工作流开源系统--DRAKE

1工作流开源系统概要

以下是各类数据分析的工作流pipeline管道模型的框架和库包，包含特定科学等业务领域行业或者通用领域，结合大数据big data分析的各种开放源码项目。包括下一代测序技术(NGS)打开了数据分析的空间，生物学成为数据密集领域，越来越多的生物数据需要通过复杂的计算工具（集群、云端和网格计算）进行NGS处理和分析。

工作流开源系统	网址	现类
Arvados	http://arvados.org	产品级的数据科学平台，能处理大数据集，由两个主要系统组成以及涵盖很多相关服务与组件，包括API SDK和虚拟化工具。
Taverna	http://www.taverna.org.uk/	一个与具体领域无关的独立的工作流管理系统，包括一系列工具用于设计和科学工作流程的实现。
Galaxy	http://galaxyproject.org/	基于web用于数据密集的生物医学研究
SHIWA	http://www.erflow.eu/	跨国的欧洲工作流用户社区推出的用于科学研究的工作流。
Oozie	https://oozie.apache.org/	是一个用于管理Apache Hadoop job的工作流调度系统。
DNANexus	https://wiki.dnanexus.com/API-Specification-v1.0.0/IO-and-Run	不仅能在云端存储和分析文件，也有助于协助 注释和虚拟化你的数据。
BioDT	http://www.biodatomics.com/	下一代生物信息学工具
Agave	http://agaveapi.co/live-docs/	一个Science-as-a-Service API平台
DiscoveryEnvironment	http://www.iplantcollaborative.org/ci/discovery-environment	iPlant 的信息基础平台
Wings	http://www.wings-workflows.org/	是一个语义工作流系统，辅助科学家进行计算体验设计。
Knime	https://www.knime.org/	强大的大数据分析和挖掘能力。
Drake	https://github.com/Factual/drake	易于使用可扩展 基于文本的数据工作流工具，组织围绕数据的命令行执行，类似GNU的 Make
Snakemake	https://bitbucket.org/johanneskoester/snakemake	是一个工作流管理系统，降低创建工作流的难度复杂性，提供快速舒服的执行环境。
BPipe	http://bpipe.org	用于生物学领域的任务运行，用以替代各种脚本任务。
Ruffus	https://code.google.com/p/ruffus/	Python可计算的Pipeline，用于生物信息学在并行流程中管理依赖。
NextFlow	http://nextflow.io	借鉴Unix管道模型，提供一个流畅的DSL，允许你处理复杂的流交互。
Luigi	http://github.com/spotify/luigi	Luigi是一个Python (2.7, 3.3, 3.4, 3.5)库包，帮助你建立复杂的批工作的管道模型pipeline，它处理依赖问题，工作流管理，虚拟化，处理失败，集成命令行等很多功能。
SciLuigi.	http://github.com/samuell/sciluigi
GATK Queue	https://www.broadinstitute.org/gatk/guide/topic?name=queue	建立一个分析管道模型有效率运行GATK和其他工具
Yabi	https://ccg.murdoch.edu.au/yabi
seqware	https://seqware.github.io/	https://seqware.github.io/docs/6-pipeline/
Ketrew	https://github.com/hammerlab/ketrew	一个提供EDSL API的OCaml库
Pegasus	http://pegasus.isi.edu/	工作流管理系统，自动恢复和调式科学计算。
Airflow	https://github.com/airbnb/airflow（重复）
Cosmos/ Cosmos2:	https://github.com/LPM-HMS/COSMOS2	主流的并行工作流Python库包，生物科学领域下一代序列流管道模型，提供命令行工具自动利用计算集群能力，提供Web仪表板监视，调试，分析你的job。
Pinball	https://github.com/pinterest/pinball	Pinball是个可伸缩扩展的工作流管理器，基于组件，状态以可读格式保存，可靠，管理友好。
bcbio	https://bcbio-nextgen.readthedocs.org/en/latest/	提供高吞吐量数据序列流分析，只要编写高层配置指定输入和分析参数，输入会驱动并行管道模型处理被分发的执行任务，幂等处理可重新启动，透明的事务步骤。
Chronos	https://github.com/mesos/chronos	Chronos是一个linux cron的替代，它是分布式的失败容错的调度器，运行在 Apache Mesos之上，支持定制优化Mesos执行器作为默认的命令执行器。
Azkaban	https://azkaban.github.io/	是一个批工作流任务调度器，由LinkedIn创建，用于运行Hadoop job，解决了job的依赖顺序，提供易于使用的Web用户界面维护和跟踪你的处理流程。
Apache NiFi	https://nifi.apache.org/docs/nifi-docs/html/overview.html	系统之间数据流程的自动化，当数据流使用在各种场合，使用它自动化和管理系统之间信息流动。
