转录组测序3-序列基因组比对

转录组测序是最常用的组学实验，对全谱基因定量，找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据，数据质控，基因组比对，差异基因鉴定，差异基因功能富集分析，重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等，我们用10讲的时间，全面讲解转录组测序报告，及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。

前两期视频，我们讨论了测序原始数据，原始数据的质控和过滤。我们拿到cleandata数据，在分析样品的基因表达信息前需要做基因组比对，序列注释。如何对序列进行比对、注释；比对率多少算是合格的测序数据呢，如何查看比对结果？本期视频继续探讨。

本节内容要点包括：

（1）转录组测序如何进行基因组比对，原理是什么；

（2）有参考基因组和无参考基因组的分析区别在哪里，怎样选择分析模式；

（3）转录组序列比对的工具有哪些；

（4）基因组比对结果BAM/SAM文件格式简介，以及比对率统计；

（5）基因组浏览器IGV的安装和使用，查看基因组比对概况、基因外显子表达量、可变剪切以及基因组变异位点的教学演示。

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视频教程：

纪伟讲测序3-序列基因组比对

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