macs2的输出文件解读

macs2的输出文件解读

NAME_peaks.xls
包含peak信息的tab分割的文件，前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含：

染色体号
peak起始位点
peak结束位点
peak区域长度
peak的峰值位点（summit position）
peak 峰值的高度（pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit）
peak的富集倍数（相对于random Poisson distribution with local lambda

NAME_peaks.narrowPeak
*narrowPeak文件是BED6+4格式，可以上传到UCSC浏览。输出文件每列信息分别包含：

1；染色体号
2：peak起始位点
3：结束位点
4：peak name
5：int(-10*log10qvalue)
6 ：正负链
7：fold change
8：-log10pvalue
9：-log10qvalue
10：relative summit position to peak start（？）

NAME_summits.bed
BED格式的文件，包含peak的summits位置，第5列是-log10pvalue。如果想找motif，推荐使用此文件。
Remove the beginning track line if you want to analyze it by other tools.???

.bdg
bedGraph格式，可以导入UCSC或者转换为bigwig格式。两种bfg文件：treat_pileup, and control_lambda.
NAME_peaks.broadPeak
BED6+3格式与narrowPeak类似，只是没有第10列。
summits.bed，narrowPeak，bdg, xls四种类型输出文件的比较：
xls文件
文件包含信息还是比较多的，和narrowPeak唯一不同的是peak的起始位置需要减1才是bed格式的文件，另外还包含fold_enrichment 和narrowPeak的fold change 对应，-log10pvalue,-log10qvalue,peak长度，peak 峰值位置等。
narrowPeak文件
和xls文件信息类似
summits.bed文件
包含峰的位置信息和-log10pvalue
bdg文件
bdg文件适合导入UCSC或IGV进行谱图可视化，或者转换为bigwig格式再进行可视化。
为什么染色体号后面会出现其他的字符串？？？？