R编辑包运行常见问题

1、

library(ggstatsplot)       #当我运行一个编辑包时，报如下错误

Registered S3 methods overwritten by 'broom.mixed':

  method         from 

  augment.lme    broom

  augment.merMod broom

  glance.lme     broom

  glance.merMod  broom

  glance.stanreg broom

  tidy.brmsfit   broom

  tidy.gamlss    broom

原因：可以考虑ggstatsplot包中包含的需要broom.mixed包的版本不一致。通常情况下是broom.mixed版本高于ggstatsplot的版本。

我采取的做法是删除已经有的broom.mixed包再重新安装 即：

remove.packages("broom.mixed")

Sys.setenv(R_MAX_NUM_DLLS=999)

options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #若已经配置好镜像，则直接install.即可

if(!require("broom.mixed")) install.packages("broom.mixed")

如果显示失败，可以多尝试几次，网络不好，也会导致下载安装失败

成功安装如下，

下载后，再次运行library(ggstatsplot)   

2、In file(con, "r") : InternetOpenUrl failed

在安装Bioconductor 出现上面错误

In file(con, "r") :

  URL 'https://bioconductor.org/config.yaml': status was 'SSL connect error'

修改：第一种方法（这个也是我觉得比较方便的方式）

打开R.rstudio  点击tools>global option

3、Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) 

修改镜像    可能是当前的镜像太慢  

在etc>Rprofile.site文件中 

# set a CRAN mirror

# local({r <- getOption("repos")

#      r["CRAN"] <- "https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/ "

#      options(repos=r)})

修改CRAN后面的镜像路径   再重新安装需要的包。

‘4、在安装BiocManager编辑包时，基本把所有安装包问题都犯的差不多了，我的版本是R.3.6.2,在安装BiocManager时候，也存在BiocManager的依赖包版本不一致的现象。保险起见

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

 install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(version = "3.10")

执行了此步后，会提示是否更新其他包？a/s/n

不用怕，直接敲击a,让它自行更新就好了，最好是在网络好的地方安装（血泪教训）。

5.

Error in unpackPkgZip(foundpkgs[okp, 2L], foundpkgs[okp, 1L], lib, libs_only

根据R提示   粘贴提示路径（我的是 D:\Program Files\R\R-3.6.2\library/00LOCK） 到我的电脑  删去提示路径里里面的 00LOCK文件夹