癸亥（初九），宣布大赦天下，改年号为永宁。诏赐臣民聚饮五天。分别派遣使者去慰劳三个亲王。梁王司马肜表奏：“赵王司马伦父子凶暴叛逆，应当处死。”丁卯（十三日），派遣尚书袁敞持符节赐司马伦死，拘捕他的儿子司马荂、司马馥、司马虔、司马翊，全部处死。文武百官中凡为司马伦任用过的全部贬斥罢免，台、省、府、卫各部门留任的官员所剩无几。当天，成都王司马颖到达。己巳（十五日），河间王司马颙到达。司马颖派赵骧、石超到阳翟去帮助齐王司马冏讨伐张泓等人，张泓等人全部投降。自从战事爆发，六十多天。有近十万人在战争中丧命。接着在东市杀张衡、闾和、孙髦，蔡璜自杀。五月，诛杀义阳王司马威。襄阳太守宗岱遵照司马冏的檄文杀孙旂，永饶冶令空桐机杀死孟观，都将首级送到洛阳，并夷杀孙，孟观三族。立襄阳王司马尚为皇太孙。
六月，乙卯（初二），齐王司马冏带领部众进入洛阳。军队在通章署停留，全副武装的兵士几十万人，威震京都洛阳。
戊辰（十五日），大赦天下。重新封宾徒王司马晏为吴王。
甲戌（二十日），下诏任命齐王司马冏为大司马，赐加九赐，为他准备的物品典制策书，像过去宣帝、景帝、文帝、武帝辅佐曹魏时那样。成都王司马颖担任大将军、都督中外诸军事、录尚书事，并给与天子使用的黄金钺，赐加九锡，特许入朝时可穿鞋并携带佩剑，不必趋行。河间王司马颙担任侍中、太尉，加赐弓矢、钺、圭瓒三锡。常山王司马乂担任抚军大将军、统领左军。封广陵公司马漼爵位为王，并兼任尚书、加授侍中。封新野公司马歆爵位王，都督荆州诸军事，加授镇南大将军。齐王、成都王、河间王三个王府，分别设置僚属四十人，有武号的属官森然排列，文官仅配充数而已。因此头脑清醒的人都认识到兵祸并没有止息。己卯（二十六日），任梁王司马肜为太宰，兼任司徒。
光禄大夫刘蕃的女儿是赵王的长子司马荂的妻子，所以刘蕃和两个儿子散骑侍郎刘舆、冠军将军刘琨是赵王司马伦委任。
大司马司马冏因为刘琨父子有才能及声望，特地宽宥了他们，任刘舆为中书郎，刘琨为尚书左丞。又让前司徒王戎任尚书令，任刘暾为御史中丞，王衍为河南尹。
新野王司马歆将要赴镇南大将军之任时，与司马冏同车去拜谒陵墓，借机对司马冏说：“成都王与惠帝关系最为亲近，又同您一起建立大功勋，现在应当把他留下来与您一起辅佐朝政。如果不能这样，应该剥夺他的兵权。”常山王司马乂和成都王司马颖也一起去拜谒陵墓，司马乂对司马颖说：“今天的天下，是先帝的功业，你应当考虑主持朝政。”听到这话的人无不感到忧虑恐惧。卢志对司马颖说：“齐王军队虽然号称百万，但和张泓等人作战时却相持而不能决胜，您则一直前进渡过黄河，功劳无人能够与您相提并论。现在齐王却要同您共同辅佐朝政。我听说两雄不能并存，应当趁太妃有病，请求回封国侍奉太妃，把大权让给齐王，这样来使天下人心都归附您，这是上策。”司马颖采纳了这个意见。惠帝在东堂会见司马颖，慰问犒劳他。司马颖拜谢说；“这是大司马司马冏的功劳，我并没有做什么。”于是就上奏表称赞司马冏的功劳与美德，应当委以处理天下大事的重任，又说陈母有病，请求回归封地。随即告辞出宫，不再回营地，立刻拜谒太庙，从东阳城门出去，就回封地邺城了。派信使去同司马冏辞别，司马冏非常惊讶，急驰出城送司马颖，到七里涧，追上了他。司马颖停下车话别，泪如雨下，只是忧虑太妃的病，而没有说到时政。因此士人与百姓的赞誉都归向司马颖。
司马冏征召新兴人刘殷担任军咨祭酒，洛阳令曹摅任记室督，尚书郎江统、阳平太守河内入苟任参军，吴国人张翰任东曹椽，孙惠为户曹掾，前廷尉正顾荣和顺阳人王豹任主簿。孙惠是孙贲的曾孙，顾荣是顾雍的孙子。刘殷年幼时失去父母，家境贫寒，赡养曾祖母而以孝著称，有人送给他粮食布帛，刘殷接受而不道谢，直说：“等我富贵了一定酬谢。”长大后，学识渊博，精通经史典籍，性情卓越胸怀大志，节俭而不粗陋，清高而不孤僻，使人看到他不由得感到恭顺而不能侵犯。司马冏任用何勖为中领军。让董艾掌握枢密机要，又把有功的军事长官葛旟、路秀、卫毅、刘真、韩秦都封为县公，作为心腹臂膊依靠，号称“五公”。
