生信流程1 - Nanopore 三代测序生信分析流程简介

Nanopore 三代测序技术可以用于研究与DNA、RNA和蛋白质相关的各种科学问题。下面是一个基本的Nanopore三代测序分析流程：

数据预处理

使用poretools或MinKNOW等软件从Nanopore设备中获取原始FAST5数据，并使用albacore或Guppy等软件将FAST5数据转换为FASTQ格式。

质量控制和过滤

使用Nanoplot软件绘制详细的质量数据图，并根据需要筛选出质量差的reads。可以使用NanoFilt或Porechop等软件进行前后端或adapter修剪。还可以使用Filtlong等工具进行过滤。

基准比对

使用Minimap2或其他基准比对软件将经过质量过滤和修剪的reads比对到参考基因组或转录组中。对于RNA-Seq应用，可以对基准比对结果进行去重和重放回避。

读取组装

使用Canu或Flye等读取组装软件对基准比对后的reads进行组装。在组装时，可以使用高达256 GB内存的服务器。组装完成后，还需要对assemble of the error-corrected reads进行polishing，可使用Medaka或Racon等工具进行。

结果评估与注释

使用QUAST或其他评估工具对组装结果进行比较和评估。然后使用BUSCO或其他校准工具对基因组组装或转录组分析进行注释。最后，也可以使用Igv或其他浏览软件对组装的结果进行可视化。

数据分析

使用不同的工具和软件分析组装结果，例如基因预测，基因功能注释和基因家族分析。

综上所述，Nanopore三代测序分析流程涉及许多步骤和工具。该流程涵盖了从原始数据处理到组装和注释的所有环节。根据应用程序的不同，还可以使用其他的工具和软件来进行分析和处理。