转录组笔记（5）序列比对

HISAT2：比对到基因组

TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度是TopHat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。
官网：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml（学习一个软件最好的方法就是结合现有中文资料，加上阅读官方说明书和HELP文档，一般刚开始学习的时候先使用默认参数，不要乱调参数）

直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再截图几个基因看看！ 顺便对bam文件进行简单QC

1. 下载index文件（小鼠）
   axel ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/mm10.tar.gz
   tar -xvzf mm10.tar.gz

   下载注释文件
   axel ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_mouse/release_M10/gencode.vM10.annotation.gtf.gz

2. 序列比对
   a. 配置 1核8G内存
   hisat2 -t -x ref/mm10/genome -1 rawdata/SRR3589960.sra_1.fastq.gz -2 rawdata/SRR3589960.sra_2.fastq.gz -S align/SRR3589960.sam

   
   
   111111111111.jpg
   
   

   运行时间38分钟，源文件1.6G

更改配置4核32G
for ((i=60;i<=62;i=i++));do hisat2 -t -x ref/mm10/genome -1 rawdata/SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz -2 rawdata/SRR35899${i}.sra_2.fastq.gz -S align/SRR35899${i}.sam;done

注释： -t 记录时间 -x hg19(index)文件路径 -1 -2 测序的两个fastq文件 -S 比对结果输出路径 -U 单端测序文件
reference=~/wikiwei/human/ref/index/hg19/genome
hisat2 -t -x $reference -U SRR957679.fastq -S siSUZ12_1.sam 2>siSUZ12_1.log

参考文章

1. 转录组入门（mac版本）
2. https://www.cnblogs.com/freescience/p/7342895.html