成都王司马颖到达邺城，朝廷诏令使者到邺城重申以前的任命，司马颖接受了大将军的职位，而辞让九赐这种特殊的礼仪。司马颖上奏表评价讨伐赵王过程中的功臣，都被封为公、侯。又上奏表称：“大司马在阳崔时，曾与贼兵相持了很久，百姓因此困顿疾惫，请求准许运送所辖的黄河以北地区的邸阁米十五万斛，去赈济阳翟的灾民。”又打造了八千多副棺木，用自己的俸禄缝制衣服，装敛祭祀黄桥之战的死亡兵士，表彰他们的家属，使他们感到荣耀，抚恤也比平常战亡提高二级，又命令温县地区掩埋赵王司马伦的死亡兵士一万四千多人。这些都是卢志的计谋。司马颖相貌漂亮而神智糊涂，不通文书，但是性格敦厚，将事务都委托给卢志，所以能够成就美名。朝廷又下诏派使者通告司马颖入朝辅政，并让他接受九锡礼仪。司马颖的宠信孟玖不想回洛阳，又加上程太妃眷恋喜欢邺都，所以司马颖始终推辞而不去接受任命。
当初，大司马司马冏怀疑中书郎陆机为赵王司马伦撰写惠帝禅让帝位的诏书而拘捕了他，打算处死。大将军司马颖为陆机辩护说理，陆机得以免除死罪，司马颖又表奏陆机为平原内史，陆机的弟弟陆云为清河内史。陆机的朋友顾荣和广陵大戴渊，因为中原多灾多难，就劝陆机回到吴地。陆机因为受了司马颖保全济助的恩德，再说司马颖当时深孚众望，以为可以为他作事立功，于是就留下没有离去。
秋季，七月，朝廷又封常山王司马乂为长沙王，升为有开置府署资格的骠骑将军。
东莱王司马蕤，凶暴酗酒，多次欺陵侮辱大司马司马冏。又向司马冏请求开府没有如愿而怨恨他，秘密表奏司马冏专擅权力，与左卫将军王舆密谋废黜司马冏。事情被发现。八月，下诏令把司马蕤废黜为平民，诛杀王舆三族，发配司马蕤到上庸，上庸内史陈钟秉承司马冏的旨意把司马蕤秘密处死。
大赦天下。
东武公司马澹因为不孝之罪被发配辽东。九月，征召他的弟弟东安王司马繇，恢复旧的爵位，任命为尚书左仆射。司马繇举荐东平王司马楙为都督徐州诸军事，镇守下邳。
十二月，颖昌康公何邵去世。
封大司马司马冏的儿子司马冰为安乐王，封司马英为济阳王，司马超为淮南王。
太安元年，（壬戌，公元302年），春季，三月，皇太孙司马尚去世。夏季，五月，乙酉（初七），梁孝王司马肜去世。任命右光禄大夫刘寔为太傅，不久又因为他年迈生病而罢免。
大司马司马冏想长久地独自控制朝政，但因为惠帝的子孙都死了，而大将军司马颖有按皇位继承次序递补的可能。清河王司马覃是司马遐的儿子，刚八岁，司马冏就上表奏请册立司马覃。癸卯（二十五日），立司马覃为皇太子，让司马冏担任太子太师。让东海王司马越担任司空，兼中书监。
齐王司马冏如愿以偿，颇有些骄纵奢侈而独揽大权，大规模地建造府第，拆毁公私房屋上百处，格局规模与西宫相当，在朝廷内外失去声望。侍中嵇绍给惠帝上奏章说：“社稷江山存在的时候而不忘了还有败亡的危急，是《易经》很好的警戒。我希望陛下不要忘了在金墉城之困，大司马不要忘却颍上之败，大将军不要忘了黄桥之败。那么祸乱的发端就无从开始了。”嵇绍又给司马冏写信，认为：“尧、舜茅屋不修剪，夏禹住低矮的宫室。现在大兴土木建造房舍和给三个亲王建造宅第，难道是今天所急于做的事吗？”司马冏用谦逊客气的话来认错，但并不采纳。
司马冏沉湎于宴饮嬉乐中，不上朝，而在自己府第里坐受百官的叩拜，用符节向各官署发号施令。任用官吏不讲原则，使受宠的人掌握权力。殿中御史桓豹奏报情况，没有先经过司马冏的府署，司马冏就加以考问追究。南阳隐士郑方，上书劝谏司马冏说：“现在您居安不思危，宴饮玩乐超过限度，是失误之一。皇族骨肉之间本不应当存有细小的芥蒂，现在则不是这样，是失误之二。四方蛮族、夷族并不宁静，您却说功业已经十分盛大，不把蛮夷事务放在心上，是失误之三。战乱之后，百姓贫穷疲困，却没有听说曾经赈济救援，是失败之四。您曾与讨伐司马伦的各路举义之师在神前盟誓约定：战争成功后，及时奖赏，但现在还有未曾被论功受赏的人，是失误之五。”司马冏感谢说：“不是您，我就无法听到过失。”
