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Biomamba生信基地
r语言开发语言生信
视频教程先上教程视频,B站同步播出:https://www.bilibili.com/video/BV1miNVeWEkw完整视频回放可见:R语言入门课回放来啦"R语言入门课"是我们认为生信小白入门不得不听的一个课程,我们也为这个课程准备了许多干货。在第二节课中,我们给大家详细的介绍了R及Rstudio的安装过程,大家赶紧装起图文内容1、R语言安装R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是一款属
- R语言基础常用代码总结
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基础代码#基础操作ls()#变量列表rm(var.3)cat()#多个输出sink("r_test.txt",split=TRUE)#读写文件分开始与结束#路径操作getwd():获取当前工作目录setwd():设置当前工作目录#基础运算10%/%3#整除<−、=、<<−#左赋值1%in%a#判断元素是否在向量里E%*%t(E)#用于矩阵与它转置的矩阵相乘#数学函数sqrt(n)#n的平方根exp
- conda安装R语言环境并部署至pycharm
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优先看这个:[win10系统使用Pycharm-professional配置R语言-知乎(zhihu.com)](https://zhuanlan.zhihu.com/p/546788455)要安装R4.0.0的时候看这个:[R语言的安装(详细教程)_r语言安装教程-CSDN博客](https://blog.csdn.net/xhmico/article/details/122443660)r语言
- 【R语言2】Introduction to R 基础知识复习小测试 Pop quiz
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【R语言】基础知识点Popquiz前言Question1Question2Question3Question4Question5Question6Question7Question8Question9Question10是兄弟就砍一刀!答案前言在这里会有10道题,每一道都是对R语言的基础了解。有单选题和填空题,答案在最下面。填空题可以放到Rstudio里运行得出答案。Question1Whicho
- Moodle + Websoft9:创新教育的强大组合,助力教学与学习
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Moodle+Websoft9:构建未来课堂的技术基石一、Moodle:开源生态的深度解析•模块化设计:支持超800个官方插件,如H5P交互内容创作、BigBlueButton虚拟课堂,满足个性化教学需求。•学习分析引擎:内置LearningAnalyticsAPI,可集成Python/R语言进行深度学习,预测学生学业风险。•移动优先战略:MoodleApp支持离线学习、扫码签到,2023年新增A
- R语言绘图 | 环状柱状图+散点柱状组合图绘制
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R语言精美图形绘制教程r语言开发语言科研绘图生物信息学
原文:R语言绘图|环状柱状图+散点柱状组合图绘制(点击访问)小杜的生信筆記,主要发表或收录生物信息学教程,以及基于R分析和可视化(包括数据分析,图形绘制等);分享感兴趣的文献和学习资料!!
- AIGC带来数据革命:R语言如何成为数据科学家的秘密武器?
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文章目录一、R语言的基础特性1.1R语言的起源与发展1.2R语言的核心优势二、R语言在AIGC中的应用场景2.1数据预处理与清洗2.2文本分析与生成2.3机器学习与模型构建2.4数据可视化与报告生成三、R语言在AIGC中的具体案例3.1金融数据分析与预测3.2医疗数据分析与建模3.3社交媒体数据分析与情感分析四、R语言在AIGC中的未来展望4.1与深度学习框架的集成4.2与云计算平台的集成4.3与
- edger多组差异性分析_R语言统计分析微生物组数据
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我在学习这本书记了一些笔记,如果你有学习,欢迎分享你的笔记或者教程。我的已有笔记汇总如下:宏基因组学习笔记宏基因组学习笔记2宏基因组笔记(第二章)R语言宏基因组学统计分析学习笔记(第三章-1)R语言宏基因组学统计分析学习笔记(第三章-2)https://link.springer.com/book/10.1007/978-981-13-1534-3下载方法,sci-hub大法啦。出版日期:2018
- 23章12节:抽样的蒙特卡洛方法
DAT|R科学与人工智能
用R探索医药数据科学r-4.2.1开发语言数据库人工智能r