flowr (R-based)	http://docs.flowr.space/	Flowr让你设计和实现复杂的管道模型，部署在你的计算集群，满足生物信息学需要。
Mistral	https://github.com/arteria-project	从主流并行序列流中处理序列数据，提供组件实现自动分析和数据管理任务作为下一代序列流中心，平衡微服务架构，使用StackStorm创建一个事件驱动的自动化系统。灵活可伸缩。
nipype	http://nipy.org/nipype/
End of Day	https://github.com/joestubbs/endofday	docker 容器的可执行工作流，可以使用yaml文件定义。
BioDSL	https://github.com/maasha/BioDSL	用于生物学的领域特定语言。
BigDataScript	http://pcingola.github.io/BigDataScript/	在笔记本上开发的数据分析管道模型可以运行在大数据几千节点集群上。
Omics Pipe:	http://sulab.scripps.edu/omicspipe/	开源模块计算平台，自动化multi-omics数据分析管道模型的最佳实践。
Ensembl Hive	https://github.com/Ensembl/ensembl-hive	eHive是一个在分布式计算资源运行计算管道模型的系统。
QuickNGS	http://bifacility.uni-koeln.de/quickngs/web	下一代测序数据的高吞吐量的数据分析。
GenePattern	http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/	提供数百个分析工具，分析 gene expression (RNA-seq 和 microarray), sequence variation and copy number, proteomic, flow cytometry, 和网络分析
Chipster	http://chipster.csc.fi/	新一代测序(NGS)，提供超过350分析工具
The Genome Modeling System	https://github.com/genome/gms
Cuneiform,	https://github.com/joergen7/cuneiform	函数式工作流语言
Anvaya	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22809419	自动化基因分析的工作流环境
Makeflow	http://ccl.cse.nd.edu/software/makeflow/	在集群 云端和网格之上执行大型复杂工作流引擎
Airavata	http://airavata.apache.org/	基于集群，云端和网格之上组合，管理，执行和监视大规模可伸缩应用和工作流引擎
Pyflow	https://github.com/Illumina/pyflow	一个轻量的并行任务引擎
Clusterflow	https://github.com/ewels/clusterflow	一个管道模型工具，在集群环境自动化和标准化生物分析。
Unipro UGENE	http://ugene.net/	https://dx.doi.org/10.7717/peerj.644
CloudSlang	http://www.cloudslang.io/	管理协调Docker和CoreOS应用，快速化自动DevOps
Stacks	http://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/	用于构建Ioci的软件管道模型
Leaf	http://www.francesconapolitano.it/leaf/index.html	用于数据流Bioinformatic Protocol的设计和管理的Python工具
omictools	http://omictools.com/	提供11573 种分析工具
Job 描述语言	https://edms.cern.ch/ui/file/590869/1/WMS-JDL.pdf
YAWL	http://www.yawlfoundation.org/	一个BPM/工作流系统，基于简明和强大的模型语言，处理复杂数据转换，完全集成各种Web服务。
Triquetrum	https://github.com/eclipse/triquetrum/	科学工作流的管理和执行。
Kronos	https://github.com/jtaghiyar/kronos	癌症和肿瘤信息分析
qsubsec	https://github.com/alastair-droop/qsubsec	基于SGE grid system的模板语言，产生用于提交任务的脚本语言。
YesWorkflow	http://yesworkflow.org	将工作流模型带到脚本语言中
GWF - Grid WorkFlow	https://github.com/mailund/gwf	小的类似make的通过qsub提交工作流的工具。
Fireworks	https://pythonhosted.org/FireWorks/	是一个定义 管理和执行工作流的框架，能使用 Python, JSON, 或 YAML定义复杂工作流，存储在MongoDB中，能够通过Web界面监视，工作流执行能自动跨无数个计算资源执行。
NGLess	https://github.com/luispedro/ngless	是下一代测序NGS 的领域特定语言。