孙惠上书说：“天下有五难、四不可，而您却全部具备：不避艰险锋芒迎头而上，一难也；聚集英雄豪杰，二难也，与将士官兵分担劳苦，三难也；以弱胜强，四难也；振兴恢复帝业，五难也。四不可：不可长久地享受名誉，不可长久地夸耀大功，不可长久地把持大权，不可长久地保持大威。您做那些难事而不以为是难，处在不可的境况却还说这样可以，这是我内心感到不安的地方。您应该考虑功成身退之道，尊崇推举亲近的人，把重任交给长沙王与成都王，谦逊有礼地返回封地，那么辞让天下的吴太伯、辞让国家的曹子臧就不会在历史上独占美名了。现在您忘却高高至极的危险，贪婪权势则受疑忌，即使在官位的高台上面遨游，在宫城重地自由来往，我认为这危险覆亡的忧虑，超过了兵败颍川、阳翟的时候。”司马冏没有听取，孙惠称病辞离而去。司马冏对曹摅说：“有人劝说我放下权力返回封国，怎么样？”曹摅说：“事物都禁忌太盛，您如果确实能身居高位而考虑到危亡，撩起衣服离开这里，这是善策之中的善策。”司马冏也没有听。
张翰、顾荣都忧虑灾祸即将来临，张翰因为秋风吹来，怀念起故乡的菰菜、菜汤、鲈鱼片，感叹道：“人生在世最难得的是舒服自在，富有和显贵有什么用？”随即引退离去。顾荣则故意开怀畅饮，不去过问府中事务，长史葛旟因为他荒废职守，向司马冏汇报，把顾荣贬为中书侍郎。颖川隐士庾衮，听说司马冏整年没有上朝，慨叹道：“晋朝衰微了，祸乱即将兴起！”带领妻儿逃到林虑山中避难。
王豹给司马冏去信说：“我考虑从元康年间以来，在位的宰相，没有一个人在职任上获得善终，这是事态情势所造成的，不是他们都做了不好的事。现在您平息了祸乱，使国家安宁平定，却又沿着翻车的轨道走，想希望长期在位，不也是很难的吗？现在河间王在关右培植自己的根系，成都王固守在当年曹魏属地而不肯离开，新野王在江、汉地区得到大片封地，这三个亲王正当年富力强的时候，都掌管着军队，把持在要害的地方，而您靠难以再赏赐的大功，凭震慑君主的威势，独自控制京都，总揽朝政大权，再进一步则物极必反，而退下来就将处于荆棘之中。在这种情况下期望求得安稳，看不出有什么好结果。”因此请求将王侯的封国进行调换，按照周朝时周公、召公分治的办法，让成都王为北州伯，统治邺都地区；司马冏自己为南州伯，统治宛都地区。以黄河为界，各自分别管理北方南方的王侯。来共同辅佐天子。对王豹的信，司马冏态度温和地作了答覆。而长沙王司马乂看了王豹的信，对司马冏说：“这小子挑拨离间我们骨肉之间的关系，为什么不把他在铜驼下打死！”司马冏就启奏王豹离间朝外内官员，凭空制造猜疑、怨恨，不忠不义，应该用鞭子抽死。王豹临死前，说：“把我的头悬挂在大司马府的门前，我要亲眼看着兵士攻打齐王！”
司马冏因为河间王司马颙原来依附赵王司马伦，心里常常忌恨他。梁州刺史安定人皇甫商，对司马颙的长史李含不满。李含被征召担任翊军校尉，这时皇甫商任司马冏的参军，夏侯奭的哥哥也在司马府做事。李含心里很不自在安稳，又和司马冏的右司马赵骧不和，于是一个人骑马逃奔回司马颙那里，假称按受了秘密诏令，让司马颙诛伐司马冏，于是告诉司马颙说：“成都王是皇上的近亲，又有大功，但推辞谦让返回封地，很得人心。而齐王越过比他更近的皇亲而独揽朝政，朝廷对他都带着嫉恨的目光。现在给长沙王发出檄文让他征讨齐王，齐王一定会诛杀长沙王，我们就把这当作齐王的罪行而征讨他，一定能够把他擒获。去掉齐王而拥立成都王，除去逼宫的人而立近亲，使国家社稷安定，是一项大功勋。”司马颙采纳了这个意见。这时，晋武帝的族弟范阳王司马虓任都督豫州诸军事。司马颙上奏表陈说司马冏的罪状，并且说：“带领十万军队，要同成都王司马颖、新野王司马歆、范阳王司马虓共同在洛阳会师，请长沙王司马乂废黜司马冏让他回到封地府第去，让司马颖取代司马冏辅佐朝政。”司马颙就发兵点将，让李含任都督，带领张方等急赴洛阳。又派使者邀集司马颖，司马颖打算答应邀请。卢志劝谏，司马颖不听。
