培训中常见报错整理_生信技能树_Amy Cui

xshell安装时提醒更新

安装软件后不更新，点击取消；
更新后可能不可用！

xshell更新提示

aspera安装

aspera安装后，prefetch下载速度会很快，就像你冲了会员一样的快~

安装方法见：这里

image.png

这个报错很常见，原因是还没添加环境变量的command，虽然你看到ascp在这个路径，就是不能调用，此处需要增加./，正确方法是./ascp --help

trim_galore使用报错

1. 安装报错
   如果用conda安装的话，trim_galore安装时运行：conda install trim-galore，调用这个软件的时候用：trim_galore --help
2. 使用时cutadapt报错
   在那晃trim-galore的时候，同时需要安装cut-adapt软件，否则使用时候，无法出现“Path to Cutadapt set as: 'cutadapt'”(default)
3. 使用时writing to报错
   如下图，dir赋值时用绝对路径，禁止用相对路径！原因是dir路径识别出错。其实在.sh的脚本里，最好全部输入绝对路径，这是一个好习惯！
   
   image.png

vim使用时，不能直接打开文件

vim ~/.bashrc文件/或者其他文件时，出现需要选择的界面，如下图。看到有一个"already exists"，那说明当前路径下有一个.bashrc.swp文件已经存在，删除它就好。
一般情况下，当你vim退出时非正常退出，即使在windows也会这样，然后都会有编写时的临时文件出现。linux下一班是隐藏文件，结尾比如.swp .swo等，如果想看到他，ls -a即可看到这样的文件。

vim选择界面

找不到_1 _2的双端数据

用sra转fq的时候，下面命令是错的，nohup fastq-dump --gzip --split-3 ./.sra -O ~/project/CRCpl/2.raw_faq/ &（下图即该代码转的fq.gz），没有sra，需要用while，一个一个sra的来。但是如果一个一个来之后，fq的结果目录里一个样本还是只有一个文件，不是成对的，那就有可能是单端数据~

单端数据的fq

请不要乱理解课件的代码，请不要私自偷懒，就算偷懒，也要看过软件说明书再来修改代码~~，新手勿修改！