airway数据集探索

airway数据集的下载

# 修改镜像并下载BiocManager
options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")
getOption("BioC_mirror")
getOption("repos")

if (!require("airway",character.only=T) ) {
  BiocManager::install(hgu95av2.db,ask = F,update = F)
} 

airway数据集简介

airway数据集是人平滑肌细胞的RNA-seq测序的原始counts数据。

01.png

airway数据集探索

library(airway)
data(airway) # 将数据集加载出来
class(airway) #查看数据集类型 (发现看不懂输出结果)
dim(airway) # 查看数据集的行列 (输出内容依然不明白)

02.png

airway@colData #查看数据集第一列内容

03.png

colData 这一列是一个8行9列的数据框，行名为SRR编号,列名有不同的信息，并且还在<>注释了每一列的类型。

airway$SampleName;airway[[1]]
airway$cell;airway[[2]]

上面每行的两种取子集的结果是一样的，并且所取的结果就是airway@colData 数据框中的第一列和第二列。

04.png

更多内容可以参考：https://www.cnblogs.com/djx571/p/9673016.html