十二月，丁卯（二十二日），司马颙的奏书到洛阳。司马冏非常惧怕，召集文武百官商议对策，说：“我首先发起义兵，尽臣子的气节，信义显现于神明。现在两亲王听信谗言而发难，怎么对待呢？”尚书令王戎说：“您的功勋业绩的确很大。但是赏赐没有都到达有功劳的人那里，所以使人怀有二心。现在两亲王兵力强盛，势不可当。如果让您隐退回家，而崇敬谦虚地把权交出，大概可以求得平安。”司马冏的从事中郎葛旟生气地说：“尚书所说，根本不顾惜齐王的功劳。报功赏赐的停顿迟缓，责任不在齐王府。听信谗言发起叛乱，应当共同征讨，更何况凭空根据伪造书信，就让齐王您回家呢？汉、魏以来，王侯隐退回家的，难道有能够保全妻儿的呢？提这个建议的人可以杀掉！”文武百官震骇惶恐脸色大变，王戎假装药力发作掉到厕坑，得以逃脱。
李含在阴盘屯兵，张方率二万军队在新安驻扎，给长沙王司马乂发檄文让他征讨司马冏。司马冏派董艾袭击司马乂，司马乂带领身边一百多人急驰进入皇宫，关闭所有宫门，尊奉天子攻打大司马府，董艾在皇宫西侧摆开兵阵，纵火烧千秋神武门。司马冏派人举着驺虞幡呼喊说：“长沙王司马乂假称诏令。”司马乂又宣称：“大司马谋反。”这一夜，洛阳城内展开激战，箭飞如雨，火光映天。惠帝来到上东门，箭射到惠帝面前，群臣尸横遍地。一连打了三天，司马冏的兵众惨败，在司马长史赵渊杀了何勖，就抓住司马冏投降。司马冏被押到宫殿前，惠帝面容忧伤，想救司马活下来。司马乂喝令左右随从把司马冏赶快牵出去，在阊阖门外杀掉，拿他的头到各军展示。司马冏的同党都被夷灭三族，死了二千多人。把司马冏的儿子司马超、司马冰、司马英囚禁在金墉城，废黜司马冏的弟弟北海王司马寔。大赦天下，改年号为太安。李含等人听说司马冏死了，带兵回长安。
长沙王司马乂虽然在朝廷，但事无巨细，都到邺都去请示大将军司马颖。司马颖让孙惠担任参军，陆云担任右司马。
晋纪七晋惠帝太安二年（癸亥，公元303年），当初，李含以为长沙王司马乂力量微弱，一定会被齐王司马冏杀掉，所以想借讨伐司马冏罪行为名，废黜惠帝，拥立大将军司马颖，让河间王司马颙任宰相，这样自己便得以执掌大权。但不久司马冏却被司马乂杀掉，司马颖、司马颙仍然镇守藩地，不像自己所谋划的那样。此后，司马颖居功自傲，朝政各方面荒废松弛，比司马冏时还要严重，司马颖尤其不能忍受司马乂在禁城之内，使自己不能随心所欲，打算除掉司马乂。当时皇甫商又重新任司马乂的参军，皇甫商的哥哥皇甫重担任秦州刺史。李含对司马颙说：“皇甫商被司马乂任用，皇甫重终究不会被别人所用，应该尽快除掉。可以表奏建议把皇甫重提升到朝廷中任职，趁他经过长安时把他抓住。”皇甫重知道了李含的阴谋，向尚书公布檄文，纠集陇上军队讨伐李含。司马乂因军队刚刚稍事休息，就派使者带诏书命令皇甫重取消这次军事行动，并征调李含去担任河南尹。李含接受征调而皇甫重却不服从诏令，司马颙派金城太守游楷、陇西太守韩稚等人联合四个郡的军队去攻打皇甫重。司马颙又秘密派遣李含与侍中冯荪、中书令卞粹谋杀司马乂，皇甫商得知后告诉司马，拘捕并杀掉了李含、冯荪、卞粹。骠骑从事琅邪人诸葛玫，前司徒长史武邑人牵秀都出城投奔邺城。
河间王司马颙听说李含等人已被杀死，当即起兵征讨长沙王司马乂。大将军司马颖上奏请求讨伐张昌，得到允许。司马颖又听说张昌叛乱已经平定，因而想与司马颙共同攻打司马乂。卢志劝谏说：“您以前立了大功勋却交出权力辞谢天子的恩宠，当时声望很好。现在如果把军队安顿在城关之外，身着文官服饰进京朝见，这是要成为霸主的野心。”参军魏郡人邵续说：“人有兄弟，如同左右手，您想抵挡天下的敌人而先砍掉一只手，能这样吗？”司马颖全都不听。八月，司马颙、司马颖共同上奏：“司马乂论评功劳不公平，与右仆射羊玄之、左将军皇甫商独揽朝政大权，杀害忠良之人。请诛杀羊玄之、皇甫商，遣送司马乂回他的封国。”惠帝下诏说：“司马颙如果敢于兴兵，矛头指向京都帝辇，我将亲自率领六军诛讨为奸叛乱的人。任用司马乂为太尉、都督中外诸军事以抵御他们。”
司马颙让张方任都督，带领七万精锐军队，从函谷关向东，直指洛阳。司马颖带领军队在朝歌驻扎，让平原内史陆机为前将军、前锋都督，统领中郎将王粹、冠军将军牵秀、中护军石超等军队二十多万人，向南逼临洛阳。陆机在司马颖门下寄居充任幕僚，位置一下突然居于各将领之首，王粹等人心里都不服气。白沙督孙惠与陆机一向亲近，交情深厚，劝说陆机将都督的职位让给王粹。陆机说：“这样他们将说我迟疑不决，正好加速招致灾祸。”于是出行。司马颖排列的军队从朝歌直到河桥，战鼓声几百里外都能听见。
