学习小组Day3笔记--邓陶

今天继续学习linux系统的使用，内容是linux环境下的软件安装：

Day3学习内容.png

1、下载和安装miniconda

• 搜索“miniconda 清华”，进入清华的conda镜像网站，找到miniconda下载地址
• 登录服务器，输入uname -a，查看服务器为64位
• 输入cd biosoft，进入biosoft目录
• 输入wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 进行下载
• 输入bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh进行安装
  中间按 Enter 跳过版权信息，并根据提示输入 yes 或按 Enter
  成功安装miniconda3.png

输入source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
如果报错，说明可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令

激活miniconda3.png

• 添加镜像

使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

2、使用miniconda

• 输入conda list查看服务器上安装的所有软件列表
  查看软件列表.png
• 输入conda install fastqc=0.11.7 -y安装软件fastqc，版本为0.11.7
  -y表示后面的问题全部回答yes

• 输入fastqc --help，出现大片文字，说明软件安装成功
  验证fastqc安装成功.png

• 输入conda remove fastqc -y卸载软件
  卸载fastqc.png

3、定制conda的分身

• 输入conda info --envs，查看到当前就一个conda环境

• 输入conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y，建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
  建立conda环境.png

• 输入conda info --envs，再次查看环境，发现多了一个rna-seq，但默认还是base

• 输入conda activate rna-seq，激活新的conda环境

• 输入fastqc，下面出现大片信息，可以使用
  激活conda环境.png

• 输入conda deactivate，即可退出当前环境

4、学习感想

平时一直在用windows系统，习惯了面对图形界面。通过这两天接触linux系统，我有了很不一样的感受。虽然一开始确实会不习惯，但想到后面要面对大量数据信息时，就会发现代码的快捷与方便了。希望自己早日转换思维，慢慢熟悉linux系统的使用。

本学习内容参考微信公众号：生信星球