利用R快速下载和筛选GBIF物种分布数据

利用R快速下载和筛选GBIF物种分布数据:

示例物种:银杏 Ginkgo biloba L.
首先,我们在GBIF官网(https://www.gbif.org/)搜索了物种银杏(Ginkgo biloba L.)的分布数据,发现有几千条数据,如果用官网的下载和复制方式会出现乱码和下载缓慢的问题,偶尔网页会奔溃,手动复制过程中极易出错。我们采用R下载数据,可以在几十秒内下载成千上万条数据,并完成自动筛选获得有效分布数据,获得的数据信息也非常完善,包含了ID编号、经纬度、国家、采集日期、作者、参考文献资料等五十余条信息。
利用R快速下载和筛选GBIF物种分布数据_第1张图片

以下是利用R获取的银杏(Ginkgo biloba L.)的分布数据,软件一键自动下载并筛选获得了475条有效的分布数据,自动过滤掉了无效的数据信息。
利用R快速下载和筛选GBIF物种分布数据_第2张图片
获取途径:
利用R快速下载和筛选GBIF物种分布数据_第3张图片
脚本:
#需要安装的包
#install.packages(“raster”)
#install.packages(“rgdal”)
#install.packages(“dismo”)

#加载程序包
library(raster)
library(rgdal)
library(dismo)

tmaxpath <- “D:/WorldClimate/tmax2018”
setwd(tmaxpath)
tmax_file <- list.files(tmaxpath ,pattern=“.tif$”, full.names = FALSE)
tmax_raslist = list()
for(i in 1:12){
tmax_raslist = c(tmax_raslist, raster(tmax_file[i]))
}
tmax_stack<-stack(tmax_raslist)

tminpath <- “D:/WorldClimate/tmin2020”
setwd(tminpath)
tmin_file <- list.files(tminpath ,pattern=“.tif$”, full.names = FALSE)
tmin_raslist = list()
for(i in 1:12){
tmin_raslist = c(tmin_raslist, raster(tmin_file[i]))
}
tmin_stack<-stack(tmin_raslist)

未完待续!

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