乙丑，惠帝到十三里桥。太尉司马乂派皇甫商带领一万多人在宜阳阻击张方。己巳（二十八日），惠帝把军队撤到宣武场。庚午（二十九日），在石楼住宿。九月，丁丑（初六），惠帝将兵驻扎在河桥。壬子，张方袭击皇甫商，并将皇甫商打败。甲申（十三日），惠帝在芒山驻军。丁亥（十六日）惠帝到偃师。辛卯（二十日），在豆田住宿。大将军司马颖进军于黄河以南驻扎，阻隔清水作为壁垒。癸巳（二十二日），羊玄之忧郁恐惧而死，惠帝回师城东。丙申（二十五日），惠帝到缑氏，攻击牵秀，并把他打跑，宣布大敕。张方进入京城，大肆抢掠，死者数以万计。
石超进军逼临缑氏。冬季，十月，壬寅（初三），惠帝回到皇宫。丁未（初八），在东阳门外击败牵秀。大将军司马颖派将军马咸协助陆机。戊申（初九），太尉司马乂尊奉帝命与陆机在建春门战斗。司马乂的司马王瑚派几千骑兵把戟系在马上，冲击马咸的兵阵，马咸军队混乱，捉住马咸杀掉了。陆机军队惨败，退到七里涧，死尸堆积，把水流都堵塞住了。王瑚杀死陆机的大将贾崇等十六人，石超逃遁离去。
当初，宦官孟玖受到大将军司马颖的宠信，孟玖想让他父亲担任邯郸县令，左长史卢志等人都不敢违背，只有右司马陆云坚持不同意，说：“这个县，历来是有公府掾的资格的人担任，岂有让宦官父亲担任的道理？”孟玖深深地怨恨陆云。孟玖弟孟超，是率领万人的小督，还没有战斗，就纵兵抢掠。陆机将主犯拘捕，孟超带着全副武装的一百多骑兵冲到陆机的指挥将旗之下，夺走犯人，然后回头对陆机说：“貉奴，会当都督吗？”陆机的司马吴郡人孙拯劝说陆机把他杀掉，陆机没有采纳。孟超向大家宣告说：“陆机打算叛变。”又给孟玖去信，说陆机怀有二心，所以军队不能快些取胜。等到战斗开始，孟超不听陆机指挥调动，轻率地带兵孤军深入，以致全军覆没。孟玖怀疑是陆机把孟超杀了，对司马颖进谗言说：“陆机怀有二心勾结长沙王。”牵秀对孟玖一直阿谀谄媚，将军王阐、郝昌，帐下督阳平人公师藩等人又都是由孟玖引荐而得到任用的，这些人在一起共同证实孟玖的谗言。司马颖勃然大怒，派牵秀带兵拘捕陆机。参军事王彰劝谏说：“今天的举动，强弱力量对比悬殊，最平庸的人都知道谁一定能取胜。何况陆机那样明白通达的人呢？只因陆机是吴地人，殿下对他过于重用，才引起北方地区的旧将对他的嫉妒怨恨罢了。”司马颖没有接受。陆机听说牵秀来了，于是脱下军服，戴着低贱的便帽，与牵秀相见，又写信辞别司马颖，一会儿慨叹说：“故乡华亭的鹤声，还能再听到吗？”牵秀随即将他杀了。司马颖又拘捕了陆机弟清河内史陆云、平东祭酒陆耽以及孙拯，都投入牢狱。
记室江统、陈留人蔡克、颍川人枣高等上奏章，认为：“陆机考虑不周而导致失败，处死是可以的。至于说他反叛，则大家都知道这不是事实。应当首先检查审核陆机谋反的情况，如果能够证实，那么再杀陆云等人也不晚。”江统等人不断地恳切请求，司马颖拖延三天也不答复。蔡克进入王府，来到司马颖面前，叩头叩得流血，说：“陆云被孟玖怨恨，远近没有不知道的，现在如果陆云被杀，我为您惋惜！”随蔡克进去的僚属有几十人，都流泪苦苦请求，司马颖听后也感到忧伤，面露宽宥原谅陆云的容色。孟玖扶着司马颖进屋，催促司马颖下令杀掉陆云、陆耽，夷灭陆机三族。狱吏拷打孙拯几百下，打得露出了踝骨，但孙拯始终说陆机冤枉，狱吏知道孙拯正义而刚烈，对孙拯说：“二陆的冤枉，谁不知道！您难道不珍惜自己的身体吗？”孙拯仰天长叹，说：“陆机兄弟，是天下不同寻常的人士，我承蒙他们的知遇和厚爱，现在既然不能把他从死亡中解救出来，怎么能忍心再诋毁他呢？”孟玖等人知道不能使孙拯屈服，就命令狱吏伪造孙拯的供词。司马颖杀了陆机后，心里常常感到后悔，等看见孙拯供词后，非常高兴，对孟玖等人说：“要不是你的忠诚，就不能够查清楚这反叛的情况。”于是夷灭孙拯三族。孙拯的学生费慈、宰意两个人到狱中申明孙拯冤枉，孙拯开导并让他们离开，说：“我从道义上不能辜负二陆，死是我现在所应该作的，你们为什么呢？”他们回答说：“您既然不辜负二陆，我等又怎么能辜负您呢？”坚持说孙拯冤枉，孟玖又把他们杀了。
