在Ubuntu18.04上安装Openslide和ASAP

在Ubuntu18.04上安装Openslide和ASAP

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前言

在标注和处理全视野病理切片(WSI)时，Openslide和ASAP几乎都是必不可少得工具，最近在服务器上安装了Openslide和WSI，中间遇到了一些小问题，但是都成功解决了，希望这篇博客可以帮助到大家。

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一、Openslide和ASAP是什么？

Openslide是一个处理全视野的病理切片(WSI)的Python库，可以读取tif或svs格式的大切片图像，检测ROI，根据ROI将WSI切割成多个Patch。
ASAP是一款专门为标注WSI而开发的软件，同样可以作为一个python的库在python中导入。
在工程中WSI Patch生成的步骤一般为：
Step1:在windows客户端上进行标注，将标注结果导出到XML文件中。
Step2:利用ASAP提供的Python库函数根据XML文件里的坐标生成癌症区域的ROI mask.
Step3:用Openslide的函数根据mask切割癌症区域的patch
Step4:用Openslide的函数在原图上生成非背景区域的ROI mask
Step5:将上面两个mask做逻辑运算得到非癌变区域(正常区域)的mask
Step6:根据step5的mask切割得到正常区域的patch

二、操作步骤

1.环境

Ubuntu18.04，python3.6.3

2.安装Openslide

用pip install安装Openslde

pip install openslide-python

我的搭档install之后直接可以在python里import了，但是我会报下面的错误

最后参考博客https://blog.csdn.net/songyu0120/article/details/85087529，用下面一条命令安装缺失的库文件，问题得到解决

apt install python-openslide

3.ASAP安装

首先到ASAP官方下载地址上下载Ubuntu18.04对应的deb文件

需要注意的是，目前ASAP只支持python3.6以下的版本，而且已经有两年没更新过了。如果您是使用python 3.7或者3.8，可能只能把python降级再进行安装

用下面的一行命令运行deb文件进行安装有可能可以直接安装成功

sudo dpkg -i ASAP-1.9-linux-Ubuntu1804.deb

不幸的是，我报了下面的错误

尝试apt install 上面那些未安装的软件包，同样会报错类似的错误。之后看博客https://blog.csdn.net/gray___/article/details/103159678，觉得挺靠谱的。没想到输入第一条命令sudo apt-get install python3-tk时再次报错

抱着试一试的心态，尝试了最后一行的解决方案

apt --fix-broken install

再次运行sudo apt-get install python3-tk，竟然没有报错了。接下来就可以用deb文件安装ASAP了

dpkg -i ASAP-1.9-Linux-Ubuntu1804.deb

接下来步骤可以直接参考博客https://blog.csdn.net/gray___/article/details/103159678

在python中尝试导入 multiresolutionimageinterface(ASAP提供的Python库)，成功。

总结

本文介绍了再Ubuntu18.04上安装Openslide和ASAP的过程，如果您需要处理全视野病理切片(WSI)，那么本文可能会对您有所帮助。

参考资料

https://blog.csdn.net/songyu0120/article/details/85087529
https://blog.csdn.net/gray___/article/details/103159678