linear(784, 256), nn.ReLU()])
net3.append(nn.Linear(256, 10))
print(net3)
print(net3[-1])     # 可以进行类似list的索引访问

# 需要添加前向计算才能完成模型的定义
class model(nn.Module):
    def __init__(self):
        super(model, self).__init__()
        self.module_list = nn.ModuleList([nn.Linear(784, 256), nn.ReLU()])

    def forward(self, x):
        for layer in self.module_list:
            x = layer(x)
        return x
# 输出
ModuleList(
  (0): Linear(in_features=784, out_features=256, bias=True)
  (1): ReLU()
  (2): Linear(in_features=256, out_features=10, bias=True)
)
Linear(in_features=256, out_features=10, bias=True)

1.3 nn.ModuleDict()

ModuleDict和ModuleList的作用类似,只是ModuleDict能够更方便地为神经网络的层添加名称。

net4 = nn.ModuleDict({
    'linear':nn.Linear(784, 256),
    'act':nn.ReLU(),
})
net4['output'] = nn.Linear(256, 10)  # 添加新的层
print(net4['linear'])       # 类似字典的访问
print(net4.output)
print(net4)
# 输出
Linear(in_features=784, out_features=256, bias=True)
Linear(in_features=256, out_features=10, bias=True)
ModuleDict(
  (linear): Linear(in_features=784, out_features=256, bias=True)
  (act): ReLU()
  (output): Linear(in_features=256, out_features=10, bias=True)
)

1.4 三种方法的比较和适用场景

  • Sequential适用于快速验证结果,因为已经明确了要用哪些层,直接写一下就好了,不需要同时写init和forward;
  • ModuleList和ModuleDict在某个完全相同的层需要重复出现多次时,非常方便实现,可以”一行顶多行“

当我们需要之前层的信息的时候,比如 ResNets 中的残差计算,当前层的结果需要和之前层中的结果进行融合,一般使用 ModuleList/ModuleDict 比较方便。

2. 利用模型块快速搭建复杂网络

之前学习的模型定义都是用torch.nn中的层来完成的。这种定义方式易于理解,在实际场景下不一定利于使用。当模型的深度非常大时候,使用Sequential定义模型结构需要向其中添加几百行代码,使用起来非常不方便。

对于大部分模型结构(比如ResNet、DenseNet等),我们仔细观察就会发现,虽然模型有很多层, 但是其中有很多重复出现的结构。考虑到每一层有其输入和输出,若干层串联成的”模块“也有其输入和输出,如果我们能将这些重复出现的层定义为一个”模块“,每次只需要向网络中添加对应的模块来构建模型,这样将会极大便利模型构建的过程。

本节我们将以U-Net为例,介绍如何构建模型块,以及如何利用模型块快速搭建复杂模型。

2.1 U-Net简介

U-Net是分割 (Segmentation) 模型的杰作,在以医学影像为代表的诸多领域有着广泛的应用。U-Net模型结构如下图所示,通过残差连接结构解决了模型学习中的退化问题,使得神经网络的深度能够不断扩展。


unet.png

结合上图,不难发现U-Net模型具有非常好的对称性。模型从上到下分为若干层,每层由左侧和右侧两个模型块组成,每侧的模型块与其上下模型块之间有连接;同时位于同一层左右两侧的模型块之间也有连接,称为“Skip-connection”。此外还有输入和输出处理等其他组成部分。由于模型的形状非常像英文字母的“U”,因此被命名为“U-Net”。

组成U-Net的模型块主要有如下几个部分:

1)每个子块内部的两次卷积(Double Convolution)
2)左侧模型块之间的下采样连接,即最大池化(Max pooling)
3)右侧模型块之间的上采样连接(Up sampling)
4)输出层的处理

除模型块外,还有模型块之间的横向连接,输入和U-Net底部的连接等计算,这些单独的操作可以通过forward函数来实现。

我们首先用PyTorch先实现上述的模型块,然后再利用定义好的模型块构建U-Net模型。

2.3 U-Net模型块实现

  • 在使用PyTorch实现U-Net模型时,如果像之前一样将每一层按序排列写出来,就太麻烦而且也不容易读。
  • 一种比较好的方法是先定义好模型块,再定义模型块之间的连接顺序和计算方式,提高模型块的复用性。