太尉司马乂侍奉惠帝攻打张方，张方的兵远远地看到惠帝的御车，都败退而逃，张方于是惨败，死了五千多人。张方撤退到十三里桥驻扎，大家惶恐不安，想趁夜逃走，张方说：“胜负是兵家常事，善于用兵的人能够转败为胜，现在我反而再到前面修筑堡垒，出其不意，这是奇妙的计策。”于是趁夜色悄悄逼近距洛阳城七里处，修筑了几层堡垒，从外面运进仓库中的粮谷作为军粮。司马乂取胜后，认为张方不足以忧虑。听说张方建成了堡垒，十一月，率领军队去进攻，一无所获。朝廷讨论认为司马乂、司马颖是兄弟，可以用言辞来排解这一纠纷，于是派中书令王衍等人到司马颖那里劝说，让司马颖与司马乂平分秋色、共同辅助皇室。司马颖不答应。司马乂又给司马颖去信，为他陈说利害关系，想与司马颖和解。司马颖回信说：“请斩掉皇甫商等人的首级，那么我就率兵回归邺城。”司马乂不同意。司马颖率兵进逼京城，张方把千里水坝中的水放掉，舂米的水碓全部无水可用。朝廷于是征发诸侯王、大臣的奴婢用手舂米来供给军粮。一品以下不去应征的官员，家中十三岁以上的男子全部服劳役，又征发奴隶帮助军队。公室私家都穷困窘迫，一石米价值万钱。皇帝的诏书命令所能指挥的，仅仅是京都一城罢了。骠骑主簿范阳人祖逖，对司马乂说：“刘沈忠诚正义果断坚毅，雍州的兵力足以对付河间王司马颙，应当启奏皇上给刘沈下诏书，派他出兵袭击司马颙。司马颙一旦窘迫紧急，一定要召回张方去救援自己，这是很好的计策。”司马乂采纳了。刘沈接到诏书，用快马向辖境内各郡发布檄文，各郡大多起兵响应。刘沈组织七郡一共一万多人，进发长安。
司马又派皇甫商秘密出行，拿着惠帝亲笔诏书，命令游楷等人放弃军事行动，命令皇甫重出兵讨伐司马颙。皇甫商秘密走到新平，遇到他的堂外甥，堂外甥一直憎恶皇甫商，就向司马颙告发，司马颙逮捕了皇甫商，并把他杀了。
尚书令乐广的女儿是成都王司马颖的王妃，有人把这事密报太尉司马乂。司马乂问乐广，乐广神色不动，慢条斯理地说：“乐广我难道用五个男子去换一个女儿吗？”司马乂对他仍然心存疑忌。
永兴元年（甲子、304）永兴元年（甲子，公元304年），春季，正月，丙午（初八），乐广忧郁而死。
长沙厉王司马乂多次与大将军司马颖开战，打败司马颖，前后杀死或俘虏六七万人。战事紧张而司马乂对侍奉皇上的礼节却从不曾耽搁减少。城中粮食日益困窘，但士卒们却没有背离的想法。张方认为洛阳不能攻克，想返回长安。这时东海王司马越在朝中考虑事情不能成功，癸亥（二十五日），暗地与殿中各位将领趁夜把司马乂拘捕送到另外的官署。甲子（二十六日），司马越启奏惠帝，下诏书罢免司马乂的官职，把他关在金墉城。赦免罪犯，改年号为永安。城门打开后，殿中的官兵看到城外的军队并不强，因而感到后悔，又谋划劫出司马乂来抗拒司马颖。司马越惶惶不安，想杀掉司马乂使大家断绝这个想法。黄门侍郎潘滔说：“不能这样，将自然有使大家静心的人。”就派人秘密告诉张方。丙寅（二十八日），张方在金墉城带走司马乂，到军营后，到后把他烧死。司马乂鸣冤喊痛的声音传到左右近旁，三军中没有不为他落泪的。死时年仅二十八岁。
朝廷公卿大臣都到邺城向司马颖认错道歉。大将军司马颖进入京城，后又回到邺城镇守。惠帝诏令任司马颖为丞相；给东海王司马越加尚书令职。司马颖派奋武将军石超等人率军队五万人驻扎在洛阳的十二个城门，朝廷中有宿怨的官员，司马颖把他们全部杀了。皇宫禁卫军也全部用自己的军队代替。表奏卢志任中书监，留驻邺城，管理丞相府事务。
河间王司马颙在郑县停兵驻扎，作为东军的声援，听说刘沈的军队进攻，就回到渭城镇守，派督护虞夔在好县迎战刘沈。虞夔的军队失败，司马颙恐惧不安，退入长安，急忙召张方回来，张方在洛阳抢掠了官府私家的奴婢一万多人匆忙西归，军中缺乏粮食，把人杀了混在牛马肉中吃。
二月，乙酉（疑误），丞相司马颖表奏废黜皇后羊氏，幽禁在金墉城，废黜皇太子司马覃为清河王。