蒙特卡洛方法作为一种基于随机抽样的数值计算技术,在工程、金融、统计、物理等众多领域中得到了广泛应用。该方法通过对大量随机数的模拟,来解决那些难以解析求解的问题。在实际问题中,常常需要从一个复杂分布中抽取样本,而传统的直接抽样方法可能难以实现。为了解决这一问题,接受‐拒绝抽样方法应运而生。本文旨在介绍如何利用R语言实现蒙特卡洛方法,特别是如何通过接受‐拒绝抽样从已知分布中抽取样本。文章以参数为(3,
- R语言使用table1包绘制(生成)三线表实战:单变量分列构建三线表、编写自定义函数在三线表中添加p值
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- R语言的移动应用开发
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R语言的移动应用开发在数据科学和统计分析的大潮中,R语言因其强大的数据处理和可视化能力而备受青睐。然而,R语言对移动应用开发的适用性并未得到广泛关注。本文将探讨R语言在移动应用开发中的潜力及其工具,并提供一些实践示例,希望能为读者在这一新兴领域的探索提供帮助。一、R语言概述R语言是一种用于统计计算和图形绘制的编程语言,因其简洁的语法和丰富的包生态系统受到数据科学家的广泛使用。R语言的强大之处在于其
- R语言:初始环境配置
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文章目录R语言的配置URL和种子R语言的配置在R中安装languageserver包:(直接在R.exe中运行即可)install.packages("languageserver")关于jupyternotebook如何编写R语言:(好像每种jupyternotebook支持的编程语言,解释器都有对应的jupyternotebook)install.packages('IRkernel')IRk
- 【科研绘图系列】R语言绘制网络相关图(cor network plot)
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禁止商业或二改转载,仅供自学使用,侵权必究,如需截取部分内容请后台联系作者!文章目录介绍加载R包数据下载导入数据数据预处理画图1画图2组合图形输出图片系统信息介绍【科研绘图系列】R语言绘制网络相关图(cornetworkplot)加载R包library(tidyverse)library(ggraph)library(igraph)library(patchwork)conflicted::
- ggplot2设置坐标轴范围_作图技巧018篇第二坐标轴在ggplot2中的实现
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“ggplot2中的次级坐标轴”生活科学哥-R语言科学2020-06-128:35在平时作图中,我们有时希望在一个坐标中进行二个坐标轴的设定,也是为了方便数据的显示。这个过程在EXCEL等当中比较容易实现,但是,如何在R中实现呢?今天我们就来讲一讲操作的过程。数据准备先准备如下数据:library(ggplot2)library(scales)library(magrittr)dfdata.fra
- 23章9节:分层随机抽样及其在R语言中的实现与验证
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在统计学和数据科学的实际工作中,抽样方法始终扮演着至关重要的角色。如何从庞大的总体中获取具有代表性的样本,一直是数据分析过程中需要面对的核心问题之一。分层随机抽样作为一种常用的抽样方法,因其能够针对总体中的不同亚群体(层)进行有针对性的抽样,从而提高样本代表性、降低抽样误差,被广泛应用于社会调查、市场研究、医学试验等各个领域。本文旨在系统地阐述分层随机抽样的理论基础、抽样方法及其在R语言中的实现,
- R语言高效数据处理-自定义EXCEL数据排版
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注:以下代码均为实际数据处理中的笔记摘录,所以很零散1、自定义excel表数据输出格式、布局在实际数据处理中为了提升效率,将Excel报表交付给需求方时减少手动调整的环节很有必要#1.1设置表头格式header_style=0', style=sheet_style)#数据写入writeData(data_deal_main01,'data_deal_test1',data_de
- Java:AI 浪潮中的隐形支柱 —— 探秘 Java 在人工智能领域的独特地位
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引言在人工智能技术席卷全球的今天,当人们谈论AI开发时,Python、R语言、C++等工具总是最先被提及。然而在这个充满创新的领域,有一个"老兵"正悄然发挥着不可替代的作用——自1995年诞生至今的Java语言,凭借其独特的工程化基因,正在构建起AI世界的底层基础设施。本文将揭示Java如何在大数据、机器学习、企业级AI系统等领域持续创造价值。一、Java的AI基因解码跨平台优势的现代意义"一次编
