Linux系统中如何安装生信软件?保姆式全攻略

Linux 生信软件安装攻略

生物信息分析软件在Linux系统下的安装通常有多种途径，其中包括使用包管理工具（如conda）进行安装和通过源代码进行编译安装。这篇笔记简要分享linux下安装生物信息分析软件的方法和技巧，希望能对您有所帮助，建议转发收藏！

本文将以vcftools为例，分别演示使用conda和编译安装两种途径进行软件安装的步骤和方法。

使用conda进行安装（推荐）

conda是一个开源的软件包管理系统，可以用于安装和管理生物信息分析软件。下面是使用conda安装vcftools的步骤：

1. 首先，确保已经安装了conda

https://docs.conda.io/projects/miniconda/en/latest/

2. 打开终端，创建一个新的conda环境

创建环境的目的是为了隔离不同软件包之间的依赖关系，避免冲突。

conda create -n myenv

其中myenv是环境的名称，可以根据自己的需要进行修改。

这里的环境相当于不同的小房间，各司其职互不影响。

比如新建一个厨房，往里面安装一个煤气灶，然后安装油烟机，并正常使用。

突然有一天，你心血来潮想安装一个电视，经验告诉你应该新建一个客厅，这样用来安装电视会更好一些，虽然安装在厨房也能看，但哪有人边看电视边切菜啊？

过了一段时间，想上厕所了，需要急切的安装一个马桶，情急之下忘了新建环境，直接把马桶安在厨房，那就有意思了，启动时冲突，无法边做饭边上厕所。

上述小故事中，厨房、客厅和厕所就像是不同的conda环境，马桶、煤气灶、油烟机和电视就像是软件工具，有时候必须把多个软件安装在同一个环境来使用（比如油烟机和煤气灶都在厨房），但是有时候又必须将不同软件安装在不同环境（比如马桶和煤气灶就没法放在一起）。

（小故事收尾，言归正传）

3. 激活新创建的环境。

   conda activate myenv
   

4. 使用conda安装vcftools。

   conda install -c bioconda vcftools
   

   这条命令会从bioconda渠道中下载并安装vcftools及其依赖项，具体有不同的仓库channel分别存放着不同的软件，这里根据实际情况进行选择。

5. 安装完成后，可以使用以下命令验证vcftools是否成功安装。如果成功安装，将显示vcftools的版本信息。

   vcftools --version
   

conda与mamba有啥区别？

编译安装

如果无法使用conda安装vcftools，或者需要自定义编译选项，可以选择通过源代码进行编译安装。下面是使用编译安装方式安装vcftools的步骤：

1. 首先，安装必要的编译工具和依赖项。在Ubuntu系统中，可以使用以下命令安装所需的软件包。

   sudo apt-get update
   sudo apt-get install build-essential zlib1g-dev
   

   其他Linux发行版可以根据自己的包管理器进行安装。

2. 下载vcftools的源代码。可以从vcftools的官方网站或GitHub仓库获取源代码。

   wget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/refs/tags/v0.1.16.tar.gz
   tar -zxvf v0.1.16.tar.gz
   cd vcftools-0.1.16
   

3. 编译和安装vcftools。

   make
   sudo make install
   

   这将编译源代码并将可执行文件安装到系统路径中。

4. 安装完成后，可以使用以下命令验证vcftools是否成功安装。

   vcftools --version
   

总结

本文介绍了在Linux系统下安装生物信息分析软件的两种常见途径：使用conda进行安装和通过源代码进行编译安装。以vcftools为例，演示了具体的安装步骤和方法。根据实际情况，选择合适的安装方式可以更方便地进行生物信息分析工作。

锦囊妙计小提示

1. 安装软件时先考虑通过conda进行安装，可以先搜一下有没有现成的yml配置文件，抄别人的作业，提高效率。
2. 如果conda安装时提示未找到，极有可能是仓库不对，或者是拼写有错误。
3. 不要一次性安装全部软件，一般根据自己的分析需要用啥装啥。
4. 安装软件时如果需要特定版本，一定要注意与现有版本是否冲突，不然安装完新软件之后旧软件突然用不了。
5. 尽量使用官方帮助文档的方法进行安装，有报错也方便提问。
6. 如果是安装java类型的软件还要考虑JDK环境。
7. 如果服务器没法联网，建议用自己的电脑装虚拟机，安装完成后直接打包移植。
8. 学有余力，可以了解一下docker、singularity等容器技术，说不定会打开新世界的大门。

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以上就是在Linux系统下安装生物信息分析软件的步骤和方法的介绍，希望对您有所帮助！

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