Docker封装生物信息学circRNA流程

circRNA分析主要流程模块：

图片.png

circRNA主要作用机制

(1) 能够通过miRNA sponge方式作为一种内源性竞争RNA（ceRNA）参与转录后调控。
(2) 核内circRNA能够结合Pol II 复合物或者与启动子相互作用，调控转录过程。
(3) mRNA 前体的可变剪接由于介入环化的外显子，导致基因表达的改变。
(4) circRNA能够直接与蛋白互作形成特定的circRNP，通过改变构象影响蛋白功能。
(5) circRNA在特定的条件下具有编码能力，且翻译的蛋白具有生物意义。
(6) circRNA逆转录能够驱动假基因的形成。
(7) 由于特殊的拓扑结果，植物circRNA能够通过维管长距离传递信息。
(8) 虽然circRNA的表达丰度并不高，但是能够富集在某些组织如大脑、神经细胞中发挥功能。

1.构建镜像

docker镜像基于lncRNA基础

docker run -itd --name circ_rna  lnc:v1
docker exec -it 00d50983a98e /bin/bash

首先拷贝数据库与脚本 质控--整理样本数据到一个目录 使用miARma1.7.2 软件进行后续分析
软件下载地址：miARma1.7.2， 大小60M左右
测试数据下载地址：Examples，大小在700M左右
注意R的版本，否则会报错：

图片.png

运行方式：

/data/xczhang/sRNA-pipeline/software/miARma1.7.2/miARma   miARma_circRNAs_pipeline.ini

miARma_circRNAs_pipeline.ini 内容：

;General parameters
[General] 
; type of analysis (miRNA, mRNA or circRNA)
type=circRNA
;0 for no verbose, otherwise to print "almost" everything verbose=almost 
; Folder for miRNA reads
read_dir=/data/xczhang/sRNA-pipeline/project/circRNAseq/Rawdata/ 
; Number of process to run at the same time 
threads=4 
; label for the analsysis label=Asthma 
; Folder where miARma has been instaled 
miARmaPath=/data/xczhang/sRNA-pipeline/software/miARma1.7.2 
; Folder to store results 
output_dir=/data/xczhang/sRNA-pipeline/project/circRNAseq/ 
; organism used 
organism=human 
;Type of sequencing ; could be Paired or Single. [Single by default] 
seqtype=Paired 
#Whether the data is from a strand-specific assay (yes, no or reverse, yes by default) for featureCounts analysis 
strand=no 
stats_file=/data/xczhang/sRNA-pipeline/project/circRNAseq/miARma_stat.75582.log 
logfile=/data/xczhang/sRNA-pipeline/project/circRNAseq/miARma_logfile.75582.log
[Aligner]
; Aligner (BWA for circRNAs)
aligner=bwa
; Path of the genomic fasta sequence to build the index
;Name to write in the index files
bwaindex=/data/xczhang/sRNA-pipeline/databases/genome/BWA_index/Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.toplevel.fa
[ReadCount]
;Specific software to perform the Differential Expression Analysis (Allowed values: edger, noiseq or edger-noiseq)
desoft=Noiseq-EdgeR
;Complete path of the target file.
targetfile=/data/xczhang/sRNA-pipeline/project/circRNAseq/targets.txt
;Path of the contrast file.
contrastfile=/data/xczhang/sRNA-pipeline/project/circRNAseq/contrast.txt
;This value refers to filter processing in the reads (Should be "yes" or "no").
filter=no
;anser yes if replicates samples are included
replicates=yes
;Provide a file with normalized reads
cpm=yes

运行结束

图片.png

整理生成结果文件
软件自带生成图片比较难看，可以根据需求自行画图。
后续GO与KEGG分析方法较多，正在测试中。