- R 语言科研绘图第 31 期 --- 韦恩图-基础
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在发表科研论文的过程中,科研绘图是必不可少的,一张好看的图形会是文章很大的加分项。为了便于使用,本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了sciRplot项目中,获取方式:R语言科研绘图模板---sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HElUE5WWmBflodEFw10g0l2NrRotj8kbU
- 23章11节:自助抽样及其在R语言中的实现与验证
DAT|R科学与人工智能
用R探索医药数据科学r语言开发语言r-4.2.1microsoft信息可视化
在统计学中,数据分析的核心任务之一是如何在样本数据的基础上推断总体的性质。传统方法往往依赖于已知的概率分布假设和解析推导,但在现实问题中,我们往往无法准确得知总体分布,或者数据样本量较小,难以满足经典统计推断方法的要求。自助抽样作为一种非参数的计算方法,为我们提供了基于样本数据“自我重复”构建抽样分布的途径。1977年,斯坦福大学的B.Efron在著名论文《BootstrapMethods:Ano
- R语言将向量数据按照行方式转化为矩阵数据(设置参数byrow为TRUE)
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R语言将向量数据按照行方式转化为矩阵数据(设置参数byrow为TRUE)目录R语言将向量数据按照行方式转化为矩阵数据(设置参数byrow为TRUE)R语言是解决什么问题的?R语言将向量数据按照行方式转化为矩阵数据(设置参数byrow为TRUE)安利一个R语言的优秀博主及其CSDN专栏:R语言是解决什么问题的?R是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统,是由奥克兰大学统计学系的RossIhak
- R语言学习实例:使用R进行数据可视化
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R语言学习实例:使用R进行数据可视化R语言是一种功能强大且广泛使用的统计分析和数据可视化工具。在本实例中,我们将使用R语言来创建一些常见的数据可视化图表,包括散点图、柱状图和折线图。我们将展示如何使用R的基本绘图功能和一些常用的绘图库来生成这些图表。散点图是一种用于显示两个变量之间关系的图表。我们可以使用R的基本绘图功能来创建散点图。下面是一个示例代码,展示如何使用R创建散点图:#创建示例数据x<
- 探索R语言:经典案例解析与源代码
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探索R语言:经典案例解析与源代码引言:R语言是一种流行的数据分析和统计建模工具,具有丰富的功能和广泛的应用领域。在本文中,我们将通过经典案例来探索R语言的一些重要功能和技术。我们将提供相应的源代码,以便读者能够实际运行并理解这些示例。案例一:数据导入与处理在数据分析中,数据导入和处理是首要任务。R语言提供了丰富的函数和包,用于处理各种数据格式。下面是一个简单的示例,演示了如何导入和处理CSV格式的
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- R语言安装github包出现的错误,object "XXX" is not exported by "namespace:viridisLite"
momo酱豆是沃
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自己遇上了类似的问题,当时是把所有导致这个问题出现时安装的所有包我都卸载了,再次重装的。弄了很久,我发现都是在安装各种包让我更新我不更新导致的后果R,告诉我一个道理,一定要听话,让你更新就更新,不然我的bug出到让你崩溃。下图借用以为博主的图(https://blog.csdn.net/yw_vine/article/details/79631042)原连接R语言安装github包出现的错误,ob
- R语言 ggplot2 可视化生成高分辨率图片实战
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R语言ggplot2可视化生成高分辨率图片实战在数据分析和可视化领域,R语言一直是研究人员和数据科学家们的首选工具。其中,ggplot2包是R语言中最受欢迎和强大的可视化工具之一。它提供了许多灵活且精美的图形选项,使用户能够轻松创建具有吸引力和信息丰富的图表。本文将介绍如何使用ggplot2包在R语言中生成高分辨率的图片。我们将探索不同的保存选项,以确保我们获得清晰、适应各种输出需求的图像。首先,
- Java 中操作 R:深度整合与高效应用
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开发语言