2我们选用了drake

Drake--易于使用可扩展 基于文本的数据工作流工具，组织围绕数据的命令行执行，类似GNU的 Make 

【项目地址】https://github.com/Factual/drake 
【项目简介】清理脏数据，输入输出更可控一些。 
【入门例子】https://github.com/Factual/drake/wiki/Tutorial

简单例子：

ruichao-factual编辑这个页面on 25 Nov 2013 ·

本教程是一项正在进行中的工作。 如果有一个特定的话题你想覆盖,请通过 Google Group for Drake.让我们知道。

概述

你工程所写的Drake workflow文件将指定运行哪些步骤。 一般来说,每一个step都依赖于一个或多个输入源,并将创建一个或多个输出组件。

Drake workflow文件通过step来组织。 除了指定输入和输出,一个step通常会包含明确的命令,可能还有额外的选项。

这里有一个案例是一个简单的step:

; we only like lines with lowercase "i" in them
out.csv <- in.csv [shell]
  grep i $INPUT > $OUTPUT

上面的步骤使用drake的“shell”协议,这意味着命令为shell命令。 (也可以有其他的协议,必须显式地指定。 但在本教程中,我们将主要关注如何使用shell协议。)

让我们逐步的分解上述步骤的特定参数:

• out.csv:生产输出文件
• in.csv: 要使用的输入文件
• [shell]: 括号括起来的可选项. 对于step的协议来说是一个非常重要的选项. 在这里,我们选择了“shell”协议,它允许我们在这个步骤运行shell命令。
• the indented line:缩进线以下的第一行是一个step的命令。 在这种情况下,有一个命令,该命令执行行过滤。注意,命令shell命令,表明每次执行都将使用shell协议。
• $INPUT: 一个Drake shell step将在运行shell命令的step之前，自动加载shell环境变量和有用的信息. 例如,它加载的文件路径输入环境变量指定的输入的第一步。 因此,步骤的shell命令访问变量,比如 $INPUT.
• $OUTPUT: 类似于 $INPUT,一个 Drake shell step 将在运行shell之前，自动加载输出的文件路径环境变量到指定的输出.

基本的依赖关系管理

一个Drake workflow可能会有很多的step,他们可能会以各种方式相互依赖。 当我们考虑了这个额外的情况事，上面的例子将被增加：

; produce an extraordinarily fancy report
count.txt <- out.csv
  wc $INPUT > $OUTPUT 

这一步取决于out.csv(也就是说,它使用out.csv作为它的输入文件),并产生count.txt。 因为依赖out.csv,Drake将默认情况下确定out.csv是最新的。 这意味着如果有必要的话，Drake将运行所需的step(s)创建out.csv)。 (这种行为是基本依赖关系管理的宗旨,这很像我们知道的也喜欢使用的工具--Make。)

Drake的命令行接口允许我们首先执行哪个特定的step,也有其他各种命令选项。 但是，默认情况下,Drake将尝试在您的workflow运行的所有steps。

有关Drake命令行选项的更多细节,包括选项,请参阅完整的用户手册。

但是我们要提前。 让我们通过以下例子来学习……

你的第一个工作流

Drake是建立工作流运行数据。 默认情况下,它在寻找工作流程文件在路径./Drakefile。 这就是为什么如果你运行它在没有./Drakefile文件的地方时，Drake有时会报错找不到工作流程文件。

让我们开始一个新的工作流程,在一个新目录:

$ mkdir /myworkflow
$ cd /myworkflow

现在创建一个简单的工作流。 创建一个文件命名workflow.d和把这个(前面示例拷贝即可):

; we only like lines with lowercase "i" in them
out.csv <- in.csv
  grep i $INPUT > $OUTPUT

这是一个非常简单的Drake workflow,只有一个步骤。 这个step运行一个shell命令,使用in.csv输入文件和输出写入output.csv。

我们还没有一个输入文件,所以让我们创建它。 创建一个文件命名in.csv和然后发那个放入一些测试数据,如下所示:

Artem,Boytsov,artem
Aaron,Crow,aaron
Alvin,Chyan,alvin
Maverick,Lou,maverick
Vinnie,Pepi,vinnie
Will,Lao,will

酷,现在我们有一个Drake workflow和一个简单的输入文件运行工作流。 让我们运行它!

