生物信息学3：微生物基因组学常用软件安装

一、Linux 安装软件的常用方法：

（1）将可执行程序加入环境变量

        一些软件包内包含的是可执行程序，不需要进行编译，这类程序可以在软件目录中通过终端“./主程序名”命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的“zshrc”、“bashrc”以及/etc目录下的“profile”。

（2）创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下

        可以视为方法一的另一种实现策略，通过“ln -s A B”进行创建，软连接可以理解为Windows下的快捷方式。A为主程序的绝对路径（包含主程序名称），B为目标路径，即放置软件快捷方式的地方（包含主程序名），一般可存于“/usr/loacl/bin”下。

（3）源码配置编译及安装

特点为解压源码包之后，存在“configure”文件，一般分三步安装，即在软件目录下打开终端，依次运行：

./configure

make

sudo make install

（4）通过源进行安装

不同的Linux发行版含有不同的源和软件安装工具，只要联网，一条命令即可安装源中含有的软件。

Ubuntu可以通过“sudo apt-get install 程序名”进行安装，同时可以用brew进行安装，前者为系统自带，后者需要手动安装。

brew工具的安装：

sudo apt install linuxbrew-wrapper

将brew添加到环境变量：

echo 'export PATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin:$PATH"' >>~/.bashrc

echo 'export MANPATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/share/man:$MANPATH"' >>~/.bashrc

echo 'export INFOPATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/share/info:$INFOPATH"' >>~/.bashrc

安装build

sudo apt-get install build-essential

Centos可以通过“sudo yum install 程序名”进行安装

注：前三种方法适合任意Linux发行版，安装软件前可以先通过方法4进行，若源中不包含此软件再用前三种方法。

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二、软件下载及存储

首先在Home目录下创建Tools目录，所有下载的软件均存放于tools目录之下，此处我的家目录为“manager”，即我软件存放目录为“/home/manager/Tools”。

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三、软件安装

1. ABySS

首先安装依赖包：

Open MPI

tar zxvf openmpi-4.0.0.tar.gz

cd openmpi-4.0.0

./configure

sudo make all install

cd ..

Git（可以不安装）

sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev libexpat1-dev gettext libz-dev libssl-dev git

sparsehash

git clone https://github.com/sparsehash/sparsehash.git

cd sparsehash

./configure

make

sudo make install

cd ..

ABySS

aBySS的brew安装方法：

brew install gcc  boost open-mpi google-sparsehash  abyss  brewsci/bio/arcs brewsci/bio/links-scaffolder  pigz samtools zsh

2. SPAdes

tar -zxvf SPAdes-3.13.0-Linux.tar.gz

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/SPAdes-3.13.0-Linux/bin(加入环境变量)

source ~/.zshrc

3. prokka

先安装依赖

aragorn

vim ~/.zshrc

i#(进入插入模式），在文末建立新的一行

输入：

export PATH=$PATH:$HOME/Tools/prokka/aragorn.1.2.38

esc #(退出插入模式）

shift + :

wq! #(w,write; q,quit, !强制）

source ~/.zshrc 

barrnap

vim ~/.zshrc

i

$HOME/Tools/prokka/barrnap-0.6/bin

esc

shift + :

wq!

source ~/.zshrc

tbl2asn

删除旧版本：

sudo rm -f /usr/bin/tbl2asn

安装新版本。解压，把主程序的名称改为 tbl2asn

sudo ln -s /home/manager/Tools/prokka/tbl2asn /usr/local/bin/tbl2asn

minced

解压，进入程序所在的目录中

make

sudo ln -s /home/manager/Tools/prokka/minced-master/minced /usr/local/bin/minced

parallel

解压缩，进入目录

./configure

make

sudo make install

prodigal

解压缩，进入目录

sudo make install

signalp

解压缩，用文本编辑器打开signalp主程序，改路径（第13行），并保存：

$ENV{SIGNALP} = '/home/manager/Tools/prokka/signalp-4.1';

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/prokka/signalp-4.1

source ~/.zshrc

rnammer

解压后进入文件夹，用文本编辑器打开rnammer主程序，修改第35行路径如下：

      my $INSTALL_PATH = "/home/manager/Tools/prokka/rnammer-1.2.src";

通过whereis hammsearch命令查看其所在路径，修改第50行和53行，如下：

      $HMMSEARCH_BINARY = "/usr/bin/hmmsearch";

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/prokka/rnammer-1.2.src

source ~/.zshrc

prokka

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/prokka/prokka-1.12/bin

source ~/.zshrc

prokka --setupdb

Install prokka with brew

brew install brewsci/bio/prokka

4. Parsnp

wget https://github.com/marbl/parsnp/releases/download/v1.2/parsnp-Linux64-v1.2.tar.gz

tar -xvf parsnp-Linux64-v1.2.tar.gz

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/Parsnp-Linux64-v1.2(加入环境变量)

source ~/.zshrc 

5. roary（blast+, fasttree）

sudo apt-get install bedtools cd-hit ncbi-blast+ mcl parallel cpanminus prank mafft fasttree

sudo cpanm -f Bio::Roary

#出错的话运行：

sudo cpan -f Bio::Roary

6. RAxML

解压

cd standard-RAxML-master 

make -f Makefile.gcc

sudo ln -s /home/manager/Tools/standard-RAxML-master/raxmlHPC /usr/local/bin/raxmlHPC

7. Prottest

sudo apt-get install prottest

8. jModelTest

sudo apt-get install jmodeltest

9. bioperl

sudo apt install perlbrew

perlbrew install-cpanm

cpanm Bio::Perl