Java中操作R:深度整合与高效应用引言随着大数据和机器学习的快速发展,R语言在数据分析和可视化方面扮演着越来越重要的角色。而Java作为一种广泛应用于企业级应用开发的语言,其强大的功能和稳定性使其成为构建高性能应用的首选。本文将探讨Java如何操作R语言,实现高效的数据分析应用。一、Java操作R的背景R语言优势:R语言拥有丰富的统计分析、数据可视化工具和机器学习算法库,是数据分析领域的首选语言
- R语言对高频交易订单流进行建模分析 4
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一、实验介绍--订单流模型拟合1.1实验知识点指数核hawkes过程拟合正反馈强度分析订单量影响分析1.2实验环境R3.4.1Rstudio二、订单流模型拟合在上节中我们对订单流数据做了一些统计分析,对交易的一些特征有了一些粗浅的理解,在本节中我们要做的是利用实际数据来拟合hawkes过程,看一看真实数据的订单流动力学中有什么特征。首先我们仍是选出交易时间内的数据:library(tidyvers
- R语言对高频交易订单流进行建模分析 3
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一、实验介绍--订单流数据描述分析1.1实验知识点订单流数据表示订单间隔分析订单信息率平稳性研究订单流动性研究限价单相对价格分析1.2实验环境R3.4.1Rstudio二、订单流数据描述分析2.1订单流数据表示当我们在金融市场上做交易时,可以看到一个委托单簿,上面陈列着买价和卖价以及它们对应的量,举个例子,比特币市场的订单簿:可以看到红色代表的是卖价,或者说是ask,而绿色代表的是买价,或者说是b
- 【自学笔记】R语言基础知识点总览-持续更新
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提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档文章目录R语言基础知识点总览1.R语言简介2.R语言安装与环境配置3.R语言基础语法3.1数据类型3.2向量与矩阵3.3数据框与列表4.控制结构4.1条件语句4.2循环结构5.函数6.数据可视化总结R语言基础知识点总览1.R语言简介R是一种用于统计计算和图形的编程语言和软件环境。R语言由RossIhaka和RobertGentlema
- 解读Servlet原理篇二---GenericServlet与HttpServlet
周凡杨
javaHttpServlet源理GenericService源码
在上一篇《解读Servlet原理篇一》中提到,要实现javax.servlet.Servlet接口(即写自己的Servlet应用),你可以写一个继承自javax.servlet.GenericServletr的generic Servlet ,也可以写一个继承自java.servlet.http.HttpServlet的HTTP Servlet(这就是为什么我们自定义的Servlet通常是exte
- MySQL性能优化
bijian1013
数据库mysql
性能优化是通过某些有效的方法来提高MySQL的运行速度,减少占用的磁盘空间。性能优化包含很多方面,例如优化查询速度,优化更新速度和优化MySQL服务器等。本文介绍方法的主要有:
a.优化查询
b.优化数据库结构
- ThreadPool定时重试
dai_lm
javaThreadPoolthreadtimertimertask
项目需要当某事件触发时,执行http请求任务,失败时需要有重试机制,并根据失败次数的增加,重试间隔也相应增加,任务可能并发。
由于是耗时任务,首先考虑的就是用线程来实现,并且为了节约资源,因而选择线程池。
为了解决不定间隔的重试,选择Timer和TimerTask来完成
package threadpool;
public class ThreadPoolTest {
- Oracle 查看数据库的连接情况
周凡杨
sqloracle 连接
首先要说的是,不同版本数据库提供的系统表会有不同,你可以根据数据字典查看该版本数据库所提供的表。
select * from dict where table_name like '%SESSION%';
就可以查出一些表,然后根据这些表就可以获得会话信息
select sid,serial#,status,username,schemaname,osuser,terminal,ma
- 类的继承
朱辉辉33
java
类的继承可以提高代码的重用行,减少冗余代码;还能提高代码的扩展性。Java继承的关键字是extends
格式:public class 类名(子类)extends 类名(父类){ }
子类可以继承到父类所有的属性和普通方法,但不能继承构造方法。且子类可以直接使用父类的public和
protected属性,但要使用private属性仍需通过调用。
子类的方法可以重写,但必须和父类的返回值类
- android 悬浮窗特效
肆无忌惮_
android
最近在开发项目的时候需要做一个悬浮层的动画,类似于支付宝掉钱动画。但是区别在于,需求是浮出一个窗口,之后边缩放边位移至屏幕右下角标签处。效果图如下:
一开始考虑用自定义View来做。后来发现开线程让其移动很卡,ListView+动画也没法精确定位到目标点。
后来想利用Dialog的dismiss动画来完成。
