在Python中调用imageJ开发

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Python + imageJ 解决方案，采坑记录

一、在ImageJ中进行Python开发

原生ImageJ仅支持JS脚本（JAVAScript），而ImageJ的衍生版本Fiji支持Python脚本编程，所以这里的ImageJ实际是Fiji。

• 第一步：Fiji官网下载（免费）：https://fiji.sc/
• 第二步：安装Fiji
• 第三步：打开Fiji
• 第四步：ImageJ的Python脚本编程

二、在Python中调用imageJ开发

2.1、简介

PyImageJ：ImageJ2 的 Python 包装器。

• 功能：提供了一组包装函数用于ImageJ2 和 Python 之间的集成。它还支持原始的ImageJ API 和数据结构。
• 优点：将 ImageJ 和 ImageJ2 与 Python 软件生态系统中提供的其他工具结合起来，包括 NumPy、SciPy、scikit-image、CellProfiler、OpenCV、ITK等等。

2.2、环境配置

• 安装
  PyImageJ: Python wrapper for ImageJ2
  步骤1：pip install imagej
  步骤2：pip install pyimagej
  步骤3：pip install Maven（暂时不需要）

• Java环境配置

BUG提示：JVMNotFoundException: No JVM shared library file (jvm.dll) found.
BUG翻译：在系统中找不到Java虚拟机 (JVM) 的共享库文件。

解决方案：设置JAVA_HOME环境变量，该变量指向Java安装目录。

• （1）在Windows上安装Java： Oracle JDK 下载页面，选择并下载适用于电脑的JDK版本。运行安装程序，并按照提示完成安装。
• （2）设置环境变量：JDK8.0 环境变量的配置教程
• （3）重新启动Python环境：设置环境变量之后，重新启动你的 Python 环境，以确保更改生效。
• （4）检查 Java 安装版本与安装路径：
  • 在终端或命令提示符中运行java -version
  • 在终端或命令提示符中运行echo %JAVA_HOME%

2.3、测试一

# Create an ImageJ2 gateway with the newest available version of ImageJ2.
import imagej
ij = imagej.init()

# Load an image.
image_url = 'https://imagej.net/images/clown.jpg'
jimage = ij.io().open(image_url)

# Convert the image from ImageJ2 to xarray, a package that adds
# labeled datasets to numpy (http://xarray.pydata.org/en/stable/).
image = ij.py.from_java(jimage)

# Display the image (backed by matplotlib).
ij.py.show(image, cmap='gray')

2.4、测试二

写法一：

import imagej

ij = imagej.init()  # （1）初始化ImageJ
# （2）使用三重引号的字符串定义宏代码，以提高可读性
macro_code = """
    open("C:/Users/Administrator/Desktop/py/test/image.tif");
    selectImage("image.tif");
    //run("Brightness/Contrast...");
    run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
    setOption("ScaleConversions", true);
    run("8-bit");
    saveAs("Tiff", "C:/Users/Administrator/Desktop/py/test/image8.tif");
"""
ij.py.run_macro(macro_code)  # （3）运行宏

写法二：

import imagej
import os

ij = imagej.init()  # 初始化ImageJ

input_downsample = r"D:/BIRDS/_test_image/_coach_path_561temp/registration/coarse/downSampleImage.tif"
output_downsample = r"D:/BIRDS/_test_image/_coach_path_561temp/registration/coarse/downSampleImage1.tif"
file_name = os.path.basename(input_downsample)
#######################################################################
# 使用三重引号的字符串定义宏代码，以提高可读性
macro_code = f"""
    open("{input_downsample}");
    selectImage("{file_name}");
    //run("Brightness/Contrast...");
    run("Enhance Contrast", "saturated=0.35");
    setOption("ScaleConversions", true);
    run("8-bit");
    saveAs("Tiff", "{output_downsample}");
"""
ij.py.run_macro(macro_code)  # 运行宏