CGGA中国人群脑胶质瘤基因图谱

各种缩写的含义

WHO grade II (type A, O, OA, rA and rOA)
strocytoma (A) ——星形胶质细胞瘤
oligodendroglioma(O)——少突胶质细胞瘤
WHO grade III (type AA, AO, AOA, rAA, rAO and rAOA)
Anaplastic oligodendro(AO)——间变性少突胶质细胞瘤
anaplastic astrocytoma (AA) —— 间变性星形细胞瘤
WHO grade IV (pGBM, rGBM and sGBM) gliomas
pGBM (primary glioblastoma)—— 原发性胶质母细胞瘤
secondary glioblastoma (sGBM)——继发性胶质母细胞瘤
rGBM (recurrence of pGBM)——pGBM的复发

分类及演进——截取自CGGA网站

对比CGGA与TCGA临床信息的区别

CGGA临床信息

包括生存，样本类型（GBM，O，AA···），治疗（放疗化疗），性别年龄，以及下图

预后相关的分子标志物

TCGA的pan-cancer有更详细的分型信息：类型见下文介绍

胶质母细胞瘤根据其分子生物学特征目前可以被大致分为4种亚型：
经典型——7号染色体扩增，CDKN2A缺失，10号染色体缺失，EGFR扩增或者突变，NES表达，缺乏TP53突变，RB信号通路改变，Notch和Hedgehog通路激活。
间充质型——NF1，TP53，PTEN缺失或突变，在CDK6，MET, PTEN, CDKN2A, 和 RB1位点染色体异常，NF-κB 和TNF信号通路激活，MET, CD44, MERTK, CHI3L过表达
前神经元类型——通常有IDH-1，IDH-2突变，PDGFR 扩增，或者 PIK3CA/PIK3R1 突变；TP53、CDKN2A、PTEN缺失或突变， HIF, PI3K, 和 PDGFR 信号通路激活; OLIG2,OLIG1 NKX2-2, 和 PDGFRA 等星形胶质细胞的标志表达，TCF4, SOX, DCX, DLL3, 和 ASCL1 等前神经元的标志表达. G-CIMP 甲基化表型被认为是前神经元类型中的一个特殊的类型。
神经元型——与经典型相似但是具有更高的TP53突变 EGFR 扩增或过表达； NEFL, GABRA1, SYT1, SLC12A5 这些神经元的标志也会表达。
相比TCGA数据库中用药、治疗等不同样本间临床信息参差不齐需要筛选，CGGA的临床数据比较整齐划一

并且CGGA具有优秀的再分析功能，在胶质瘤的分析方面和GEPIA相比：

• 优点：可以分析不同级别和不同类型的胶质瘤

• 不足：没有正常组织对照

  
  
  WHO不同级别的胶质瘤TRIM28表达水平——来自CGGA
  
  
  不同类型的胶质瘤TRIM28表达水平——来自CGGA