自定义一个Dialog后,在styl
- hadoop伪分布式搭建
林鹤霄
hadoop
要修改4个文件 1: vim hadoop-env.sh 第九行 2: vim core-site.xml <configuration> &n
- gdb调试命令
aigo
gdb
原文:http://blog.csdn.net/hanchaoman/article/details/5517362
一、GDB常用命令简介
r run 运行.程序还没有运行前使用 c cuntinue 
- Socket编程的HelloWorld实例
alleni123
socket
public class Client
{
public static void main(String[] args)
{
Client c=new Client();
c.receiveMessage();
}
public void receiveMessage(){
Socket s=null;
BufferedRea
- 线程同步和异步
百合不是茶
线程同步异步
多线程和同步 : 如进程、线程同步,可理解为进程或线程A和B一块配合,A执行到一定程度时要依靠B的某个结果,于是停下来,示意B运行;B依言执行,再将结果给A;A再继续操作。 所谓同步,就是在发出一个功能调用时,在没有得到结果之前,该调用就不返回,同时其它线程也不能调用这个方法
多线程和异步:多线程可以做不同的事情,涉及到线程通知
&
- JSP中文乱码分析
bijian1013
javajsp中文乱码
在JSP的开发过程中,经常出现中文乱码的问题。
首先了解一下Java中文问题的由来:
Java的内核和class文件是基于unicode的,这使Java程序具有良好的跨平台性,但也带来了一些中文乱码问题的麻烦。原因主要有两方面,
- js实现页面跳转重定向的几种方式
bijian1013
JavaScript重定向
js实现页面跳转重定向有如下几种方式:
一.window.location.href
<script language="javascript"type="text/javascript">
window.location.href="http://www.baidu.c
- 【Struts2三】Struts2 Action转发类型
bit1129
struts2
在【Struts2一】 Struts Hello World http://bit1129.iteye.com/blog/2109365中配置了一个简单的Action,配置如下
<!DOCTYPE struts PUBLIC
"-//Apache Software Foundation//DTD Struts Configurat
- 【HBase十一】Java API操作HBase
bit1129
hbase
Admin类的主要方法注释:
1. 创建表
/**
* Creates a new table. Synchronous operation.
*
* @param desc table descriptor for table
* @throws IllegalArgumentException if the table name is res
- nginx gzip
ronin47
nginx gzip
Nginx GZip 压缩
Nginx GZip 模块文档详见:http://wiki.nginx.org/HttpGzipModule
常用配置片段如下:
gzip on; gzip_comp_level 2; # 压缩比例,比例越大,压缩时间越长。默认是1 gzip_types text/css text/javascript; # 哪些文件可以被压缩 gzip_disable &q
- java-7.微软亚院之编程判断俩个链表是否相交 给出俩个单向链表的头指针,比如 h1 , h2 ,判断这俩个链表是否相交
bylijinnan
java
public class LinkListTest {
/**
* we deal with two main missions:
*
* A.
* 1.we create two joined-List(both have no loop)
* 2.whether list1 and list2 join
* 3.print the join
- Spring源码学习-JdbcTemplate batchUpdate批量操作
bylijinnan
javaspring
Spring JdbcTemplate的batch操作最后还是利用了JDBC提供的方法,Spring只是做了一下改造和封装
JDBC的batch操作:
String sql = "INSERT INTO CUSTOMER " +
"(CUST_ID, NAME, AGE) VALUES (?, ?, ?)";
- [JWFD开源工作流]大规模拓扑矩阵存储结构最新进展
comsci
工作流
生成和创建类已经完成,构造一个100万个元素的矩阵模型,存储空间只有11M大,请大家参考我在博客园上面的文档"构造下一代工作流存储结构的尝试",更加相信的设计和代码将陆续推出.........
竞争对手的能力也很强.......,我相信..你们一定能够先于我们推出大规模拓扑扫描和分析系统的....
