转录组测序3-序列基因组比对

转录组测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。

前两期视频,我们讨论了测序原始数据,原始数据的质控和过滤。我们拿到cleandata数据,在分析样品的基因表达信息前需要做基因组比对,序列注释。如何对序列进行比对、注释;比对率多少算是合格的测序数据呢,如何查看比对结果?本期视频继续探讨。

本节内容要点包括:

(1)转录组测序如何进行基因组比对,原理是什么;

(2)有参考基因组和无参考基因组的分析区别在哪里,怎样选择分析模式;

(3)转录组序列比对的工具有哪些;

(4)基因组比对结果BAM/SAM文件格式简介,以及比对率统计;

(5)基因组浏览器IGV的安装和使用,查看基因组比对概况、基因外显子表达量、可变剪切以及基因组变异位点的教学演示。


视频教程:


纪伟讲测序3-序列基因组比对

bilibili超清视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1ZJ41177rQ

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