生信人应该这样学linux视频总结

• Linux-0 生信入门环境： 讲解安装生信入门的必要软件（Git、x-manager、typora\notepad++、R-studio）及一些R-studio的基本使用。

• Linux-1 学习资源介绍：讲解入门Linux的一些开始步骤和经验。

• linux-2 系统认知：讲解Linux系统的一些特点（交互式、多用户）和基本命令（grep、管道、history、su切换用户、登录 : ssh 用户名@ip地址 ）

• Linux-3 去可视化的命令行：
  top:实时动态地查看系统的整体运行情况。
  sleep 10 ：睡眠10秒、
  &：任务在后台运行
  ps -ef : 标准格式显示进程
  ifconfig : 显示或配置网络设备
  ls 、cd - ：回到上一个目录、tab补全、pwd、*通配符、mkdir、touch、echo：内容打印到屏幕、rm、mv、cp、cat、head、>重定向、Ctrl +c 终止命令
  批量、高效、多用户 （Linux特点）
  相对路径和绝对路径
  df -dh : 磁盘整体使用量

• Linux-4 文本处理：
  wget：从指定的URL下载文件
  wc : word count, 文件的Byte数、字数或是列数
  head、tail、more（q退出）、cat、less（-s:单行过长超出部分不显示 - N :显示每行行号）
  grep :查找符合模式的行 -n ：列出行号
  cut ：选择每行指定位置输出 sort : 排序
  awk ： https://www.cnblogs.com/ggjucheng/archive/2013/01/13/2858470.html

• Linux-5 软件安装：
  1、tr：将一组字符变成另一组字符。
  2、安装软件步骤：
  mkdir 软件名
  cd 软件名
  wget 安装包下载地址
  解压安装包（unzip/tar....）
  cd 解压后的目录
  make

• Linux-7 环境变量：
  1、方便调用命令（bowtie2）的使用方法：
  第一种方法：首先赋值： bowtie2=bowtie2命令所在路径 使用时： $bowtie2
  第二种方法： 使用 alias bowtie2=bowtie2命令所在路径 使用时：bowtie2
  第三种方法： 修改环境变量 echo $PATH,
  export PATH=bowtie2命令所在路径/bin:$PATH' >>~/.bashrc
  source ~/.bashrc
  2、bowtie2的使用：
  建立索引：bowtie2-build .fa文件 索引的前缀
  比对：
  bowtie2 -x 索引文件前缀 -1 短序列文件（.fq文件） -2 短序列文件（.fq文件） -S 输出的.sam文件
  bowtie2 -x 索引文件前缀 -U 长序列文件（.fq文件） -S 输出的.sam文件

• Linux-8 shell脚本编程：
  1、变量：讲解环境变量
  2、参数：$0 :Shell本身的文件名 $1-$n : 添加到Shell的各参数值
  拓展：https://www.cnblogs.com/fhefh/archive/2011/04/15/2017613.html

#创建一个小脚本，内容为echo $0，并运行。
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ vi tmp.sh
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ cat tmp.sh 
echo $0
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ bash tmp.sh 
tmp.sh

#往脚本添加$1 $2 $3，并运行脚本（后面再添加三个任意参数如12 23 34）
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ vi tmp.sh 
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ cat tmp.sh 
echo $0 $1 $2 $3
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ bash tmp.sh 12 23 34 
tmp.sh 12 23 34
#12 23 34 参数传入$1 $2 $3，并被echo出来。

3、通配符 ： *：匹配任意长度任意字符 [ ]：匹配一个单字符范围,如[a-z],[0-9]
拓展：https://abcfy2.gitbooks.io/linux_basic/content/first_sense_for_linux/command_learning/wildcard.html

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ ls
2.3  a.1  a.txt  b.txt  s.1  tmp.sh
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ echo *.txt
a.txt b.txt
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ echo *.1
a.1 s.1
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ echo [a-z].1
a.1 s.1

4、标准头文件（有待进一步理解）：
#!/bin/bash
set -e
# Function for script description and usage
usage()
{
cat <&2
usage:
。。。。
}
5、循环：for（``:捕获待了解）、while

#for循环
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ ls
2.3  a.txt  s.1       tmp.sh   z1.txt  z3.txt  z5.txt  z7.txt  z9.txt
a.1  b.txt  s{i}.txt  z10.txt  z2.txt  z4.txt  z6.txt  z8.txt
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ for i in {3..9};do echo z${i}.txt;done
z3.txt
z4.txt
z5.txt
z6.txt
z7.txt
z8.txt
z9.txt
#捕获
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp$ for i in `ls *.txt`;do echo $i;done
s{i}.txt
z10.txt
z1.txt
z2.txt
z3.txt
z4.txt
z5.txt
z6.txt
z7.txt
z8.txt
z9.txt
a.txt:
b.txt:

6、建立软链接：

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ ls ~/tmp/*.txt | while read id;do echo $id;done
/home/vip41/tmp/s{i}.txt
/home/vip41/tmp/z10.txt
/home/vip41/tmp/z1.txt
/home/vip41/tmp/z2.txt
/home/vip41/tmp/z3.txt
/home/vip41/tmp/z4.txt
/home/vip41/tmp/z5.txt
/home/vip41/tmp/z6.txt
/home/vip41/tmp/z7.txt
/home/vip41/tmp/z8.txt
/home/vip41/tmp/z9.txt