河间大司马颙上表奏请朝廷立丞相司马颖为皇太弟。戊申（十一日），惠帝下诏立司马颖为皇太弟，兼任都督中外诸军事，并保留丞相职。宣布大赦。皇太弟的车马及服饰用品都迁到邺城，制度就像魏武帝曹操那时一样。让司马颙担任太宰、大都督、雍州牧；前太傅刘担任太尉，刘声称年纪已老，坚决辞让不去就职。皇太弟司马颖超越本分奢侈一天比一天严重，所宠幸溺爱的人都执掌权力，令大家十分失望。司空东海王司马越与右卫将军陈眕以及长沙王司马乂过去的部将上官巳等谋划讨伐司马颖。秋季，七月，丙申朔（初一），陈眕率兵攻入云龙门，用皇帝诏书召集三公及群臣与三部众将领，戒严征讨司马颖。石超奔向邺城。戊戌（初三），宣布大赦，恢复皇后羊氏和皇太子司马覃的地位。己亥（初四），司马越侍奉惠帝向北征伐，司马越担任大都督。征调前侍中嵇绍到惠帝身边任职。侍中秦准对嵇绍说：“现在随行，安危难以预料，你有好马吗？“嵇绍神色严肃地说：“臣子护卫皇帝御车，死与生都要忠于职守，要好马干什么？”
司马越发布檄文召集各地军队，奉诏赶来的队伍云集，行军到安阳，人数有十多万，邺城震惊惶恐。司马颖召集幕僚参佐的询问计策，东安王司马繇说：“天子亲自征伐，应当放下武器身穿白色衣服出去迎接，并向天子请罪。”司马颖不同意，派石超率五万人抵御作战。折冲将军乔智明劝说司马颖尊奉迎接惠帝御驾，司马颖发怒说：“你空有知晓事理的名声，投身到我身边做事。现在皇上被小人们逼迫，你为什么想让我捆绑住自己的手脚去接受刑罚呢？”
陈眕的两个弟弟陈匡、陈规从邺城赶到惠帝身边，说邺城里已经分崩离析，因此大家都不怎么安排防备。己未（二十四日），石超的军队忽然杀到，惠帝的兵马在荡阴失败，惠帝面颊负伤，中了三箭，百官和侍卫全部溃逃。嵇绍身穿上朝的礼服，下马登上御车，用身体护卫着惠帝，兵士把嵇绍拉到车辕上就砍。惠帝说：“这是忠臣，不要杀！”兵士回答说：“奉皇太弟的命令，只是不弑杀陛下一人而已。”于是杀了嵇绍，鲜血溅到惠帝的衣服上。惠帝从车上掉到草丛中，丢失了六枚御玺。石超侍奉惠帝到自己兵营中，惠帝非常饥饿，石超送上水，左右随从奉上秋桃。司马颖派卢志迎接惠帝。庚申（二十五日），惠帝进入邺城，宣布大赦，改年号为建武。随从想为惠帝洗衣服，惠帝说：“有侍中嵇绍的血，不要洗了！”
陈眕、上官巳等人侍奉太子司马覃留守洛阳。司空司马越逃奔下邳，徐州都督东平王司马楙不接纳，司马越就直接回到东海。皇太弟司马颖因为司马越兄弟在宗室中享有声望，下令招他来，司马越没有接受命令应召。前奋威将军孙惠给司马越去信劝说司马越团结藩王，共同辅助王室，司马越让孙惠担任记室参军，让他参与计策的谋划商讨。北军中候苟晞投奔范阳王司马虓，司马虓按照朝廷旨意让苟晞担任兖州刺史。
当初，三个亲王发兵讨伐赵王司马伦，王濬领兵观望，禁止所属的官员百姓去应三位亲王的召募。皇太弟司马颖想去讨伐王濬而没有能成行，王濬内心也想搞掉司马颖。司马颖让右司马和演任幽州刺史，派他秘密杀掉王濬。和演与乌桓单于审登谋划，在与王濬一起到蓟城南部清泉游玩时，伺机杀他。那天赶上天降暴雨，兵器被雨水打湿，徒劳而返。审登认为这是王濬得到上天佑助，就把和演的阴谋告诉了王濬。王濬与审登秘密训练军队，约并州刺史东嬴公司马腾一起围攻和演，把他杀掉了。王濬自己接管了幽州所辖的军队。司马腾是司马越的弟弟。皇太弟假称诏令征召王濬，王濬与鲜卑人段务勿尘，乌桓人羯朱以及东嬴公司马腾共同起兵讨伐司马颖，司马颖派北中郎将王斌以及石超迎击他们。
皇太弟司马颖对东安王司马繇前次让他向惠帝投降的议论十分怨恨。八月，戊辰（初三），拘捕司马繇，把他杀了。当初，司马繇的哥哥琅邪恭王司马觐去世，儿子司马睿继承爵位。司马睿沉毅机敏而又胸怀宽光广，任左将军，与东海参军王导要好。王导是王敦的堂弟，见识胸怀清明广远，因为朝廷变故较多，经常劝说司马睿返回封国。等到司马繇被杀，司马睿在邺城侍从惠帝，害怕遭到灾祸，打算逃回去。司马颖事先命令各关卡渡口，不许放贵族出城。司马睿到河阳，被渡口的官吏拦住。司马睿的随从宋典从后面赶来，用鞭子扫拂司马睿，笑着说：“舍长，朝廷禁止贵族出去，怎么你也被拘在这儿呀？”官吏就让他们过去了。到洛阳，接上太妃夏侯氏一起返回封国。丞相从事中郎王澄揭发孟玖用邪恶的手段谋取私利，劝说太弟司马颖把他杀掉，司马颖批准。