这里的基础部件对应U-Net的四个模型块,根据功能我们将其命名为:DoubleConv, Down, Up, OutConv。下面给出U-Net中模型块的PyTorch 实现:

import torch
import torch.nn as nn
import torch.nn.functional as F 

# 1. doubel Conv
class DoubelConv(nn.Module):
    # (convolution => [BN] => ReLU) * 2
    def __init__(self, in_channels, out_channels, mid_channels=None):
        super().__init__()
        if not mid_channels:
            # 当mid_channels为None时,即为out_channels
            mid_channels = out_channels
        
        self.double_conv = nn.Sequential(
            nn.Conv2d(in_channels, mid_channels, kernel_size=3, padding=1, bias=False),
            nn.BatchNorm2d(mid_channels),
            nn.ReLU(inplace=True),
            nn.Conv2d(mid_channels, out_channels, kernel_size=3, padding=1, bias=False),
            nn.BatchNorm2d(out_channels),
            nn.ReLU(inplace=False)
        )

    def forward(self, x):
        return self.double_conv(x)

# 2. Down sampling,MaxPooling
class Down(nn.Module):
    # Downscaling with maxpool then double conv"
    def __init__(self, in_channels, out_channels):
        super().__init__()

        self.maxpool_conv = nn.Sequential(
            nn.MaxPool2d(2),
            DoubelConv(in_channels, out_channels)
        )
    def forward(self, x):
        return self.maxpool_conv(x)

# 3. Up sampling
class Up(nn.Module):
    #Upscaling then double conv
    def __init__(self, in_channels, out_channels, bilinear=False):
        super().__init__()

         # if bilinear, use the normal convolutions to reduce the number of channels
        if bilinear:
            self.up = nn.Upsample(scale_factor=2, mode='bilinear', align_corners=True)
            self.conv = DoubelConv(in_channels, out_channels, in_channels // 2 )    # 通道数减半
        else:
            self.up = nn.ConvTranspose2d(in_channels, in_channels //2 , kernel_size=2, stride=2)  # 为啥步长是2
            self.conv = DoubelConv(in_channels, out_channels)

    def forward(self, x1, x2):
        x1 = self.up(x1)
        # input is CHW
        diffY = x2.size()[2] - x1.size()[2]
        diffX = x2.size()[3] - x2.size()[3]
        # if you have padding issues, see
        # https://github.com/HaiyongJiang/U-Net-Pytorch-Unstructured-Buggy/commit/0e854509c2cea854e247a9c615f175f76fbb2e3a
        # https://github.com/xiaopeng-liao/Pytorch-UNet/commit/8ebac70e633bac59fc22bb5195e513d5832fb3bd
        x1 = F.pad(x1, [diffX //2 , diffX -diffX //2,
                        diffY //2, diffY - diffY //2 ])
        x = torch.cat([x2, x1], dim=1)
        return self.conv(x)

# 4. ouput deal
class OutConv(nn.Module):
    def __init__(self, in_channels, out_channels):
        super().__init__()
        self.conv = nn.Conv2d(in_channels, out_channels, kernel_size=1)
    def forward(self, x):
        return self.conv(x)

2.4 利用模块组装U-net模型

class UNet(nn.Module):
    def __init__(self, n_channels, n_classes, bilinear=False):
        super().__init__()
        self.n_channels = n_channels
        self.n_classes = n_classes
        self.bilinear = bilinear

        self.inc = DoubelConv(n_channels, 64)
        self.down1 = Down(64, 128)
        self.down2 = Down(128, 256)
        self.down3 = Down(256, 512)
        factor = 2 if bilinear else 1
        self.down4 = Down(512, 1024 // factor)
        self.up1 = Up(1024, 512//factor, bilinear)
        self.up2 = Up(512, 256//factor, bilinear)
        self.up3 = Up(256, 128//factor, bilinear)
        self.up4 = Up(128, 64//factor, bilinear)
        self.outc = OutConv(64, n_classes)

    def forward(self, x):
        x1 = self.inc(x)
        x2 = self.down1(x1)
        x3 = self.down2(x2)
        x4 = self.down3(x3)
        x5 = self.down4(x4)
        x = self.up1(x5, x4)
        x = self.up2(x, x3)
        x = self.up3(x, x2)
        x = self.up4(x, x1)
        logits = self.outc(x)

        return logits 

3. pytorch修改模型

除了自己构建模型外,有越来越多的开源模型可以供我们使用,很多时候我们也不必从头开始构建模型。因此,掌握如何修改PyTorch模型就显得尤为重要。

3.1 修改模型层

以pytorch官方视觉库torchvision预定义好的模型ResNet50为例,探索如何修改模型的某一层或者某几层。

import torchvision.models as models

# resnet50,resnet18 
net = models.resnet50()
print(net)

这里模型结构是为了适配ImageNet预训练的权重,因此最后全连接层(fc)的输出节点数是1000。

假设我们要用这个resnet模型去做一个10分类的问题,就应该修改模型的fc层,将其输出节点数替换为10。另外,我们觉得一层全连接层可能太少了,想再加一层。可以做如下修改:
这里的操作相当于将模型(net)最后名称为“fc”的层替换成了名称为“classifier”的结构,这里使用了第一节介绍的Sequential+OrderedDict的模型定义方式。至此,我们就完成了模型的修改,现在的模型就可以去做10分类任务了。

from collections import OrderedDict

classifier = nn.Sequential(OrderedDict([
            ('fc1', nn.Linear(2048, 128)),
            ('relu1', nn.ReLU()),
            ('dropout1', nn.Dropout(0.5)),
            ('fc2', nn.Linear(128, 10)),
            ('output', nn.Softmax(dim=1))
]))
net.fc = classifier
print(net)