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ ls ~/tmp/*.txt | while read id;do echo $(basename $id);done
s{i}.txt
z10.txt
z1.txt
z2.txt
z3.txt
z4.txt
z5.txt
z6.txt
z7.txt
z8.txt
z9.txt

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ ls ~/tmp/*.txt | while read id;do ln -s $id $(basename $id);done
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ ls -lh
total 0
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 a.txt: -> /home/vip41/tmp/a.txt:
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 b.txt: -> /home/vip41/tmp/b.txt:
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 24 Dec 18 22:18 s{i}.txt -> /home/vip41/tmp/s{i}.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 23 Dec 18 22:18 z10.txt -> /home/vip41/tmp/z10.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z1.txt -> /home/vip41/tmp/z1.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z2.txt -> /home/vip41/tmp/z2.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z3.txt -> /home/vip41/tmp/z3.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z4.txt -> /home/vip41/tmp/z4.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z5.txt -> /home/vip41/tmp/z5.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z6.txt -> /home/vip41/tmp/z6.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z7.txt -> /home/vip41/tmp/z7.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z8.txt -> /home/vip41/tmp/z8.txt
lrwxrwxrwx 1 vip41 vip41 22 Dec 18 22:18 z9.txt -> /home/vip41/tmp/z9.txt

附：shell十三问：http://wiki.jikexueyuan.com/project/13-questions-of-shell/what-shell.html
7、文件 文件描述符
输入文件—标准输入（默认输入来自键盘） 0
输出文件—标准输出（默认输出到屏幕） 1
错误输出文件—标准错误（默认输出到屏幕） 2

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ vi tmp.sh
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ cat tmp.sh
cd ghkyu
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ bash tmp.sh
tmp.sh: line 1: cd: ghkyu: No such file or directory
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ bash tmp.sh 2>result.txt
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ cat result.txt 
tmp.sh: line 1: cd: ghkyu: No such file or directory

8、命令替换：
1 ).``(反引号，电脑键盘Esc下面的那个键)
2 ).$()命令

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ vi tmp.sh
vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ cat tmp.sh 
export bed=afaf
echo $bed
echo `date`
echo $(date)

vip41@VM-0-15-ubuntu:~/tmp1$ bash tmp.sh 
afaf
Tue Dec 18 23:18:27 CST 2018
Tue Dec 18 23:18:27 CST 2018

9.进程替换：http://wiki.jikexueyuan.com/project/13-questions-of-shell/what-shell.html

• Linux-9 脚本要学好：
  1、整体思路：
  配置文件出现问题（左端测序文件和右端测序文件不匹配）-->查看已比对好的.bam文件（正常大小以G为单位），发现出现几k的文件-->由于两个样本的FQ双端文件匹配错误，导致.bam文件生成失败（几k的.bam文件）-->将错误的fq配置文件正常排序，重新配置文件（24个），再重新进行比对。

图片发自App

图片发自App

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2、命令解析：
1）grep 'NT-2' config.mapping | cut -f 1 | cut -d "-" -f 1 | sort | uniq -c | grep -w 1 | awk '{print $2}' > onceid : 从config.mapping提取含NT-2的文件，在对其切割（cut），指定第一列显示（-f 1），再对第一列以-切割（-d"-"）显示第一列，再排序（sort），去除重复出现的行（uniq）在行前显示重复次数（-c）匹配只有重复出现一次的文件（grep -w 1）并输出（ awk '{print $2}' ），导入到onceid文件中。（出现过一次的文件需要剔除，因为一个比对需要两个fq文件）
2、grep -v -f onceid wrong.sampleid | wc: 从wrong.sampleid文件中查找onceid文件中的内容（-f onceid wrong.sampleid），再反选（-v）即不是onceid的内容，再统计个数，结果为24个需要重新比对的文件（实际比对12次）
3、

grep -v -f onceid wrong.sampleid > tmp
mv tmp wrong.samlieid

: 将需要比对的文件导入到tmp并重命名为wrong.samlieid。
4、sort -t "_" -k 1,1 fq2 : 以下划线分割，第一个下划线前为第一列，下划线后的内容为下一列。指定排序为分割后的第一列，1,1：指定起始列和终止列都为第一列（第一列和第二列长度可能不同，所以需要指定起始列和终止列）。

Linux-10 文本处理：
grep
-f : 指定范本文件file,每一行是一个查找模式。空的file文件未指定查找模式。
-w : 只有完全符合该字的行才会被输出
-c : 统计与wc命令一样
-v : 匹配但是不打印出来

tr : 转换文件中的字符
例：tr '\t' '\n' 把制表符换成换行符

cut -f : 输出指定位置处的字节
如： cut -f 1, 31-32 , 40 info :
默认以制表符为分隔，分割并打印出info文件的 第一列 第31列到32列 第40列
-d ‘；’ ：指定分隔符（；）

sed 's///g' : 替换分隔符
如：sed 's/；/\t/g' : 将分隔符的分号换成\t

paste -s -d + | bc
-s 将每个文件合并成行而不是按行粘贴
-d 指定不同于空格或tab键的域分隔符。
| bc : 在前面指定表达式就会帮助你算出来

awk'{print $1}" tmp : 打印出第一列

linux-12 数据格 : http://www.jianshu.com/p/b000a2f0679f

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