linux系统gromacs使用教程,GROMACS教程：Xmgrace学习笔记
整理: 李卫星; 补充: 李继存
对于用惯Windows]的人, 在Linux下画图有点不方便, gnuplot虽然挺不错, 但是不能直接在图上进行操作, 这是它的不足吧. 为此, 简单介绍一下xmgrace.
安装
Linux系统
Linux下xmgrace可以直接用命令sudo apt-get install xmgrace来安装, 也可以下载软件包自己编译. 官网http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/.
这里有一个整理好的压缩包, 里面包含了xmgrace-5.1.25的源代码以及一些资料.
grace和xmgrace差不多, 具体区别自己看网上.
Windows系统
如果你想在Windows下使用xmgrace, 那就需要你自己编译, 编译的时候可以借助于CygWin, 但根据网上的说法, 编译过程难度较大, 一般不建议初学者尝试. 幸运的是, 有人基于QT开发了一个qtgrace, 与Linux下的xmgrace功能几乎一样, 建议你使用这个程序. 如果你不能在官网上下载qtgrace, 可以点击压缩卷和压缩卷1下载我整理好的一个版本. 下载后直接解压就可以使用了. 我在Windows XP 32位和Windows 7 64位系统上测试过, 都可以正常使用.
你可以在命令行中像使用xmgrace那样使用qtgrace, 但不是很方便. 一个更好的方法是更改数据文件(主要是.xvg文件)的打开方式, 将其改为\qtgrace安装路径\bin\qtgrace.bat或\qtgrace安装路径\bin\qtgrace.exe. 前者可以同时显示多列数据的图形, 而后者只能显示一列数据的图形. 建议你使用前者. 设置好打开方式后, 直接双击数据文件就可以看到数据图形了.
实际上, qtgrace.bat只不过是对qtgrace.exe进行了简单的封装, 指定了运行时使用-nxy选项而已. 如果你想使用自己的一些选项, 直接编辑qtgrace.bat即可.
qtgrace.bat
1
2@echo off
qtgrace.exe -nxy %*
一些资源
几个网址：
下载上面的grace-5.1.25后, Grace Tutorial教程实例文件在grace-5.1.25/doc下面(Tutorial.pdf也在). 还有一些做好的图例在grace-5.1.25/examples, 从那里可以看到xmgrace也是可以的. 下面是随便挑的几张, 图片的的字体都是用xmgrace加上去的.
本文档主要是学习Grace Tutorials的总结, 如有不对, 请指正.
基本操作
1. 简单画图：使用数据文件
可以在工作目录下打开终端, 输入xmgrace file.
如果数据文件里面是多列数据, 即X Y1 Y2…, 可以输入xmgrace -nxy file. 加上-nxy就可以是多条曲线了.
如果要对坐标轴取对数, 可以添加选项 -log x|y|xy, 如：xmgrace -log x -nxy file. (好像要放前面, 放后面会出错！)
2. 简单绘图：导入文件
也可以在终端只输入xmgrace, 不带文件名, 打开空白的xmgrace再自己导入. 点击菜单Data | Import | ASCII在files下拉框选择文件, 点一下OK就可以了.
注意, 好像只有扩展名为.dat的才显示, 而.xvg格式的不显示, 需要自己改一下扩展名. 还有就是, 如果文件路径有中文的话显示会出现乱码, 但仍然可以选择, 只要你确定哪个是你的文件.
3. 创建数据表格
也可以自己用表格创建绘图数据. 在终端输入xmgrace, 打开空白的xmgrace. 点击菜单Main | Edit/Data_sets...窗口, 在上面的空白框中, 一直右击按住出现菜单移动(右击还不要放开), 选creat new选in spreadsheet(这里还有另外三个, 如编写公式输入, 你可以自己摸索或看手册)打开表格, 就可以输入x y点数值了.
4. 保存图像
画好了图片就保存, 点击File | print_setup, 在device选格式, 我常选png, 对不起的是好像没有tiff格式可选. 输入想要保存的名字, 点aceept退出窗口, 按一下快捷键ctrl+p就保存了. 其实也可以用File | print, 但最好记住快捷键. 看看目录内是否有图片文件.
xmgrace不像origin那样有什么工程文件, 它的设置不会自动保存, 所以你上一次对数据的操作是不会保存的. 这很麻烦. 所以