$ drake -w workflow.d

让我们检查输出:

$ more out.csv
Alvin,Chyan,alvin
Maverick,Lou,maverick
Vinnie,Pepi,vinnie
Will,Lao,will

3你以为这就完了？No，下面是干货

workflow_douyu_data.d

; load the plugin defination
%include $[PROFILE]
; script
plugin_version="1.0"
plugin_home=/var/weiboyi/azkaban/UnifiedDataProcessing/douyuCrawlParser
plugin_user_info_generator=$[plugin_home]/app/$[plugin_version]/bin/douyu_account_info_generator.sh
plugin_media_info_generator=$[plugin_home]/app/$[plugin_version]/bin/douyu_media_info_generator.sh
plugin_user_info_config_generator=$[plugin_home]/app/$[plugin_version]/config/douyu_account_generator_pig.params
plugin_media_info_config_generator=$[plugin_home]/app/$[plugin_version]/config/douyu_media_generator_pig.params

; hdfs crawled data path
hdfs_douyu_crawled_info_path=/tech/azkaban/data_processing/crawler2/douyu
; [account_input_data] hdfs crawled account data path
hdfs_account_info_path=$[hdfs_douyu_crawled_info_path]/account_info
hdfs_account_info_data_tag=$[hdfs_account_info_path]/data/douyu_account_info
; [media_input_data] hdfs crawled media data path
hdfs_media_info_path=$[hdfs_douyu_crawled_info_path]/media
hdfs_media_info_data_tag=$[hdfs_media_info_path]/data/douyu_media
account_info_latest_path=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_account_info_data_tag] --item_count=1 --data_hdfs_path_list)
account_info_latest_date=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_account_info_data_tag] --item_count=1 --valid_time)
account_info_schema_path=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_account_info_data_tag] --item_count=1 --schema_hdfs_path)
media_info_latest_path=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_media_info_data_tag] --item_count=1 --data_hdfs_path_list)
media_info_latest_date=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_media_info_data_tag] --item_count=1 --valid_time)
media_info_schema_path=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_media_info_data_tag] --item_count=1 --schema_hdfs_path)

; schema version
account_info_schema_version=1.0
media_info_schema_version=1.0

; hdfs output data path
hdfs_feature_data_path=/tech/azkaban/data_processing/feature_generator/douyu/data
hdfs_account_info_snapshot_path=$[hdfs_feature_data_path]/account_info_snapshot
hdfs_account_info_snapshot_schema_path=$[hdfs_account_info_snapshot_path]/schema
hdfs_account_info_snapshot_data_tag=$[hdfs_account_info_snapshot_path]/data/douyu_account_info_snapshot
hdfs_media_snapshot_path=$[hdfs_feature_data_path]/media_info_snapshot
hdfs_media_snapshot_schema_path=$[hdfs_media_snapshot_path]/schema
hdfs_media_snapshot_data_tag=$[hdfs_media_snapshot_path]/data/douyu_media_info_snapshot
account_info_snapshot_latest_path=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_account_info_snapshot_data_tag] --item_count=1 --data_hdfs_path_list)
account_info_snapshot_latest_date=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_account_info_snapshot_data_tag] --item_count=1 --valid_time)
account_info_snapshot_schema_path=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_account_info_snapshot_data_tag] --item_count=1 --schema_hdfs_path)
media_snapshot_latest_path=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_media_snapshot_data_tag] --item_count=1 --data_hdfs_path_list)
media_snapshot_latest_date=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_media_snapshot_data_tag] --item_count=1 --valid_time)
media_snapshot_schema_path=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_media_snapshot_data_tag] --item_count=1 --schema_hdfs_path)

