GEO数据挖掘--下载数据的3种方式

rm(list = ls())
## 魔幻操作，一键清空~当前环境中对象全部删除
options(stringsAsFactors = F)
#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型

数据下载

下载方式1GEOquery

# library(GEOquery)
gse_number = "GSE42872"#修改号码
# eSet <- getGEO(gse_number, 
#                destdir = '.',#.当前目录的意思 
#                getGPL = F)#gpl注释先不下载下来
#如果本地有就读取了本地。
#下不了，去网站自己下，放进来
#检查是否下完整 查看大小

下载方式2 优选

速度较快

# library(devtools)
# install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
library(AnnoProbe)
eSet<-geoChina("GSE42872")

下载方式3

#devtools::install_github("xjsun1221/tinyarray")
# library(tinyarray)
# geo = geo_download("GSE42872")