记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug,以及“GenomicFeatures”包

20230727更新
再次安装遇见新问题
直接在R上安装Matrix与MatrixModels这两个包失败
将R包下载到电脑上安装成功
记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug,以及“GenomicFeatures”包_第1张图片记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug,以及“GenomicFeatures”包_第2张图片

平常遇到问题,经常会在CADN中找到解决方法,今天也把自己解决问题的方法的记录一下。

安装代码如下:
if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(“ChIPpeakAnno”)
BiocManager::install(“ChIPseeker”)

遇到的问题:
#installation path not writable R, unable to update packages
比如survival,多次尝试更新安装后,仍会报错,后来经过查询,是权限不够,windows的话可右键,以管理员身份运行

org.Hs.eg.db这个包也安装了很久,尝试过各种方法,包括直接下载安装包,但均出错,依赖包AnnotationDbi等老是不能载入,最后是使用了卸载原来的R(3.6.3),重新安装了最新版本的R(4-4.0.3).
记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug,以及“GenomicFeatures”包_第3张图片
出现以下错误,也是权限的问题。
记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug,以及“GenomicFeatures”包_第4张图片

20220623更新
今天安装的时候报
Warning message:
package ‘GenomicFeatrues’ is not available for Bioconductor version ‘3.15’

在安装命令加了“force = TRUE”后顺利安装上

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GenomicFeatures",force = TRUE)

2023.3.15更新,今天安装"Homo.sapiens"包时提示缺少
"GenomicFeatures"包,重新安装又遇到一些问题
记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug,以及“GenomicFeatures”包_第5张图片这个在询问的时候选“no“就可以了
记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug,以及“GenomicFeatures”包_第6张图片
记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug,以及“GenomicFeatures”包_第7张图片
还有一个升级R包"dplyr"就可以了

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