上官巳在洛阳，残暴横行。任河南尹的周馥，是周浚的堂弟，与司隶满奋等人谋划杀掉上官巳，走露了风声，满奋等人被杀，周馥逃走，得以免死。司空司马越征讨皇太弟司马颖，太宰司马颙派右将军、冯翊太守张方率两万人的军队前去救援，听说惠帝已进入邺城，就命令张方去镇守洛阳。上官巳与另一支军队的将军苗愿抗拒张方，惨败，回到城里。太子司马覃夜袭上官巳、苗愿，上官巳、苗愿出城逃走，张方进入洛阳。司马覃在广阳门迎着张方叩拜，张方下车把他扶住不让他叩拜，再一次废黜了司马覃和羊皇后。
惠帝回到洛阳后，张方倚仗着兵权而独揽控制朝政，皇太弟司马颖不再能参与政事。豫州都督范阳王司马虓、徐州都督东平王司马楙等人给惠帝上言：“司马颖不能担负重任，应当把封地降为一个城邑，特许保全他的性命。应当交给太宰司马统领关右的职任，从州郡以下，选举人才授官任职，都让他去办理，朝廷的大事，废除兴办减损增益等事宜，都和他商量咨询。张方为国家报效气节，但不晓事理变通，没有及时回到西边，应当发遣他回到郡中，给张方的官职，请全部按照过去的任命。司徒王戎、司空司马越都忠于国家，小心谨慎，应当参与机要事务，把朝廷政事交给他们。王濬有稳定社稷的功勋，应当特别加以恩崇重用，让他管理幽州、朔方地区，成为北方藩篱屏障的首领，我们尽心竭力捍卫都城，保护皇室，那么陛下就可以垂衣拱手、高枕无忧，四海自然匡正。”
张方在洛阳时间已长，洛阳城几乎被兵士剽窃抢掠一空，士兵们喧闹吵嚷，没有再留下来的心思，商议着想侍奉着惠帝把都城迁往长安，恐怕惠帝和公卿大臣不同意，想等待惠帝出行时将他劫持。就请惠帝去拜谒宗庙，惠帝不答应。十一月，乙未（初一），张方带兵进入宫殿，用自己的车乘去接惠帝，惠帝连忙到后园竹林中躲避。兵士将惠帝带出，逼迫着让他上车，惠帝流着泪勉强答应了。张方在马上行礼说：“现在强盗窃贼横行无忌，守护皇宫的禁卫势单力簿，希望陛下到我的营垒中去，我将拼死尽力来防备意外发生。”当时大臣们都四处逃避躲藏，只有中书监卢志在惠帝身边侍奉，说：“陛下今天的事情，应该全听右将军张方安排。”惠帝于是来到张方营垒，并让张方准备车去装载宫女、宝物。兵士们趁机到后宫抢劫污辱宫女，争夺瓜分宫中所藏的物品，割下丝织垂穗、皇宫兵器帷帐当作马鞍垫，宫中魏、晋以来蓄积的宝藏，一扫而空。张方将要焚烧宗庙、宫室，想断绝人们回返的心思，卢志说：“董卓暴虐不讲道义，在洛阳放火，怨怒愤恨的声音，一百年后还能听得见，为什么要去学他呢？”张方这才罢手。
惠帝在张方营垒中停留了三天，张方带着惠帝和皇太弟司马颖、豫章王司马炽等向长安进发，王戎逃奔郏县。太宰司马颙率领官员僚属和步兵、骑兵共三万人在霸上迎接，司马颙上前叩拜谒见，惠帝下车止住他。惠帝进入长安，以征西府作为皇宫，只有尚书仆射荀藩、司隶刘暾、河南尹周馥在洛阳留守朝廷台署，根据皇帝的旨意处理事务，与长安新建台署分别号称东台、西台。荀藩是荀勖的儿子。丙午，洛阳留守台署宣布大赦，把年号又重新改为永安。辛丑（初七）恢复皇后羊氏的地位。
十二月，丁亥（二十四日），诏令皇太弟以成都王的身分返回府第，改立豫章王司马炽为皇太弟。惠帝兄弟共二十五人，当时在世的只有司马颖、司马炽和吴王司马晏。司马晏才能平庸资质低下，司马炽自幼平和质朴好学，所以太宰司马颙拥立他。诏令司空司马越任太傅，与司马颙共同辅佐皇室，王戎参与管理朝政。又让光禄大夫王衍任尚书左仆射。让高密王司马略任镇南将军，兼任司隶校尉，暂且镇守洛阳。东中郎将司马模担任宁北将军，都督冀州诸军事，镇守邺城。让各部门大臣官员各自回到本来的职任上。命令州、郡取消苛刻的政令，爱护人民，让他们从事本业，等到形势清平通畅后，就返回东京洛阳。宣布大赦，改年号为永兴。司马略和司马模，都是司马越的弟弟。王濬离开邺城后，司马越派司马模在邺城镇守。司马颙因为各地抵触分袭，祸患灾难不断出现，所以下这个诏令使各地方和解，企望能够获得稍微安定的局面。司马越推辞不接受太傅的职务。又下诏让太宰司马颙任都督中外诸军事。让张方担任中领军、录尚书事，兼任京兆太守。