黄小伟Yeah
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精选| 2020年7月R新包推荐(第44期）

翻译：黄小伟，资深大数据分析从业者。目前就职杭州有赞数据分析团队!
知乎专栏：中国R语言社区 ｜10000+关注（Top 1）

2020年7月份，161个R新包收录于CRAN(2020年6月份收录290个)，累计收录17,057个R包！由于CRAN会不定时进行R包增删，所以具体数量会随时间略有变化。此次整理了七个类别，分别为计算方法、数据、基因组学、机器学习、科学、统计学、效率工具。以下是本期（总第44期）R新包的核心功能介绍：

一. 计算方法

  1. libgeos: 提供API接口访问开源几何引擎GEOS，它可以用来编写高性能的C和C++几何运算.
  2. gms: 提供一系列工具，支持创建和维护以GAMSmodeling语言编写的模块化模型.
  3. LoopDetectR: 提供检测常微分方程（ODE）模型中物种（节点）之间反馈回路（循环、电路）的函数.
  4. mrgsim.parallel: 为mrgsolve ODE解算器提供并行后端.
  5. paropt: 使用SUNDIALS套件的单线性微分/代数方程求解器来优化常微分方程参数.

二. 数据

1. chirps: 使用站CHIRPS数据：35年以上的卫星图像、以及用于创建栅格化降雨时间序列以用于趋势分析和季节性干旱监测的现场灾害数据，为气候危害小组的红外降水实现API端口.

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2. covid19mobility: 提供COVID-19变化数据，这些数据来自不同来源，包括谷歌、苹果和其他公司.

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  1. covidregionaldata: 提供每日COVID-19时间序列数据的访问，包括几个主要国家和地区的病例、死亡、住院和测试.

  2. fec16: 提供对联邦选举委员会报告的美国2016年联邦选举周期的相关数据的访问，包括候选人、委员会和各种不同财政支出的信息.

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  1. oxcovid19: 提供到OxCOVID19数据库的API接口.6. palmerpenguins: 提供在南极洲帕尔默站附近的帕尔默群岛的岛屿上观察到的成年觅食阿黛丽、钦斯特拉和巴布亚企鹅的尺寸测量、观察数据.
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三. 基因组学

1. bioseq: 提供一个工具箱，用于操作DNA、RNA和氨基酸序列，进行检测、选择、替换、转录和翻译等操作.

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2. singleCellHaystack:实现Vandenbon&Diez（2019）中描述的singleCellHaystack算法，用于在单细胞转录组数据中发现差异表达的基因.

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四. 机器学习

1. image.binarization: 通过对图像进行二值化（将彩色或灰度图像转换为黑白图像）来实现改进光学字符识别的算法.

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2. image.ContourDetector: 实现了von Gioi＆Randall（2016）中描述的无监督平滑轮廓检测算法.

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  1. image.CornerDetectionF9: 实现Rosten等人解释的FAST-9拐角检测算法.4. image.CornerDetectionHarris: 实现Sánchez等人（2018）中描述的Harris角点检测算法.
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  1. image.LineSegmentDetector:实现von Gioi等人（2012）中描述的线段检测器算法.
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6. freqtables: 提供功能以创建用于分类变量的描述性统计表（即计数、百分比、置信区间等）.

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7. nbTransmission: 提供功能来估计传染病暴发之间病例之间的相对传播概率.

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  1. precautionary: 通过添加诊断程序以根据药代动力学和药效学的预期个体差异来提供功能来增强1期剂量递增试验的设计和仿真的功能.
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  1. pspline.inference: 提供了使用带惩罚基样条（P-样条）的广义加性（混合）模型推断传染病结果的工具.
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  2. SITH: 实现了一个癌症生长和突变的三维随机模型，类似于Waclaw等人描述的模型，并允许交互式三维可视化模拟肿瘤.

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五. 科学

1. apsimx: 提高农业系统建模和仿真的APSIM框架的接口 .
2. cmstatr: 实现航空航天应用中高级复合材料常用的统计方法，重点是计算材料强度特性的基础值（下公差界限），以及执行相关的诊断测试.

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  1. hadron: 提供了一个工具包，用于对从莱迪思蒙特卡洛模拟生成的相关函数进行统计分析，包括从格形量子色动力学模拟中提取强子量的功能，以确定强子态的能量本征值.
  2. sarp.snowprofile: 提供分析和绘图工具，用于从手动积雪观测和实际积雪模型产生的积雪剖面数据分析.

六. 统计学

1. fddm: 实现了具有空间可变漂移率的Ratcliff＆McKoon（2008）的扩散决策模型。它包括Navarro＆Fuss和Gondan等人的近似C ++实现.2. GGMncv: 提供函数来估计具有非凸惩罚的高斯图形模型.

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  1. LTRCforests: 实现条件推理森林和随机生存森林算法，以使用时不变协变量对左截断的右删失数据建模，并使用时变协变量对（左删减的）右删失生存数据建模.
  2. MoMPCA:实现一种方法，用固定数量的变量（如文档/术语矩阵）对任何计数数据矩阵进行聚类.
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  1. nortsTest:实施了Lobato和Velasco、Epps、Psaradakis和Vavra四个测试，以及评估平稳过程正态性的随机投影测试.
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  1. sptotal: 提供使用Ver Hoef（2008）中的方法预测空间数据上的总数和加权总和或有限总体块克里金法的功能.
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  1. ztpln: 提供用于获取零截断泊松对数正态分布及其混合分布的密度，随机变量和最大似然估计的函数.
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七. 效用工具

  1. cpp11: 将C ++ 11接口连接到R的C接口，并努力避免C API和C ++异常的跳转，并遵循常规R函数的语义并支持与ALTREP向量的交互.

  2. listdown: 提供从列表以编程方式创建R Markdown文档的函数.

  3. oysteR: 提供函数来发现R包中使用的第三方包，并使用sonatype OSS索引扫描它们是否存在漏洞.

  4. rbibutils: 提供在多种书目格式（包括BibTeX、BibLaTeX和Bibentry）之间转换的函数，并包含Chris Putnam编写的bibutils实用程序的端口.

  5. stickr: 允许用户下载并使用hex标签库中提供的R hex标签.

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  1. supreme: 提供工具以帮助开发人员可视化和理解Shiny应用程序的结构.
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说明：限于个人水平，错误之处难免，烦请批评指正，共同交流~

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