使用Docker安装配置Jupyter并配置R语言与Python环境

Docker

docker的安装

docker的安装

将当前用户添加到docker用户组

为了避免每次使用docker命令都需要加上sudo权限，可以将当前用户加入安装中自动创建的docker用户组(可以参考官方文档)：

sudo usermod -aG docker $USER

拉取一个镜像

docker pull ubuntu:20.04

创建配置目录

# xx为你的用户名
mkdir -p /home/xx/data/jupyter/
mkdir -p /home/xx/data/jupyter/.jupyter
chmod 777 -R /home/xx/data/jupyter/

启动docker服务

docker run --name jupyter -itd \
-p 8888:8888 \
-v /home/xx/data/jupyter:/home/jupyter \
ubuntu:20.04

• 命名容器为jupyter，后台运行
• 映射宿主机8888端口到容器的8888端口
• 挂载宿主机目录/home/xx/data/jupyter到容器目录/home/jupyter

登录jupyter容器

docker attach jupyter

安装vim

apt-get install vim

更换源

cd /etc/apt/
vim sources.list

清华镜像

apt-get update

JupyterNotebook.

以下均在root下运行的命令如果在普通用户需要加上sudo权限

设置python

1. 更新本地apt包索引

apt-get update

2. 安装 pip 和 Python 头文件

apt-get install python3-pip python3-dev

3. 升级pip

pip3 install --upgrade pip -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

4. 安装常用命令

apt-get install curl
apt-get install unzip

安装Jupyter

pip install jupyter -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

设置密码

ipython

在ipython中输入以下命令

from notebook.auth import passwd
passwd()

生成密钥

In [1]: from notebook.auth import passwd

In [2]: passwd()
Enter password: 
Verify password: 
Out[2]: 'argon2:XXXXXX' # 复制上引号内的内容

In [3]: exit()

生成jupyter的config文件

jupyter notebook --generate-config

修改配置文件

vim ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

在末尾加入如下内容

c.NotebookApp.ip='*'
c.NotebookApp.password = u'argon2:$XXXXX' # 刚刚复制的内容
c.NotebookApp.open_browser = False
c.NotebookApp.port =8888

启动jupyter notebook

nohup jupyter notebook --allow-root &

安装插件

  Jupyter Notebook 扩展插件（nbextensions）是一些 JavaScript 模块，我们可以使用插件强化 Notebook 的功能。扩展插件本质上修改了 Jupyter UI，以实现更强大的功能。

界面添加 Nbextensions

pip install jupyter_nbextensions_configurator -i https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/pypi/web/simple/
jupyter nbextensions_configurator enable --user
jupyter nbextension list
退出jupyter容器Ctrl+p,Ctrl+q
docker restart jupyter
docker attach jupyter
nohup jupyter notebook --allow-root &

安装常用扩展集合

pip install jupyter_contrib_nbextensions -i https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/pypi/web/simple/
jupyter contrib nbextension install --user
jupyter nbextension list

R

R 安装

apt-get install r-base

在jupyter notebook中配置R的kernel

安装必要的lib

apt-get install libzmq3-dev libssl-dev openssl  libssl-dev

进入R环境​

R

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'uuid', 'digest')) 

注： 会提示选择mirrors， 建议选择 0-cloud

install.packages( 'IRkernel')

IRkernel::installspec() 

如果显示​如下结果，说明配置成功。

[InstallKernelSpec] Installed kernelspec ir in /home/xxx/.local/share/jupyter/kernels/ir​

注意：在jupyter上加载R包时一定要设定镜像，不然一般会失败：

# 通过如下命令设定镜像,比如我选择镜像ustc
options(repos = 'http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/')
# 检查镜像是否更改
getOption('repos')

配置Nginx

jupyter 使用了 websocket 协议，所以需要配置支持 websocket。
如果不配置的话，通过域名访问时会报错无法连接内核，也就无法运行python脚本。

server {
    listen 80;
    server_name 你的域名;
    charset utf-8;
    location /{
        proxy_set_header   Host             $host;
        proxy_set_header   X-Real-IP        $remote_addr;
        proxy_set_header  X-Forwarded-For  $proxy_add_x_forwarded_for;

        proxy_pass http://你的ip:8888;

        # WebSocket support
        proxy_http_version 1.1;
        proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
        proxy_set_header Connection "upgrade";
    }
}

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