蛋白序列亚细胞定位工具评测

1. CELLO v.2.5: subCELlular LOcalization predictor 蛋白亚细胞定位
   访问网址：http://cello.life.nctu.edu.tw/
   评论：是可用工具中表现最好用的，可批量提交蛋白序列。其结果与PSORT工具高度吻合。

CELLO是一个支持向量机分类系统。CELLO采用4种序列编码方案:氨基酸组成（the amino acid composition）、二肽组成（the di-peptide composition）、划分的氨基酸组成（the partitioned amino acid composition）和基于氨基酸理化性质的序列组成（the sequence composition based on the physico-chemical properties of amino acids）。我们综合运用这些分类方案，取得最优结果。

文章是2006年发表的：Yu CS, Chen YC, Lu CH, Hwang JK: Prediction of protein subcellular localization. Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 2006, 64:643-651.

有新文章准备中，待发表。

2. PSORT 访问网址：http://psort1.hgc.jp/form.html 可用于植物蛋白序列的亚细胞定位
   评测：其结果与**CELLO v.2.5吻合度很高。缺点明显：只能提交一条。

3. PSORTb 访问网址：https://www.psort.org/psortb/
   适用范围：主要用于真菌和原核生物的蛋白亚细胞定位预测。最新版本v3.0.2.

4. TargetP2.0 访问网址：https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TargetP-2.0
   蛋白亚细胞定位，可以区分 mitochondrial, chloroplastic, secretory pathway, or other。
   评论：介绍看着不错，但无法使用。2022-02-18几天，用网页自带的例子无法正常运行。

TargetP-2.0 server通过判断蛋白序列中是否存在对应的肽段，来判断蛋白的亚细胞定位，这些肽段包括:信号肽(signal peptide, SP)、线粒体转运肽(mitochondrial transit peptide, mTP)、叶绿体转运肽(chloroplast transit peptide, cTP)或类囊体腔内转运肽(thylakoid luminal transit peptide, lTP)。对于预测含有肽段的区域，还可预测潜在的酶切位点。

5. PSORT. https://www.psort.org/
   提供了亚细胞定位预测工具集合的链接。
   PSORT.org provides links to the PSORT family of programs for subcellular localization prediction as well as other datasets and resources relevant to localization prediction. The page is currently hosted by the Brinkman Laboratory at Simon Fraser University, and our goal is to provide an open-source resource centre for researchers interested in subcellular localization prediction.

6. SignalP5.0 访问网址：https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0

The SignalP工具可以预测Archaea, Gram-positive Bacteria, Gram-negative Bacteria and Eukarya中的蛋白是否存在信号肽，以及蛋白中的酶切位点（cleavage sites）的位置。 SignalP 5.0 可以区分三种类型的信号肽：

• Sec/SPI: "standard" secretory signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase I (Lep)
• Sec/SPII: lipoprotein signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase II (Lsp)
• Tat/SPI: Tat signal peptides transported by the Tat translocon and cleaved by Signal Peptidase I (Lep)

SignalP 5.0的预测是基于 deep convolutional and recurrent neural network architecture including a conditional random field.

7. SignalP6.0 访问网址：https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP

The SignalP工具可以预测Archaea, Gram-positive Bacteria, Gram-negative Bacteria and Eukarya中的蛋白是否存在信号肽，以及蛋白中的酶切位点（cleavage sites）的位置。 SignalP 6.0 可以区分五种类型的信号肽：

• Sec/SPI: "standard" secretory signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase I (Lep)
• Sec/SPII: lipoprotein signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase II (Lsp)
• Tat/SPI: Tat signal peptides transported by the Tat translocon and cleaved by Signal Peptidase I (Lep)
• Tat/SPII: Tat lipoprotein signal peptides transported by the Tat translocon and cleaved by Signal Peptidase II (Lsp)
• Sec/SPIII: Pilin and pilin-like signal peptides transported by the Sec translocon and cleaved by Signal Peptidase III (PilD/PibD)

SignalP 6.0的预测是基于 transformer protein language model with a conditional random field for structured prediction.

评论：如果只做单纯的亚细胞定位，不建议使用SignalP.