3.2 对模型添加外部输入

有时候在模型训练中,除了已有模型的输入之外,还需要输入额外的信息。比如在CNN网络中,我们除了输入图像,还需要同时输入图像对应的其他信息,这时候就需要在已有的CNN网络中添加额外的输入变量。基本思路是:将原模型添加输入位置前的部分作为一个整体,同时在forward中定义好原模型不变的部分、添加的输入和后续层之间的连接关系,从而完成模型的修改。

我们以torchvision的resnet50模型为基础,任务还是10分类任务。不同点在于,我们希望利用已有的模型结构,在倒数第二层增加一个额外的输入变量add_variable来辅助预测。具体实现如下:


class Model(nn.Module):
    def __init__(self, net):
        super(Model, self).__init__()
        self.net = net
        self.relu = nn.ReLU()
        self.dropout = nn.Dropout(0.5)
        self.fc_add = nn.Linear(1001, 10, bias=True)
        self.output = nn.Softmax(dim=1)

    def forward(self, x, add_variable):
        x = self.net(x)
        x = torch.cat((self.dropout(self.relu(x)), add_variable.unsqueeze(1)), 1)
        x = self.fc_add(x)
        x = self.output(x)
        return(x)
import torchvision.models as models
net = models.resnet50()
model = Model(net)
# 训练中在输入数据的时候要给两个inputs
# outputs = model(inputs, add_var)

3.3 添加额外输出

有时候在模型训练中,除了模型最后的输出外,我们需要输出模型某一中间层的结果,以施加额外的监督,获得更好的中间层结果。基本的思路是修改模型定义中forward函数的return变量。

我们依然以resnet50做10分类任务为例,在已经定义好的模型结构上,同时输出1000维的倒数第二层和10维的最后一层结果。具体实现如下:

class Model(nn.Module):
    def __init__(self):
        super(Model, self).__init__()
        self.net = net
        self.relu = nn.ReLU()
        self.dropout = nn.Dropout(0.5)
        self.fc1 = nn.Linear(1000, 10, bias=True)
        self.output = nn.Softmax(dim=1)

    def forward(self, x, add_variable):
        x1000 = net(x)
        x_m = torch.cat((self.dropout(self.relu(x1000)), add_variable.unsqueeze(1)), 1)
        x10 = self.fc1(x_m)
        x10 = self.output(x10)
        return x10, x1000
# 实例化和使用
import torchvision.models as models
net = models.resnet50()
model = Model(net)
out10, out1000 = model(inputs, add_var)

4. pytorch模型保存与读取

另外,在很多场景下我们都会使用多GPU训练。这种情况下,模型会分布于各个GPU上(参加2.3节分布数据式训练,这里暂不考虑分布模型式训练),模型的保存和读取与单GPU训练情景下是否有所不同

4.1 模型存储格式

PyTorch存储模型主要采用pkl,pt,pth三种格式。就使用层面来说没有区别。

4.2 模型存储内容

一个PyTorch模型主要包含两个部分:模型结构和权重。其中模型是继承nn.Module的类,权重的数据结构是一个字典(key是层名,value是权重向量)。存储也由此分为两种形式:存储整个模型(包括结构和权重),和只存储模型权重。

对于PyTorch而言,pt, pth和pkl三种数据格式均支持模型权重和整个模型的存储,三种模式使用上没有差别。

from torchvision import models
model = models.resnet152(pretrained=True)

# 保存整个模型
torch.save(model, save_dir)
# 保存模型权重
torch.save(model.state_dict, save_dir)

4.3 单卡和多卡模型存储的区别

PyTorch中将模型和数据放到GPU上有两种方式——.cuda()和.to(device),本节后续内容针对前一种方式进行讨论。如果要使用多卡训练的话,需要对模型使用torch.nn.DataParallel。

import os
os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0' # 如果是多卡改成类似0,1,2
model = model.cuda()  # 单卡
model = torch.nn.DataParallel(model).cuda()  # 多卡

把model对应的layer名称打印出来看一下,可以观察到差别在于多卡并行的模型每层的名称前多了一个“module”。这种模型表示的不同可能会导致模型保存和加载过程中需要处理一些矛盾点,下面对各种可能的情况做分类讨论。

