ITK-snap医学图像标注方法（超级详细）——保姆级

医学图像标注说明

目录

标注软件：ITK-SNAP

官网下载

百度网盘下载：

1 初始界面

2 导入病例文件

方法一：

方法二：

3 窗宽窗位调节

4 数据标注

标注方法一：套索标注

标注方法二：画笔标注

5 分割结果保存

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标注软件：ITK-SNAP

官网下载

ITK-SNAP Home (itksnap.org)

百度网盘下载：

链接：https://pan.baidu.com/s/1TLrlFDMMJkB6qe--Xw0-NA

提取码：0809

（按照流程安装即可）

1 初始界面

2 导入病例文件

方法一：

再点击“open main image”

打开相应文件路径下的 .dcm 文件即可（一个病例对应多个dcm文件，打开任意一个就会对应打开这个病例的所有dcm）

打开过后的效果如下

方法二：

采用直接拖动的方式

将右边文件夹中其中一个.dcm文件拖拽到ITK-SNAP中

选择Load as Main Image即可

3 窗宽窗位调节

纵隔窗可观察心脏、大血管的位置，纵隔内淋巴结的大小，纵隔内肿块及这些结构的比邻关系。

纵隔窗：

窗位30 Hu~50 Hu；

窗宽300 Hu~500 Hu,

肺窗：

窗位-600 Hu ~ -800 Hu，

窗宽1300 Hu~1700 Hu，

在上述基本窗宽的基础上，若观察肺裂和肺血管，可调窄窗宽和调低窗位，对肿块形态，分叶，胸膜凹陷征，毛刺征增的观察肺窗比纵隔窗更为清晰。

先点击Tools，再点击Color Map Editor，出现以下画面，通过修改Level和Window来调节窗位和窗宽。这里根据以上参考，设置窗位为40，设置窗宽为400（可以发现心脏各部分的轮廓很清晰）。

4 数据标注

画面大小可以通过按住鼠标右键拖动进行调整，左键调整画面位置。

标注方法一：套索标注

套索标注有两个选项，Smooth和Polygon，推荐选用Smooth来进行拖动鼠标画取消，Polygon为给定关键点生成折线比较糙一些。画好外圈轮廓之后点击回车即可生成标注。选用一个方向的轴向图标注即可。

根据上图，选择好标注工具后，通过切换切片一张一张地进行标注（也可以通过滚动鼠标来切换），使用套索标注的例子（下面是放大之后的效果）：

标注过程中，有两种方式，一种是通过长按鼠标左键进行标注；一种是通过不断单击鼠标左键进行标注。（具体感受一下就知道了）

对不同部位使用不同的标签，点击上图中的圈出位置，进行切换标签（颜色不同）。标注之后的效果如下：

为了方便标注，可以点击上图圈出的位置放大这个方向上的轴向图。效果如下

 在这里我连续标注了多张，只选择了两个区域，相当于用了两种标签，效果如下

容易发现三个方向的图都有对应的标签。通过点击下图圈出的update会生成3D的标签图：

标注方法二：画笔标注

这里只进行简单介绍，流程和上面的套索标注差不多

在这一功能中可以使用类似画笔工具对标注的mask进行修改，在这个功能下鼠标左键是画笔，鼠标右键是橡皮。可以通过brush style和brush size调整笔头的形状和大小。

5 分割结果保存

在工具栏的Segmentation中选择 Save Segmentation Image，确定好路径（Browse选择保存路径）和名称（不能包含中文），点击Finish即可。也可以保存为其他格式供选择。