; douyu account info snapshot
hdfs:$[hdfs_account_info_snapshot_data_tag]_v$[account_info_schema_version]_$[account_info_latest_date], hdfs:$[hdfs_account_info_snapshot_schema_path]/schema_douyu_account_info_snapshot_v$[account_info_schema_version] <- hdfs:$[account_info_latest_path], hdfs:$[account_info_schema_path]
    hdfs_crawl_account_data=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_account_info_data_tag] --start_time=$[account_info_snapshot_latest_date] --end_time=$[account_info_latest_date] --data_hdfs_path_list)
    cmd="/bin/bash $[plugin_user_info_generator] --account_info_data_path ${hdfs_crawl_account_data} --account_info_schema_path $INPUT1 --last_account_info_snapshot_data_path $[account_info_snapshot_latest_path] --last_account_info_snapshot_schema_path $[account_info_snapshot_schema_path] --cur_account_info_snapshot_data_path $OUTPUT0 --account_info_snapshot_schema_path $OUTPUT1  --account_info_config_path $[plugin_user_info_config_generator]"
    echo "$cmd"
    eval "$cmd" 
    if [ $? -eq 0 ]; then
        hadoop fs -touchz $[hdfs_account_info_snapshot_path]/data/available_$[account_info_latest_date]
    else
        echo "$cmd is failed,please check!" >> ${send_emails_file}
    fi
; douyu media info snapshot
hdfs:$[hdfs_media_snapshot_data_tag]_v$[media_info_schema_version]_$[media_info_latest_date], hdfs:$[hdfs_media_snapshot_schema_path]/schema_douyu_media_info_snapshot_v$[media_info_schema_version] <- hdfs:$[media_info_latest_path], hdfs:$[media_info_schema_path]
    hdfs_crawl_media_data=$($[plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file] --interaction_mode=print --data_hdfs_path=$[hdfs_media_info_data_tag] --start_time=$[media_snapshot_latest_date] --end_time=$[media_info_latest_date] --data_hdfs_path_list)
    cmd="/bin/bash $[plugin_media_info_generator] --media_info_data_path ${hdfs_crawl_media_data} --media_info_schema_path $INPUT1 --last_media_info_snapshot_data_path $[media_snapshot_latest_path] --last_media_info_snapshot_schema_path $[media_snapshot_schema_path] --cur_media_info_snapshot_data_path $OUTPUT0 --media_info_snapshot_schema_path $OUTPUT1 --media_info_pig_config_path $[plugin_media_info_config_generator]"
    echo "$cmd"
    eval "$cmd"
    if [ $? -eq 0 ]; then
        hadoop fs -touchz $[hdfs_media_snapshot_path]/data/available_$[media_info_latest_date]
    else
        echo "$cmd is failed,please check!" >> ${send_emails_file}
    fi

workflow.sh

#!/usr/bin/env bash
source '/var/weiboyi/azkaban/big_data/Common/workflow_environment_config.sh'
source '/var/weiboyi/azkaban/big_data/Common/workflow_plugin_definition.sh'
export PROFILE='/var/weiboyi/azkaban/big_data/Common/workflow_drake_profile'
export workflow_home=/var/weiboyi/azkaban/UnifiedDataProcessing/WorkFlow/Douyu/CrawledDataParser/trunk
data_folder='/data0/weiboyi/azkaban/UnifiedDataProcessing/WorkFlow/Douyu/CrawledDataParser/data'

workflow_name='douyuDataGenerator'
workflow_owner='[email protected]'

today=`date +"%Y%m%d"`
drake_base_folder=${data_folder}/${today}
mkdir ${drake_base_folder}

statistic_result=${drake_base_folder}/statistic_result
if [ -f ${statistic_result} ]; then
    rm ${statistic_result}
fi

send_emails_file=${drake_base_folder}/send_emails_result
if [ -f ${send_emails_result} ]; then
    rm ${send_emails_file}
fi