4.4 保存和加载情况分类

由于训练和测试所使用的硬件条件不同,在模型的保存和加载过程中可能因为单GPU和多GPU环境的不同带来模型不匹配等问题。如下为作者介绍的四种情况:

  • 单卡保存+单卡加载:在使用os.envision命令指定使用的GPU后,即可进行模型保存和读取操作。注意这里即便保存和读取时使用的GPU不同也无妨。
  • 单卡保存+多卡加载:读取单卡保存的模型后,使用nn.DataParallel函数进行分布式训练设置即可
  • 多卡保存+单卡加载:这种情况的核心是保证模型名称的统一,去除字典里的module麻烦,可以往model里添加module简单,加载整个模型,直接提取模型的module属性即可
  • 多卡保存+多卡加载:建议使用权重的方式存储和读取模型

单卡保存+单卡加载

在使用os.envision命令指定使用的GPU后,即可进行模型保存和读取操作。注意这里即便保存和读取时使用的GPU不同也无妨。

import os
import torch
from torchvision import models

os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0'   #这里替换成希望使用的GPU编号
model = models.resnet152(pretrained=True)
model.cuda()

# 保存+读取整个模型
torch.save(model, save_dir)
loaded_model = torch.load(save_dir)
loaded_model.cuda()

# 保存+读取模型权重
torch.save(model.state_dict(), save_dir)
loaded_dict = torch.load(save_dir)
loaded_model = models.resnet152()   #注意这里需要对模型结构有定义
loaded_model.state_dict = loaded_dict
loaded_model.cuda()

单卡保存+多卡加载
读取单卡保存的模型后,使用nn.DataParallel函数进行分布式训练设置即可

import os
import torch
from torchvision import models

os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0'   #这里替换成希望使用的GPU编号
model = models.resnet152(pretrained=True)
model.cuda()

# 保存+读取整个模型
torch.save(model, save_dir)

os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '1,2'   #这里替换成希望使用的GPU编号
loaded_model = torch.load(save_dir)
loaded_model = nn.DataParallel(loaded_model).cuda()

# 保存+读取模型权重
torch.save(model.state_dict(), save_dir)

os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '1,2'   #这里替换成希望使用的GPU编号
loaded_dict = torch.load(save_dir)
loaded_model = models.resnet152()   #注意这里需要对模型结构有定义
loaded_model.state_dict = loaded_dict
loaded_model = nn.DataParallel(loaded_model).cuda()

多卡保存+单卡加载

这种情况的核心是保证模型名称的统一,去除字典里的module麻烦,可以往model里添加module简单,加载整个模型,直接提取模型的module属性即可

# 方法一:去除字典里的module麻烦,往model里添加module简单(推荐)
import os
import torch
from torchvision import models

os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0,1,2'   #这里替换成希望使用的GPU编号

model = models.resnet152(pretrained=True)
model = nn.DataParallel(model).cuda()

# 保存+读取模型权重
torch.save(model.state_dict(), save_dir)

os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0'   #这里替换成希望使用的GPU编号
loaded_dict = torch.load(save_dir)
loaded_model = models.resnet152()   #注意这里需要对模型结构有定义
loaded_model = nn.DataParallel(loaded_model).cuda()
loaded_model.state_dict = loaded_dict

# 方法二:使用replace操作去除module
loaded_model = models.resnet152()    
loaded_dict = torch.load(save_dir)
loaded_model.load_state_dict({k.replace('module.', ''): v for k, v in loaded_dict.items()})
# 方法三:遍历去除module,不付代码了

多卡保存+多卡加载
多卡模式下建议使用权重的方式存储和读取模型

import os
import torch
from torchvision import models

os.environ['CUDA_VISIBLE_DEVICES'] = '0,1,2'   #这里替换成希望使用的GPU编号

model = models.resnet152(pretrained=True)
model = nn.DataParallel(model).cuda()

# 保存+读取模型权重,强烈建议!!
torch.save(model.state_dict(), save_dir)
loaded_dict = torch.load(save_dir)
loaded_model = models.resnet152()   #注意这里需要对模型结构有定义
loaded_model = nn.DataParallel(loaded_model).cuda()
loaded_model.state_dict = loaded_dict

如果只有保存的整个模型,也可以采用提取权重的方式构建新的模型:

# 读取整个模型
loaded_whole_model = torch.load(save_dir)
loaded_model = models.resnet152()   #注意这里需要对模型结构有定义
loaded_model.state_dict = loaded_whole_model.state_dict
loaded_model = nn.DataParallel(loaded_model).cuda()

另外,上面所有对于loaded_model修改权重字典的形式都是通过赋值来实现的,在PyTorch中还可以通过"load_state_dict"函数来实现:loaded_model.load_state_dict(loaded_dict)

文章参考:datawhale 深入浅出pytorch

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