- base64编码和url编码
cuityang
base64url
import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStreamReader;
import java.io.PrintWriter;
import java.io.StringWriter;
import java.io.UnsupportedEncodingException;
- web应用集群Session保持
dalan_123
session
关于使用 memcached 或redis 存储 session ,以及使用 terracotta 服务器共享。建议使用 redis,不仅仅因为它可以将缓存的内容持久化,还因为它支持的单个对象比较大,而且数据类型丰富,不只是缓存 session,还可以做其他用途,一举几得啊。1、使用 filter 方法存储这种方法比较推荐,因为它的服务器使用范围比较多,不仅限于tomcat ,而且实现的原理比较简
- Yii 框架里数据库操作详解-[增加、查询、更新、删除的方法 'AR模式']
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public function getMinLimit () { $sql = "..."; $result = yii::app()->db->createCo
- solr StatsComponent(聚合统计)
eksliang
solr聚合查询solr stats
StatsComponent
转载请出自出处:http://eksliang.iteye.com/blog/2169134
http://eksliang.iteye.com/ 一、概述
Solr可以利用StatsComponent 实现数据库的聚合统计查询,也就是min、max、avg、count、sum的功能
二、参数
- 百度一道面试题
greemranqq
位运算百度面试寻找奇数算法bitmap 算法
那天看朋友提了一个百度面试的题目:怎么找出{1,1,2,3,3,4,4,4,5,5,5,5} 找出出现次数为奇数的数字.
我这里复制的是原话,当然顺序是不一定的,很多拿到题目第一反应就是用map,当然可以解决,但是效率不高。
还有人觉得应该用算法xxx,我是没想到用啥算法好...!
还有觉得应该先排序...
还有觉
- Spring之在开发中使用SpringJDBC
ihuning
spring
在实际开发中使用SpringJDBC有两种方式:
1. 在Dao中添加属性JdbcTemplate并用Spring注入;
JdbcTemplate类被设计成为线程安全的,所以可以在IOC 容器中声明它的单个实例,并将这个实例注入到所有的 DAO 实例中。JdbcTemplate也利用了Java 1.5 的特定(自动装箱,泛型,可变长度
- JSON API 1.0 核心开发者自述 | 你所不知道的那些技术细节
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2013年5月,Yehuda Katz 完成了JSON API(英文,中文) 技术规范的初稿。事情就发生在 RailsConf 之后,在那次会议上他和 Steve Klabnik 就 JSON 雏形的技术细节相聊甚欢。在沟通单一 Rails 服务器库—— ActiveModel::Serializers 和单一 JavaScript 客户端库——&
- 网站项目建设流程概述
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工作
一.概念
网站项目管理就是根据特定的规范、在预算范围内、按时完成的网站开发任务。
二.需求分析
项目立项
我们接到客户的业务咨询,经过双方不断的接洽和了解,并通过基本的可行性讨论够,初步达成制作协议,这时就需要将项目立项。较好的做法是成立一个专门的项目小组,小组成员包括:项目经理,网页设计,程序员,测试员,编辑/文档等必须人员。项目实行项目经理制。
客户的需求说明书
第一步是需
- AngularJs 三目运算 表达式判断
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每天进步一点点学习永无止境众观千象AngularJS
事件回顾:由于需要修改同一个模板,里面包含2个不同的内容,第一个里面使用的时间差和第二个里面名称不一样,其他过滤器,内容都大同小异。希望杜绝If这样比较傻的来判断if-show or not,继续追究其源码。
var b = "{{",
a = "}}";
this.startSymbol = function(a) {
- Spark算子:统计RDD分区中的元素及数量
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sparkspark算子Spark RDD分区元素
关键字:Spark算子、Spark RDD分区、Spark RDD分区元素数量
Spark RDD是被分区的,在生成RDD时候,一般可以指定分区的数量,如果不指定分区数量,当RDD从集合创建时候,则默认为该程序所分配到的资源的CPU核数,如果是从HDFS文件创建,默认为文件的Block数。
可以利用RDD的mapPartitionsWithInd
- Spring 3.2.x将于2016年12月31日停止支持
wiselyman
Spring 3
Spring 团队公布在2016年12月31日停止对Spring Framework 3.2.x(包含tomcat 6.x)的支持。在此之前spring团队将持续发布3.2.x的维护版本。
请大家及时准备及时升级到Spring
- fis纯前端解决方案fis-pure
zccst
JavaScript
作者:zccst
FIS通过插件扩展可以完美的支持模块化的前端开发方案,我们通过FIS的二次封装能力,封装了一个功能完备的纯前端模块化方案pure。
1,fis-pure的安装
$ fis install -g fis-pure
$ pure -v
0.1.4
2,下载demo到本地
git clone https://github.com/hefangshi/f