# clear the expired data in data folder
find ${data_folder} -type d -mtime +30 -exec rm -rf {} \;

echo '#############################################################'

valid_date=$1

douyu_account_info_path=/tech/azkaban/data_processing/crawler2/douyu/account_info
douyu_account_info_tag=${douyu_account_info_path}/data/douyu_account_info
douyu_account_latest_date=$(${plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file} --interaction_mode=print --data_hdfs_path=${douyu_account_info_tag} --item_count=1 --valid_time)
echo "douyu_account_latest_date: ${douyu_account_latest_date}"

douyu_media_info_path=/tech/azkaban/data_processing/crawler2/douyu/media
douyu_media_info_tag=${douyu_media_info_path}/data/douyu_media

douyu_media_latest_date=$(${plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file} --interaction_mode=print --data_hdfs_path=${douyu_media_info_tag} --item_count=1 --valid_time)
echo "douyu_media_latest_date: ${douyu_media_latest_date}"

flag="false"
unset douyu_account_feature_valid_date
if [ ! ${valid_date} ];then
    douyu_account_feature_valid_date=${douyu_media_latest_date}
    flag="true"
elif [ "${valid_date}" -gt "${douyu_account_latest_date}" ] && [ "${valid_date}" -gt "${douyu_media_latest_date}" ]; then
    echo "valid_date ${valid_date} is greater than douyu_account_latest_date ${douyu_account_latest_date}, exit" >> ${send_emails_file}   
else
    douyu_account_feature_valid_date=${valid_date}
    flag="true"
fi
echo "douyu_account_feature_valid_date: ${douyu_account_feature_valid_date}"

echo "##########################################################"

# call the drake workflow

if [ ${flag} == "true" ]; then
    cmd="${drake_cmd_env} --auto --workflow=${workflow_home}/workflow_douyu_data.d --base=${drake_base_folder} --logfile=${drake_base_folder}/drake_${today}.log --tmpdir=${drake_base_folder}/drake_tmp -v statistic_result=${statistic_result},send_emails_file=${send_emails_file}"
    echo "$cmd" 
    eval "$cmd"
fi

echo '############################### upload hbase start ##############################'
#upload DB
plugin_version="2.0"
plugin_home=/var/weiboyi/azkaban/UnifiedDataProcessing/AccountFeatureUpload
plugin_upload_hbase_generator=${plugin_home}/app/${plugin_version}/bin/account_feature_upload_hbase_java_generator.sh

plugin_upload_douyu_data_path=/tech/azkaban/data_processing/feature_generator/douyu/data/media_info_snapshot
hdfs_upload_douyu_schema_path=${plugin_upload_douyu_data_path}/schema
hdfs_upload_douyu_data_tag=${plugin_upload_douyu_data_path}/data/douyu_media_info_snapshot

plugin_upload_douyu_given_data_path=$(${plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file} --interaction_mode=print --data_hdfs_path=${hdfs_upload_douyu_data_tag} --start_time=${valid_date} --end_time=${valid_date} --data_hdfs_path_list)
echo "plugin_upload_douyu_given_data_path: ${plugin_upload_douyu_given_data_path}"
hdfs_upload_douyu_schema_path=$(${plugin_utils_hdfs_interaction_with_local_file} --interaction_mode=print --data_hdfs_path=${hdfs_upload_douyu_data_tag} --item_count=1 --schema_hdfs_path)
echo "hdfs_upload_douyu_schema_path: ${hdfs_upload_douyu_schema_path}"

data_folder='${plugin_home}/data'
workflow_home='/var/weiboyi/azkaban/UnifiedDataProcessing/WorkFlow/Douyu/CrawledDataParser'
config_folder='${workflow_home}/config'

if [ ${plugin_upload_douyu_given_data_path} ];then
    cmd="/bin/bash ${plugin_upload_hbase_generator} --input_data_path ${plugin_upload_douyu_given_data_path} --input_schema_path ${hdfs_upload_douyu_schema_path} --config_file ${config_folder}/account_douyu_upload_hbase.yaml --tableName pinggu_dw:media_douyu --isCreateHbaseTable false"
    echo "$cmd"
    eval "$cmd"
    if [ $? -ne 0 ];then
        echo "${valid_date}_${today}:exe douyu media snapshot upload hbase error,please check!">>${send_emails_file}
    fi

fi
echo '############################### upload hbase end ##############################'

echo "##########################################################"
if [ -f ${send_emails_file} ];then
  cmd="mail -s 斗鱼爬虫数据处理：${valid_date}_${today} ${workflow_owner} < ${send_emails_file}"
  echo "$cmd"
  eval "$cmd"
fi
echo "##########################################################"